空条徐伦与恋人开车兜风时发生意外事故，她因盗窃和肇事逃逸被起诉。虽然想要洗脱罪名，但被恋人和律师背叛，被关押在“州立绿海豚街重警备监狱”。徐伦对15年的实刑感到绝望，但因为接触到了父亲送给他的吊坠，而觉醒了不可思议的力量……

徐伦的监狱生活开始了。但是，由于同一牢房的犯人奎丝的越轨行为，徐伦被逼入绝境。奎丝因为徐伦的坠饰而觉醒了不可思议的力量——「Stand power」！因奎丝的能力而变小的徐伦用自己的替身“石之自由”与奎丝进行战斗……

徐伦在监狱里遇到了一个戴着棒球帽的神秘少年。少年警告徐伦说:“不要和前来会面的人见面。”徐伦对不该出现在监狱的少年感到奇怪，但是第二天，就像少年说的那样，探监的人来了。这个人就是徐伦的父亲空条承太郎。

徐伦从数年未见的父亲承太郎口中得知，一切都是DIO的前部下约翰格里·A所策划的事件。徐伦还没来得及理解承太郎的话，就被约翰格里·A的“曼哈顿中转站”袭击了。

在会见室醒来的徐伦和承太郎。两人一边梦见敌人的替身，一边慢慢地融化着身体。哪里是现实，哪里是梦?以承太郎的替身“白金之星”的能力从会面室逃出的二人，新的敌人的影子悄悄靠近。

由于神秘的替身“白蛇”的能力，承太郎自己的替身和记忆被具现化了的2张“DISC”被夺走，陷入假死状态。徐伦为了救父亲的命，决定回到监狱内取回光盘。另一方面那个时候，在替身能力觉醒的艾梅斯·克斯提洛面前，出现了异常的男囚·马昆恩。

农场里有两个犯人失踪了。徐伦和艾梅斯参选搜索队。徐伦等人的目的是在农场拖拉机的轮胎里隐藏着白蛇的DISC。但是在搜索过程中，艾梅斯发现了一件奇怪的事情。明明应该有5个人的搜索队，不知为何竟然有6个人。队伍的违和感在扩散中，不久看守的身影也消失了…

突然出现在湿地，对徐伦等人进行袭击的身份不明的替身。徐伦和艾梅斯为了查明真相，对其他3名犯人进行了审问，但感觉有些不对劲……。看台的真实身份，是被白蛇赋予智慧的浮游生物集合体“幽浮一族”。徐伦和埃尔梅埃斯将挑战拥有高智慧的强敌。

f.f.借用死去的女囚埃托洛的形象，与徐伦等人一起行动。有一天，徐伦和F·F (hoofiters饰)在运动场上玩投接球时，女囚密拉休突然出现，并提出“坚持不了100次的一方给100美元”的赌注。徐伦等人虽然很警惕，但还是接受了她的邀请……

要想把在农场买到的承太郎的“露天光盘”交给速运车财团，就必须绕过警备的视线，前往中庭。徐伦的比赛时限是20分钟。徐伦被出现在那里的安波里欧少年带到了一个房间。房间里有两个不认识的男人。其中一个沉默寡言的男人，天气预报说要成为徐伦的护卫…

徐伦和天气预报受到了新的敌人——朗库·朗库拉的“闪电跳越杰克”的攻击，身体处于无重力状态。失重进一步造成真空状态，使两人陷入绝境的危机。用气象报告的操纵天气的能力做了云的套装，穿上它就能勉强忍受……。

徐伦和天气预报击败了朗库·朗库拉的。但是徐伦在目的地中庭面前，遇到了普奇神父。不知道普奇神父是幕后主使的徐伦恳求他让自己去中庭。警觉到同伴的存在的普奇神父虽然错过了徐伦，但是已经派了新的追兵前往中庭。剩下的时间不多了。徐伦能把光盘交给SPW财团吗?

