在暑假已过去一半的8月16日。长良一行人，36名学生不知为何被关在了虚拟空间的校园里。他们没有一人知道回去的方法，却在漂流的同时发现了各自不可思议的能力，并用此能力嬉笑玩闹。看着这种失衡场面，无法忍受此状况的学生会成员明星和队长他们，为了恢复学校长久以来定下来的秩序，颁布了几项规则，并要求学生们必须好好遵守。对此规则表示抗议的朝风和希两人被施以了严厉的惩罚，虽然的确是让校内秩序恢复了，但是……

距漂流已快过去一个月。蔚蓝澄彻的天空下，在四周环海的岛屿上，长岛一行人在努力寻找办法想要回到原来的世界。可是，目前身处的情况是，并不用担心粮食问题，想要什么东西都能通过使用瑞穗的能力弄到手。因此众学生之间开始飘荡着一股不知从哪来的悠哉气氛，正在此时，突然接二连三发生一系列起因不明的火灾案件。这令众学生一下子从悠闲度日的缓和气氛中苏醒了过来。到底纵火之人是谁。大家开始寻找作案犯人。

灵活运用各自的能力，找寻新世界的长良和希、朝风一行人。案件发生在其中一名学生村山身上，他被发现时不知为何全身满是漆黑并且被冻住了。而且除了他之外，似乎还有其他下落不明的学生。受此事件影响，学生会长波妮觉得需要探究事情的真相，便拜托瑞穗调查此事端倪，瑞穗指名长良做自己的行动助手。在这次调查中，了解到瑞穗在漂流前就发现了自己的能力。与此同时，希从明星那里听说了只有他才能听见的“声音”。

在跳入棒球场与同学们玩耍之时，长良意识到自己好像拥有穿越各种各样异世界的能力。在此时，正好队长约了拥有此能力的他进行棒球练习。场地是队长提前准备好的，是他亲自用自己的能力建造的棒球场。而且那里居然有肉眼看不见的猩猩。要看见猩猩的存在，就需要得到一个主投手手上的名为“猩猩手电”的道具。长良赌上猩猩手电，决定跟主投手比赛棒球一决胜负。

为回到原来的世界，尝试了各种办法。通过使用长良的能力，接二连三地探索新世界的希、朝风、拉吉塔尼和瑞穗5人。另一方面，聚集在施工中的避难所的学生们，从突然出现的亚希老师那得知了震惊的消息。“你们这群人再也无法回到原来的世界。“亚希老师直言在漂流前就有学生使用了能力，并且此次漂流就是使用了那人所拥有的能力造成的不良后果。听了此话的学生们理所当然地将怀疑的目标锁定到了长良身上。

亚希老师带领着学生们寻找消失了的长良已有两个月。与此同时，长良和拉吉塔尼到达了外观像电影院的名叫“胶卷制作人”的世界。观摩着电影院播放着的电影，两人在这些画面中寻找线索，看着看着拉吉塔尼突然意识到，在那儿上映的电影其实都是以长良的视角为中心的视频。长良他们把这些胶卷拿了回来，展开调查途中，瑞穗带回了一只流浪狗。这只名叫山彦的狗，和长良他们一样是漂流者，并且还是同一所中学的学长。

了解到世界真相的长良一行人，由亚希老师带领的朝风他们，以及托付给方舟命运的明星这组，这批人都各自分开着手准备接下来的旅途。与此同时，留在校园的长良在小山包上走着走着，忽然映入眼帘的是一个单杠。受好奇心驱使的长良尝试挑战了一下单杠翻转上杠，一瞬间竟然刷的一下跳跃到了上下整个颠倒的另一世界里。与一位名叫两颗星的少年相遇，就这样顺势在一直向下延伸的一座叫“巴别塔”的施工现场展开劳作。

留下了希一人，踏上荒野旅途的长良和瑞穗、山彦。围在火堆旁把手上的东西都进食完毕的瑞穗面向山彦，开始询问起他变成狗的缘由。于是山彦一开口最初讲述的是他在5000年前，还是人类时的故事。离开自己的同班同学们，只身一人继续踏上旅途的山彦，旅行途中进入了一个叫“庆典之村”的世界。在那里与一位名叫小玉的少女相遇，并逐渐开始对其抱有好感。但是属于他的幸福时光却并不那么长久。

到处都是广阔的冰原，这里是白雪覆盖的世界。在此处，庄和诚司这两个双胞胎兄弟已经争吵了数千年。亚希老师说：“想要改变这个世界就需要借助庄和诚司拥有的“回退”能力——这是为将所有东西恢复到原有的状态，或是将整个世界重置所不可或缺的能力。“想要改变就必须依靠他们双胞胎兄弟的“回退”能力。长良一行人被卷入了那对兄弟之间的争吵中，并帮助了遇到困难的学生们。此时，山彦向瑞穗样的三只猫中的一只叫“小樱”的猫询问了一些事。

曾经归属于亚希老师带领的队伍的其中一名成员骨折，出现在人山人海且人群拥挤的一个名叫“最偏远的车站”的世界里。骨折能用“独白”能力，听取在她身边一个个路过的人们心中所想之事。她回想起了自己与暗恋物件朝风度过的日子，那些生活上的点点滴滴依稀在眼前掠过。即使她知道朝风是对希抱有好意，但自己却没对此采取任何行动去争取自身所爱。另一边，与此同时，在尽头岛的长良一行人，为了解3只猫各自的具体能力从而尝试进行实验。

从骨折那收到的信上，长良和瑞穗得知希已经“死亡”。他们将装有回忆的东西一个个放入箱子，将她的照片镶入了相框后，两人静静地送走了希。正在这时，改头换面了的拉吉塔尼突然出现在了眼前。得到拉吉塔尼的帮助，长良的发射场地建设有了些许进展。面对无法忘记希的长良，拉吉塔尼跟他讲起了一个关于发明“死亡”这个东西的男人的故事。

天空淅淅沥沥地下着阴郁的雨，心情也跟着逐渐低落。就读于工业高中2年级的长良，出席了第2学期的开学典礼。他看着仿佛什么都没发生过的周围人的面孔，不知为何怎么努力也抑制不住内心的厌恶。他兜兜转转回到了中学时期的母校，碰巧与瑞穗再度相见，看着对方那熟悉的面容，可她的眼神和举动却无不透露出冷漠。这让长良不得不想，那次漂流，是真实发生的事吗？独自回到了漆黑的居室，他盯着正在不停转动着的指南针，长良回忆起了冲出宇宙后发生的事。