阿虚曾几何时，都希望过世上真的有外星人未来人、超能力者、幽灵妖怪等超自然生物，但明白这是天方夜谈之后，他早已习惯了平凡的生活，直到一天他遇上凉宫春日... 凉宫春日虽然是个超级美少女，但思想行为怪异，而且超自我中心，只希望与外星人或同等级数的人做朋友，阿虚可以说是唯一例的人。一天， 她被阿虚一言惊醒，决定要创立一个新学会，来满足自己的欲望，SOS团因此而成立!

凉宫春日不知从何处搜刮了很多古灵精怪的用品装饰SOS团的房间，她突然想起在这资讯化年代电脑是不可缺少，于是到隔邻的电脑研究部“征用”一台新型电 脑，电研部的部长当然不肯就范，春日於是使出非常卑鄙的招数，迫他们乖乖将电脑奉献出来。接下来就是SOS团的宣传活动，春日买了两套兔女郎服装强迫实玖瑠一同到校门宣传，曾经向实玖瑠承诺会阻止春日暴行的阿虚，面对春日的热情，亦只能爱莫能助...

长门有希对阿虚说出自己的真正身份是外星人以及与凉宫春日的关系，阿虚听后当然以为她是胡说八道，不过在SOS团出外活动当日，实玖瑠竟然告诉阿虚自己是未来人，因为要监视春日所以由未来来到这个时间平面，再加上自称是超能力-谜之转校生古泉一树的出现，阿虚开始有少少相信春日并不是普通人的事实...

一天早上，阿虚从鞋柜中收到一张字条，叫他放学后到一年五班的班房... 充满疑问的阿虚开门一看，那人竟然是朝仓凉子。原来她也是资讯统合思念体派来协助长门有希监视凉宫春日，激进派的她很想知道杀死阿虚后春日会有何反应，幸好有希及时赶到，阿虚总算捡回一命... 第二日阿虚又收到了另一张字条，今次是从更遥远的时空而来的实玖瑠，她专程来到，目的就是要给阿虚一个提示...

春日坚持要去调查朝仓凉子转校的原因，不能告诉她真相的阿虚只好硬着头皮与她一起去，期间春日说明她三年前遇到的事，自己为何想改变这个世界，阿虚听后无言以对，只能目送春日离开...古泉在阿虚家门前等着他回来，带阿虚到一个十字路口，说要让阿虚见识自己的超能力，阿虚依照古泉指示闭起眼睛走前数步，他睁开眼睛时自己已身处一个灰色的空间，有个巨人正在空间内大肆破坏...

实玖瑠无意中发现阿虚收藏在电脑内以自己名字名命的文件夹，嚷着要阿虚给她看，二人纠缠的场面给春日碰过正着，触发了春日厌倦这个世界想创造另一个新世界的念头... 当晚阿虚从梦中醒来，发现自己与春日处于封闭空间之中，春日对眼前不可思议的情境非常雀跃，不过古泉用仅存的力量通知阿虚，大家本来身处的世界正面临灭亡的危机，春日是否肯回到本来的世界，关键就在于阿虚身上...

不经不觉，SOS团已成立一个月，大家总算过着安稳的日子，不过，春日实在太无聊，于是想出参加棒球大赛打响SOS团的名堂. 阿虚随意叫了几个人一起参加，目的希望尽快输掉可以早点归家去，但阿虚没有想过，比赛落败同时意味着世界没日来临，大家唯有想尽办法在最后两分扭转劣势，全靠有希像魔法般的力量，大家总算反败为胜， 除着春日心情好转世界没日的危险亦得以解除，阿虚于是将进级权让回给上原海盗...

七夕当日，春日提议大家一起向牛郎星和织女星许愿，那么在二十五年和十六年後愿望便会实现；实玖瑠约阿虚放学后到一个地方，却把阿虚带回三年前七夕当日，阿虚依照大人版实玖瑠的吩咐，帮手完成了春日在三年前所画的神秘地上画，不过实玖瑠失去了TPDD，无法回去原本的时空， 阿虚唯有去找三年前的有希求助...

“希望我们SOS团，帮你寻找行踪不明的男朋友？”第一学期期末考试期间，SOS团仍照常营业。春日设计了团徽，并命令阿虚放上团网首页，然而才一上传，网页就完全当掉。这时，社团教室中出现了名叫喜绿江美里的少女，是来请SOS团协寻失踪男友——电研社社长。春日等人来到社长的公寓，但其中空无一人。春日一人先行离开后，众团员都表示这空间不太对劲。接着四人进入了异空间，遭遇资讯生命体的亚种。看来是春日绘制的团徽造成其觉醒……

SOS团今次到孤岛举行宿营, 住宿的别墅是属于古泉的远房亲戚, 一心想当名侦探的春日非常渴望会有大事发生, 幸好最初的两天相安无事, 大家过了非常快乐的时光... 不过到了第三天早上, 别墅主人多丸圭一先生反锁在房间内没有任何反应, 其胞弟多丸裕则突然失踪。大家到圭一先生的房间撞门入内, 竟发现圭一先生身上插着水果刀, 躺在地上...

孤岛上竟然真的发生密室杀人事件, 大家都觉得非常恐慌, 虽然种种迹象也显示阿裕先生就是杀死圭一先生的凶手, 而阿裕先生似乎于前一晚逃离了孤岛, 不过春日与阿虚经过深入分析后终于明白所有真相...