野人花园行动作战成功以后，徐伦一直没有看到艾梅斯的身影，因此开始调查她的过去。看来，她是为了某种目的而进监狱的。另一边，艾梅斯这几天来一直在监视着一个男人，徐伦和斗魂骇客一起向艾梅斯询问她进监狱的真正意图，却被毫无头绪地赶了回来。

艾梅斯为了向杀死姐姐的男人史波兹·马科斯复仇，使用替身「亲吻」发动了奇袭，但受到了史波兹的替身「林普·比基兹特」的反击。在防御的一方，徐伦和斗魂骇客出现，加入了作战。但在「林普·比基兹特」的能力「看不见的尸体」面前，3人逐渐被逼入绝境。

打倒史波兹·马科斯的徐伦，以闹事为由，被关掉了“重度惩罚隔离房”。但其实，徐伦是为了追查与「白蛇」有关的骨头的下落，才故意用惩罚进入隔离房。斗魂骇客为了徐伦的安全，把目光转向了「幽灵房间」的另一个男人纳鲁西索·安娜苏……

徐伦在重度惩罚隔离房寻找「骨头」。但在另一边，感觉到了史波兹·马科斯被打倒，并被看了DISC的普奇神父，立即派了几个替身使者前往隔离房。由于替身「生存者」的能力，所有的看守和囚犯情绪高涨，隔离房瞬间变成了“搏击俱乐部”，在各处展开战斗。被看守伍斯伍德袭击的徐伦，虽然发现对方也是一名替身使者，但面对神秘的能力还是一边防战……

徐伦艰难地战胜了伍斯伍德。环顾四周，其他犯人之间的战斗已经结束了，现场只有以奇怪的姿势倒下的囚犯和几名幸存下来的囚犯。其中一人叫“贤三”，自己表明是被「白蛇」送去的替身使者。就在徐伦进入战斗状态的时候，悄悄靠近的斗魂骇客对贤三发动了奇袭。

被普奇神父送过去的贤三和斗魂骇客的战斗开始了。斗魂骇客不知道贤三的替身「龙之梦」的能力，受到了单方面的攻击。随着战斗，徐伦意识到斗魂骇客体内的水分正在一点点减少，向安娜苏请求帮助也被拒绝了。找到「龙之梦」突破口的斗魂骇客尝试补充战斗所需的水分……

徐伦等人击退了贤三，并开始寻找带着「骨头」的小个子男人。一行人找到小个子男人，想把「骨头」抢过来，但周围倒满了犯人们，身上长着“植物”。然后，想要靠近的徐伦也……。另一方面，躲在暗处观察情况的D&G，认为「植物」产生的原因可能与「骨头」有关……

从惩罚房逃出的时候徐伦发现了异形生命体「绿色婴儿」，还有「马友友」。一看就知道很听话的「马友友」和徐伦等人乘坐的小船在湿地前进。但是，徐伦他们真正应该害怕的不是看守们的追兵，而是「马友友」看不见的替身攻击……

为了打倒「马友友」，斗魂骇客与徐伦、安娜苏分开行动，追杀本体D&D。斗魂骇客在那里发现了监视d&g的普奇神父，知道了他就是替身「白蛇」的本体。斗魂骇客虽然受到「白蛇」的妨碍，但还是击破了D&G。随着「马友友」的消失，吞下的蛋也碎了……

徐伦和安娜苏成功捕获了「绿色婴儿」。另一方面，在与「白蛇」的战斗中看似已经消失的斗魂骇客，在绝境中出现了天气预报的雨，千钧一发之下活了下来。斗魂骇客和天气预报去了徐伦和安娜苏那里，4人平安地会合了…

从装扮成天气预报的普奇神父的袭击中，斗魂骇客保护了承太郎的记忆DISC和安娜苏的生命，但最后还是被消灭了。为了阻止逃走的普奇神父的野心，徐伦决定从绿海豚岛越狱。自称“穆穆”的看守拿着「白蛇」的口信出现在那里……

受到了穆穆的替身「恶魔枷锁」的能力的影响，徐伦「最多只能记住3件事物」。她照着缝在手上的“去见安波里欧”几个字开始行动。但是，另一方面，安波里欧也因穆穆的替身能力而陷入困境。虽然失去了记忆，但徐伦还是躲过了警备的监视，来到了安波里欧所在的密室，这也正中穆穆的下怀。

徐伦等人为追捕普奇神父，成功从绿海豚岛越狱。得知徐伦越狱的普奇神父，在下次“新月”之前的5天里，为了远离徐伦等人而北上，却被卷入了在医院发生的人质事件中。另一方面，继徐伦等人之后，成功越狱的安娜苏、天气预报发现自己受到了什么人的攻击。

受到替身“波西米亚狂想曲”的攻击，身心分离的安娜苏为了找回自己的肉体，采取了与天气预报不同的行动。但是，“波西米亚狂想曲”也袭击了天气预报。天气预报察觉到替身本体的位置正逐渐远离小镇，甚至用雨封锁了道路……

