为了打倒荒神而成为噬神者的少年空木莲华，成为了新型适合者，莲华在测试训练中的优秀表现令雨宫三佐侧目，但莲华总是为了救他人而将自己置于危险之中，这点令雨宫很担忧。装甲壁被打破，居住区遭到多数荒神入侵，莲华不顾雨宫的阻止执意参与出击，他想要救助受伤的噬神者，结果反被荒神包围，危急时刻，第一部队前来救援。

面对荒神和伐折罗的双重袭击，雨宫同意莲华加入作战。莲华和佐久夜将艾瑞克送到安全地带，随后两人突袭伐折罗。然而计划失败，莲华被伐折罗所释放的电流击昏。等他醒来时，发现自己身处监狱，并以违反命令为由遭到囚禁。监狱外，委员会商议收回莲华的神机，而另一位新型适合者正从俄罗斯赶来。

这次莲华等人的任务是救援拥有新型神机的艾莉莎，但被荒神围困在运输机上的艾莉莎却拒绝接受救援，莲华等人只能在直升飞机上进行支援。进化的荒神引来了同伴，龙胆和莲华来到了运输机上，而运输机里的大量受伤人员是艾莉莎不肯离开的原因，看到这些他决定拯救所有的人。

为了神盾计划，新型噬神者亚莉莎·伊莉妮提娜·阿米耶拉来到机东分部。她与莲华、浩太被分配到第一部队，由队长龙胆、副队长佐久夜和索玛带领。神盾计划是要将一座废弃的海岛变成能够容纳全人类的避难所，免受荒神的侵袭。第一部队展开行动，他们的目标是回收荒神体内的核心。

指定核心的收取已经确认，任务终于完成。莲华似乎有心事，他在解散前叫住了龙胆，欲言又止的他最终没有说出内心的想法。之后，莲华单独去询问云雀小姐关于神盾的事情，他想知道神盾何时才能完成。迄今为止，神盾建造的进度只完成了0.06%，要完全建造好还需要大约几万只的核心，这着实让莲华震惊不已。

醒来的莲华看到了还在昏迷中的亚莉莎，简单的处理后亚莉莎恢复了生命迹象。打败他们的黑色的伐折罗让亚莉莎非常介意，在她准备起身去寻回神机时身受重伤的莲华倒了下去，在帮莲华处理了伤口后亚莉莎蜷缩在地上，透过门缝她似乎听见了很久以前的声音，那是她人生中最痛苦的一天。

现在的情形让龙胆等人无法顺利前往救助站，获救的莲华和亚莉莎跟着龙胆一起来到了一个村子，村子里都是无法前往极东避难的人们，而一直默默支撑这个村子的正是龙胆。村子周边的树木其实是龙胆为了防御而培育的荒神，看到这些的莲华非常惊讶，而龙胆的话语也让他想起了自己得到神机时的决心。

经调查发现，第一部队之前遇到的是伐折罗的变种，天父狄阿乌斯。凶猛的荒神开始往极东地区聚集，威胁逐渐增加。亚莉莎由于精神问题在主治医生那里疗养，莲华的神机无法使用，两人处于离队状态。神谕技术的开发责任者榊博士发现莲华的神机并未死亡，但修复起来却很棘手。第一部队和第二部队执行捕猎任务，但途中发生了紧急情况。

神谕细胞正在吞噬莲华的身体，总有一天莲华会被侵蚀殆尽，就算他不再使用神机，也只能存活三年，这突如其来的打击让莲华不知所措。随后，莲华接到了有关陨石作战中诱导装置的任务，并作为队长率领索玛·席克札尔等人。索玛被同伴称为“死神”，而他竟是科学家爱莎·戈许的儿子，人类与荒神的混血儿。

莲华重新获得了力量，在神机改良过程中，莲华想起了心痛的回忆。莲华自小被人抛弃，他被善良的一家三口收养，他的名字正是姐姐伊吕波起的。某日，伊吕波和莲华在外被荒神袭击，关键时刻噬神者龙胆救了他们。没想到莲华竟然通过了神机测试，看到家人为了他而放弃生命的场景，他决定用生命延续希望。

世界各分部派出精英支援陨石计划，亚莉莎再次回归，整个人都变了一个样。龙胆让莲华担任这次作战的前线基地司令部指挥官，大家可能会和之前的天父狄阿乌斯再次交手。尽管陨石计划关系着神盾计划，但龙胆并不是很赞同这次行动。由于异常突然出现，身为指挥官的莲华再次出战。

龙胆被伐折罗围攻，莲华的新神机终于上线，以高火力瞬间击溃一群伐折罗。芬里尔出现内鬼。荒神霸主天父狄阿乌斯登场，第一部队追着它来到死亡森林。就在战斗中，亚莉莎被主治医生精神控制，接连对着龙胆开了数枪，所幸并无伤亡。众人被困无法动弹，亚莉莎在莲华的呼唤中恢复斗志。

龙胆的战败让队友们都失去了理智，不论莲华再怎么劝说他们都无法冷静下来，强大的天父狄阿乌斯瞬间便击溃了他们的阵型，面对这种情况莲华一时不知道该如何应对。本该避难的人们跑回来协助莲华等人，鼓足勇气的莲华决定继承龙胆的信念，守护龙胆所要守护的东西，在制定了作战方针后他们与天父狄阿乌斯的战斗开始了。