暑假还有两星期便结束，一早完成了暑期功课的春日，和大家编了一个活动表，誓要和大家玩尽这个暑假，与大家玩乐过后，阿虚的功课一点儿也没有做过，最后决定放弃，以自甘坠落的心情迎接新学期…

暑假还有两星期便结束，春日誓要和大家玩尽这个暑假，但阿虚对某些情境有种似曾相识的感觉，当他半夜接过实玖瑠的电话后，终于知道真相, 原来这两星期的时间，他们已重复度过了一万五千四百九十八次…

暑假还有两星期便结束，春日誓要和大家玩尽这个暑假，但阿虚对某些情境有种似曾相识的感觉，当他半夜接过实玖瑠的电话后，终于知道真相，原来这两星期的时间，他们已重复度过了一万五千四百九十九次……

暑假还有两星期便结束，春日誓要和大家玩尽这个暑假，但阿虚对某些情境有种似曾相识的感觉，当他半夜接过实玖瑠的电话后，终于知道真相，原来这两星期的时间，他们已重复度过了一万五千五百一十三次…

暑假还有两星期便结束，春日誓要和大家玩尽这个暑假，但阿虚对某些情境有种似曾相识的感觉，当他半夜接过实玖瑠的电话后，终于知道真相，原来这两星期的时间，他们已重复度过了一万五千五百二十一次…

暑假还有两星期便结束, 春日誓要和大家玩尽这个暑假, 但阿虚对某些情境有种似曾相识的感觉, 当他半夜接过实玖瑠的电话后, 终于知道真相, 原来这两星期的时间, 他们已重复度过了一万五千五百二十四次…

暑假还有两星期便结束, 春日誓要和大家玩尽这个暑假, 但阿虚对某些情境有种似曾相识的感觉, 当他半夜接过实玖瑠的电话后, 终于知道真相, 原来这两星期的时间, 他们已重复度过了一万五千五百二十七次…

暑假还有两星期便结束, 春日誓要和大家玩尽这个暑假, 但阿虚对某些情境有种似曾相识的感觉, 当他半夜接过实玖瑠的电话后, 终於知道真相, 原来这两星期的时间, 他们已重复度过了一万五千五百三十二次, 而阿虚今次终于知道春日有何心事未了, 并成功令时间返回正轨…

暑假和运动会过後，便是文化祭的来临，由于班里面已没有了像朝仓凉子般拥有领导才能的人，大家只好举办问卷调查这沉闷的活动来敷衍了事，春日当然不会就此罢休，她决定要开拍一部电影，誓要成为文化祭最出色的活动，而阿虚和实玖瑠的灾难亦随之而来…

春日公布了角色名单，大家的角色竟然与自己的真正身份一模一样，令大家非常惊讶， 到了电影开拍当日， 春日的说话一时一样，而且在没有剧本和对白的情况下，阿虚和实玖瑠被春日弄得头昏脑胀…

春日希望实玖瑠成为战斗Service Girl，蓝色的左眼隐藏着秘密武器，结果春日所想的变成事实，实玖瑠的左眼真的发出了死光，差点令阿虚当场毙命，幸得长门出手大家才保一命，由于事态严重，古泉和长门决定联手，想办法令实玖瑠发出死光…

春日一行人继续拍摄工作, 实玖瑠成为了春日的玩具被虐待到体无完肤, 阿虚看不过眼结果与春日吵起架来, 但后来因为谷口的牢骚, 反而激发了阿虚要完成电影的决心…

春日逐渐将电影的虚构世界与现实混淆, 令到世界出现很多不可思议的现象! 为令世界重拾正轨, 大家想尽办法一定要令春日自己明白到, 电影与现实是两回事…

“来拍电影吧！”在春日一声令下而拍摄的这部自主制作电影，这一天举办了第一场试映会。为了争夺古泉一树，战斗女服务生(未来人)实玖瑠与邪恶魔法师有希两人，展开了一场又一场的激烈战斗。这场规模浩大的人间戏剧，即将登场？喂，真的假的‥…。

北高文化祭终于举行, 阿虚为了SOS团的电影捱了一晚通宵, 困倦的他在校内四围游荡, 吃过实玖瑠的Cosplay炒面后, 本来打算在礼堂中打盖睡的他, 被眼前光景吓了一跳, 春日竟然与轻音乐部一起在台上夹Band兼负责主音, 阿虚后来才知道春日只是代受伤缺席的成员上阵, 由于反应空前热烈, 乐队原本的成员非常感激春日, 不过一向只是有破坏冇建设的春日突然被人道谢, 内心泛起了微妙的感觉...

电脑研究部为了报被春日夺去电脑之仇，要求以自己开发的电脑游戏，与SOS团一决胜负，由於SOS团的真正战力只有阿虚，有希和一树三人，战况可以说是一败涂地，不过阿虚宁愿战败也不愿意作弊取胜，但有希发现，作弊的人原来是电研部他们，阿虚于是批准有希修正游戏程式，以公平手段击败电研部，电研部自此亦要归顺于春日之下...

已经踏入了冬天，春日无视寒冷的天气，仍然要阿虚做跑腿到商店街取暖炉，目的就是趁阿虚不在时替实玖瑠拍过一辑新照片，万分不愿意的阿虚走下山坡时，毅然发现自己早已习惯这条每朝都折磨他的登山路线，SOS团也是一样，冒着雨水将暖炉搬回活动室，全身冷得发抖的他，开着暖炉便累得倒头大睡...