结人与那歧，两人士气高昂地迎来入伍怪伐队的日子。另一方面，重经常梦到奇怪的梦境。入伍没多久，街道上出现了怪异，年幼的少女暴露在危险之中；此时被命令带机的结人。

镜花小队与赛特小队，举办迎新共同特训会，此时，不知为何重对结人猛烈攻击。结束特训没多久，下达了出动命令；根据直见的超脑力，预知到重即将面玲危机的未来。

执行任务途中，胸口被击中的直见发生了变化。因此产生动摇的结人和重，在尚未得到喘息前又被下达了出击的任务。然而在现场迎面而来的是，令人意外的场面。

不分缘由，结人一行人与同伴们之间突然打了起来。其中，那岐做出了许多奇妙的举动。结人和重，被突如其来的异空间吸入，眼前出现的是异样的景象。

苏芳市区的超脑网络断线，怪异横行于街道，国家呈现混乱状态；其叛乱首谋卡连，对新日向国民说明他叛乱的理由。结人接受命令，出发保护身为评议会议长的父亲条，被卷入了最糟的事态。

镜花小队的重一行人，在荒废的岐高速运输公路上醒来；但，场景似乎有些奇怪。重，从某个人口中，解开了至今发生的不明事件，并得知了令人震惊的事实。

结人感到身体有所异状，因此到怪伐军医院检查；在那里发现行踪不明的那歧。一伙人追着那歧，来到怪伐军医院旧馆，那里是过去与结人有缘的场所。

结人试着说服那歧一起回去，此时，发生了令人难以预料的事。结人从吹雪口中得知旧怪伐军医院的秘密；另一方面，重为了见到直见，而前往怪异特异生命研究设施。

结人一行人正在执行搜寻怪罚军逃脱兵的任务，此时，他们一同抵达特异生命研究设施。再次重逢的重和结人，两人的立场早已大不相同。

结人一行人为了得到那岐记忆数据，再次来到旧怪伐军医院。另一方面，科学证明了结人与岐之门的关联性，重再次意识到50年后的结人所说的话是事实。重犹豫不知道下一步该怎么走。此时，镜花提出了个建议。

为了知道救怪伐军医院的秘密，结人被迫成为反叛者。另一方面，重为了救直见，另寻其他方法。身处两地的人马，同时烦恼着，是否前往信仰月球的宗教自治区渡月。最终，两人在渡月会遇见什么呢？

在渡月，结人小队得到新日向建国及岐之门等相关冲击情报，大家都对于这难以置信的情报感到疑惑。另一方面，重在朦胧的意识中，回想起自己的身世；同时，也想起幼时爱慕着母亲的记忆。

结人小队的脑，险些被渡月的主电脑贝比夺走；重小队遇到强力追兵，进行了一场战斗。两小队许久不见，共享彼此找到的情报；然而，听到各种难以相信的事实之后，阳炎突然说出更惊人的话。

从阳炎的口中得知，断绝之带与怪异的真面目，以及为何会诞生红色系线的原因。众人理解必须阻止渡月的企图，结人和重终于拥有相同目的。

为了阻止渡月的企图，结人小队回到苏芳；然而那岐，却在苏芳等带着结人。经过一场激斗后，结人及其同伴们，终于知道两千年来皇家的使命。

界人为了达成皇家使命，及面牺牲国民性命也在所不辞。结人一行人为了公开此言论视频档案，而前往荒吐神。另一方面，重一行人正与利用从人类变成的怪异的怪伐军对抗；此时，出现了第三方势力。情势发展成三方对立了。

知道爱丽丝发生何事的卡连，为了夺走红色系线，而来到结人身边。结人小队一行人与之对战，然而卡连的力量压倒性获胜。另一方面，人民知道界人后，苏芳京开始陷入混乱。

吹雪得知卡连，为了拯救爱丽丝而发动了红色系线后，开始跟结人一行人诉说与卡连的过去。那是吹雪、卡连、爱丽斯三人的温馨回忆；也是这一切悲剧的序章。

蜉蝣承认是他杀死了玖。在与听到这件事的由伊斗的战斗中，影郎讲述了柔的结局和他无可替代的存在的真实故事。在那之后，Yuito和他的朋友们人侵了贝贝以阻止棘手的尝试。Yuito和Kasane瞥 了一眼出现在那里的人。

每个人都到达了宝贝的最深处。但是，无法从贝贝那里提取有关库纳德门的信息。Kasane 及时跳到一个人身边，以寻找除 Yuito 死亡之外的消灭 Kunadgate 的方法。

Yuito 和 Kasane 从 Wakana 那里学到了如何解开维度和消除 Kunadgate。但他们不知道这会付出巨大的代价。

Yuito 遇到 Kite 以解开最后一个维度。Yuito 在心里对 Kite 说话，Kite 为了八云的欲望而试图窃取 Yuito 的大脑。Yuito的话会到达风筝吗？

Yuito 和他的朋友们前往据信 Karen 正在睡觉的 Sumeragi 陵墓，以解开最后一个维度。那里蔓延着的，是世界上一个陌生的空间。还有出现的蒙面人。他是凯伦还是八云？

拯救爱丽丝。被这种想法支配的凯伦为了获得红弦的脑力，攻击了勇斗和卡萨内。最后的战斗从最强的超脑之人卡伦开始！

在最后一次纠缠的同时，Yuitos 试图抹去分离带。但要做到这一点，他需要将他的大脑与 Arahabaki 连接起来。被所有人寄托希望的尤伊托人，在承受着剧痛的同时，继续抵抗着世界的命运。

随着库纳德之门和遣散带的消失，已经过去了一段时间。Yuito 和 Kasane 试图走不同的道路。我对我应该开放的未来感到兴奋。