某天，一名叫音无的少年醒来后，发现自己居然身处于一所陌生的校园内。接着，一名自称由理的少女前来找他说话。她说“这里是死后的世界”、“自己和其他人正与神对抗，并与其使者天使日夜战斗着”，接着随即举起步枪瞄准天使。无法理解眼前的这幅脱离现实的情景以及由理之言行的音无，离开由理身边并前去找被称为天使的可爱少女谈话。没想到，这名少女却一样跟他说“这里是死后的世界”。对此感到一头雾水的音无，大声呐喊试图求证。此时，从这名少女手中伸出的光刃，朝着音无的胸口刺去……

公会是个负责打造死后世界战线的成员与天使战斗时所使用之武器的组织。由理接到弹药用尽的消息后，决定潜入存在于学园地底深处的公会。战线成员们虽然试图接近公会，但他们却遭到理应已被解除的对天使用必死陷阱袭击。由理判断陷阱之所以会重新启动，是因为天使出现了，因此决定加紧赶路以便比天使更早抵达公会。但是，他们的所到之处皆被设下威力强大的陷阱，成员也接连阵亡牺牲……

天使不断与死后世界战线为敌，但由于天使的住处受到电脑控制把关，让尽是一些笨蛋的死后世界战线完全对她束手无策。由理认为天使的住处藏有与神相关的秘密，因此决定借用竹山（同班同学）这位天才黑客的力量，再次发动过去曾一度失败的天使领域入侵作战。为了防范天使心生警戒，受由理请托发动大规模佯攻作战的Girls Dead Monster成员岩泽，事先发布将占据体育馆举办演唱会的消息，并认真地进行排演。他们在排演时仿佛非常享受似的，甚至让凑巧路过的音无看到入迷。但是，即便是这样的岩泽，其实也有一段宛如遭到诅咒过的悲惨人生……

由依成为代替消失的岩泽担任GDM主唱的候补人选，由理并没有当场决定人选，而是将决定权交给GDM成员。由理原本打算利用GDM在球技大赛进行佯攻，同时发动大规模作战，但最后还是放弃，决定采用突袭的方式参赛。这场球技大赛的项目为“棒球”，由理也命令战线成员各自组队参加。在世时曾对棒球有深厚情感的日向，首先找来音无加入，接着又与音无一起四处寻找其他成员加入。但是，日向找的对象却一一拒绝他的邀约，最后落得只能带着由依、椎名、野田、由依的粉丝（3人）这些杂牌军参赛。日向的队伍，最后能否在这场球技大赛胜出呢？

在考试的前夕，由理提出设法妨碍天使考试，让她的成绩变成全校最后一名的作战。由理认为天使有可能并非神的产物，而是拥有人心的存在，因此企图利用此作战诋毁天使身为学生会长的名誉，并给予她精神上的打击。本次的作战成员为高松、日向、大山、竹山、音无与由理。为了让竹山能顺利调包天使的作答纸，其他成员负责在回收考卷时做出能吸引全班同学注意的行为，但日向想出来的谎话、高松的肌肉、大山的表白却都完全没有效果。幸好由理利用事前准备好的其它作战成功吸引同学们的注意，让这次的作战顺利成功，但是在考试结束后，事态却朝着令大家料想不到的方向发展……

在天使被解除学生会长一职后，奉命接任学生会长代理的直井，随即将战线成员抓进反省室监禁一晚。隔天他们被平安释放后，由理为了拟定今后的行动方针，命令其他成员在课堂上胡搞，借以测试直井的反应。战线成员们虽然为所欲为地在课堂上吃零食、打麻将，但直井仍只做出身为学生会长代理应有的对应行为。在完全得不到任何情报与变化的状况下，音无也开始对这种日复一日的平淡生活感到不悦。但是，担任学生会长代理的直井，其实有着不为人知的另一面……

虽然直井不断对战线成员进行残酷的攻击，但他最后受到音无的感动，决定加入战线。某天，由理要求直井使用他的特殊能力“催眠术”，让音无找回失去的记忆。虽然音无很担心若找回记忆可能就无法继续现在的生活，但他还是决定鼓起勇气去面对自己失去的记忆。接着，音无的记忆也真的渐渐恢复。他想起在找不到生存意义的状况下漠然地四处打工，宛如像是死人般活着的自己，以及因为生病而住院两年的妹妹初音。他同时也想起在圣诞夜与妹妹一起外出，留下的诸多美好回忆。还有，妹妹的死去。