与前男友罗密欧重逢的徐伦，从请求宽恕的罗密欧手中接过直升机钥匙，向着普奇神父的目的地卡纳维拉尔角进发。在路上，徐伦从西边感觉到普奇神父的存在。正要改变方向的时候，一种与自己的意志无关的奇怪的症状袭来。那是DIO的儿子——里奇艾尔的替身“骇飞天外”的攻击。

在与里奇艾尔的生死搏斗中获胜的徐伦得知了天气预报是普奇神父的亲弟弟这一令人惊愕的事实。之后，徐伦一行人追随着普奇神父的气息来到了急救医院，在那里徐伦他们看到的是病房里深挖的巨大洞穴。徐伦确信普奇神父就在洞中，虽然知道那是陷阱，但还是跳进了洞里……

由于凡苏斯的替身“地底世界”的能力，徐伦和艾梅斯埃斯陷入了坠落的飞机的记忆中。离坠落还有2分钟——这是命运的时刻。即使徐伦从飞机上飞出来发动攻击，记忆之外的天气也无法到达。为了寻求外部的帮助，徐伦联系了安波里欧。

因为凡苏斯插入的DISC而恢复记忆的天气预报，同时恢复了原本粗暴的性格。然后，天气预报在无意识下发动的他的可怕的能力，恶魔的彩虹“狂风暴雨”出现，被卷进的人都变成蜗牛的身姿。另一边，从徐伦等人手中逃脱的凡苏斯，为了将普奇神父所追求的“上天堂的方法”据为己有，找到了安波里欧，计划夺取承太郎的DISC。

1972年，刚出生的恩里克·普奇有一个双胞胎弟弟。但是这个弟弟被换成了死去的婴儿，兄弟俩作为陌生人分别走上了不同的人生。时间流逝，在走上神学道路的年轻普奇面前出现了一个自称DIO的不可思议的男人。在这奇妙邂逅的第二年，普奇得知自己的亲弟弟维萨·布鲁马林(天气预报)还活着……

为了阻止“狂风暴雨”的蜗牛化，徐伦等人急忙去天气预报那里。另一边，天气预报考虑着为普奇神父带来的悲剧做个了结。感知到普奇神父的接近，天气和安娜苏开始警戒，但是知道“狂风暴雨”的应对方法的普奇神父从意想不到的地方对二人发动了奇袭。

徐伦被托付了封印天气预报的替身能力的DISC，追随普奇神父来到了卡纳维拉尔角。这里有航天区域，在地球上也是“引力”比较弱的地方。离新月还有2天——等待“天堂之时”的普奇神父的身体开始发生异变……

逆着重力前进的徐伦他们，突然被“白蛇”和“绿色婴儿”组合的替身袭击，那是普奇神父觉醒的新替身“C-MOON”。它有着接触到的东西会翻转的能力，这使徐伦等人陷入苦战。为了拯救掉入深处的安娜苏而跳入困境的徐伦面前出现的是……

徐伦被“C-MOON”的一击必杀的重击，转眼就消失了。但是发现徐伦还活着的普奇神父为了和“乔斯达的血统”做个了断，便去追随消失的徐伦。而且，普奇神父感受到了，不仅仅是徐伦，还有另一个乔斯达的血统——空条承太郎即将出现在这里……

与承太郎、艾梅斯会合的徐伦终于将普奇神父逼入绝境。但在承太郎的鱼叉即将射穿神父的瞬间，“天堂之时”终于来临。普奇神父发出了几道耀眼的光线。徐伦注意到的时候，神父的身影消失了，随后卡纳维拉尔角陷入混乱的重力逆转恢复了原来的样子。

普奇神父的替身进化完成了。为了从新替身“天堂制造”的超速度的攻击中重整战况，徐伦等人企图殊死向“大海”移动，而安娜苏成为了诱饵。承太郎用“白金之星”使时间停止并发动攻击。但是，普奇神父的行动很快，承太郎看到的是即将刺向徐伦的大量匕首……

将一切都卷入其中的“时间加速”不会停止。不久宇宙转了一圈……当安波里欧醒来时，发现自己在绿海豚街监狱。人类到达了世界的终点，迎来了新的世界。为了斩断与以前世界的因缘而出现的普奇神父，想要杀掉安波里欧。陷入绝境的安波里欧，把徐伦给他的DISC塞进了脑袋里……