战线成员将钓来的巨鱼烹煮后提供给一般学生品尝，当他们正在收拾会场时，天使突然出现在他们面前。但是此时的天使却与平常不同，居然以挑衅言行对战线成员发动攻击。当她的利刃正要刺向音无时，与音无等人一起行动的另一名天使竟然也拔刀与天使互刺。隔天，受伤的天使躺在保健室的病床上休息，由理也利用此机会向聚集的战线成员说明天使其实是利用“分身”能力进行分身，并开始寻找消灭此分身的方式。隔天，由理再次潜入天使区域（天使的房间）并设定消灭分身的程序，没想到就在同时，天使居然也被人从病房中掳走。由理根据目击情报判断，认为天使很可能是被关在公会，因此率领战线成员再次前往最底层。

天使因为一度与多数的意识同化而陷入昏睡状态，战线成员也对这种出乎意料的状况感到困惑，迟迟想不出解决方法。接着，一直很担心天使并陪伴在其身旁的音无，竟然也陷入昏睡。音无进入梦境后，看到之前被直井的催眠术唤醒的过去记忆的后续发展。一场突发的火车意外导致众多乘客丧命，音无在这样的绝望光景中却奇迹似地获救。接着，为了想当医生而曾经熟读医学书籍的音无，一边救助伤患，一边与生还者抱持希望等待救援到来。但是，几天之后仍没有人来救他们，所剩的粮食与力气也渐渐匮乏，让他们开始失去希望……

音无与天使合作，为了让战线成员从这个世界毕业而展开行动，音无第一个想到的就是由依。他认为由依平时都过得很快乐，只要稍微给她点协助，她或许就能从这个世界毕业。但是等他实际跟由依谈过之后才发现，其实由依有很多想做的事还没完成。年幼时因为意外而瘫痪在床的她，对于在电视上看到的“乐团”、“棒球”、“足球”、“职业摔跤”等各种事感到格外憧憬。音无打算先让她实现“职业摔跤”这个梦想，但没想到由依的愿望却是要完成“德式背摔”这种超高难度的招式。虽然他们重复练习许多次，却一直无法成功，但是在继续不断练习几个小时之后，终于漂亮地完成这个招式……

当音无正在烦恼下一个该让谁离开这个世界时，日向与直井突然出现在他的面前。他们两人虽然说想协助音无，但话题却是越扯越远。此时，直井背后突然出现类似影子的东西，并朝着他袭击而来。音无与日向等人虽然马上开枪勉强击退这个影子，但他们却完全搞不懂究竟发生了什么事。对由理来说也是一样，虽然她怀疑原因是出自奏的程序，但奏却表示她一无所知。当他们的对话还没结束，外面突然又传出了枪声。袭击直井的影子居然大量出现在校园内，与战线成员展开激烈厮杀。由理与奏见状后也随即参战，战线成员经过一番苦战后总算是击退这些影子。没想到就在此时，突然传来高松被影子吞噬的消息……

天使使出全力对抗不断增加的影子，音无、日向、直井也决定参战。虽然他们曾一度对为数惊人的影子感到畏怯，但陆续又有野田、大山、TK、藤卷、松下五段、椎名等战线成员加入与影子展开全面对决，战线成员们也答应彼此一定要平安离开这个世界。另一方面，由理为了找出究竟是谁自以为是神明，将NPC篡改成影子的幕后黑手，独自朝着地底的公会走去。虽然由理最后顺利抵达旧公会，但却被突然袭击而来的影子吞噬……

由理将存在于公会深处的电脑室破坏后，几天后在保健室的床上醒来。此时，守在她身边的有音无、奏、日向、直井。当他们知道由理的心结已经被解开后，为了进行某件事而带由理到某个地方。他们来到的地方是体育馆，接着将在这里举办“死后世界战线毕业典礼”。

特别篇：地狱厨房。某天，由理在作战本部发布了名为“亢奋症候群作战”的新指令。由于战线成员从来没听过这个名词，大家也都感到困惑。根据由理的说法，这是要大家先假装出兴奋享受着校园生活的样子，借此让天使产生混乱并让她去向神明报告。由理告诉大家届时只要跟踪她，就能查出神明的所在处。但是，为此成员们必须持续保持高度亢奋的状态。而且，由理还提出宛如恶魔的惩罚，那就是如果失败就要罚一个礼拜没东西吃。接着，作战终于展开……