良家子女学习的名门・京常见学园。在那里，刚刚被选出的学生会干部们成为了注目的焦点。帅哥们中最引人注目的神宫司高马、杰。尽管他刚搬进学校不久，却还是当上了学生会会长，非常有人气。文武双全、才色兼具冷酷气质的杰，对女学生来说已经是超级偶像般的存在了。但是，他偶尔露出的阴沉的表情，心不在焉的态度。没有人注意到他并没有说出真心话。充满谜团和秘密的杰拜托了副会长春人，检索一位名叫羽早川的人物情报。

托这个世界上唯一的理解者、学园长的御国的福，杰把原来的自己的宅邸作为学生会室。杰与可能知道妹妹天奈行踪的好友羽早川重逢，却被敷衍了事闪烁其词。拼劲全力寻找线索的杰下定了近乎癫狂的决心，那就是不能让羽早川逃走。另一方面，羽早川工作的咖啡馆的事态变得严峻。因为有羽早川这样的美男子，原本顾客络绎不绝的咖啡馆，突然变得门可罗雀。似乎是有人在学校内部网站上，散播无中生有的谣言，说羽早川四处搭讪女学生——。

即将到京常见学园主办的集市活动季节。在学生会必须团结一致的时候，莲发现萤常常消失。偷偷跟在萤的身后，发现了他和音乐女教师三上早月单独幽会的的身影……而且，新闻部的福尔摩斯和华生也目击了密会现场。另一方面，春人觉得杰与自己一样内心是孤独的，故而很在意他。杰却不知春人的心意，怀疑天奈的吊坠在羽早川手上，虎视眈眈地瞄准着与羽早川接触的机会。

京常见的城市振兴活动日。整个城市被节日的热闹所包围，CAFE·de·WAYNE也因的露天商店大为繁荣。晃为了让活动更加热烈，拜托杰他们到小摊子里帮忙，但是因为模仿执事的事情已经受够了，所以被拒绝了。萤看到晃遗憾的样子，突然闪现出了用接待服务对决的点子。因为如果会长出席的话气氛会很热烈，所以就被推荐参加了的杰。虽然露出了很讨厌的表情，但当羽早川报了名之后，眼神就变了。

浮现在手链上的“2220”这个谜一样的数字。对此无法理解其含义而在苦恼的杰，突然就传来了改建宅邸这一令人震惊的消息。不想失去和天奈唯一回忆的地方杰，向御国提出取消改建的直接诉求，受到了理事长的指示和担心被过去束缚的杰的教诲的话。看到杰难得地露出感情的学生会的各位，为了帮助杰而奋起。想出来的作战计划是利用理事长深信迷信的性格，那个名字也叫作“被诅咒的宅邸·妖怪大作战”！

神秘男子虽然击退了，但是由于战斗的余波房子的一部分倒塌了，里面的春人受了重伤。春人向在病房道歉是自己的过错的杰问了理由，却没有得到回答。感到心的距离的春人，采取了像将杰推离一样的态度。杰以尴尬的气氛离开了医院，不过在学园像追击一样的事件发生了。校内到处都贴着谴责杰的贴纸，学生们对杰的视线也明显冷淡起来。来自辉意味深长的话语刺入胸膛，杰遭受到精神的压迫……

春人被证实是血族的后裔，杰说出了浮在手镯上的数字和隐藏的房间的存在，并请求春人帮忙解开谜团。春人一边为这样的想法感到高兴，一边又因为杰在这个谜被解开后就会消失而感到无可奈何的寂寞。另一方面，CAFE·de·WAYNE中羽早川向晃说明着自己和杰为何会被送到了百年后的世界的推测。在思考的时候，突然有什么人的声音打断了二人的对话。而声音的主人，竟是店里的吉祥物鸟小P。

萤、莲、还有德古拉的身体出现了血族标志，判明了他们是有特别能力的一族的后裔。已经发动了忘却能力的萤坦率地接受了那个事实，德古拉一边半信半疑一边也觉得某些地方可以接受。但是，只有莲断言这只是偶然或是谁的恶作剧，顽固地不相信杰的话。在这样的情况下，继萤之后，春人、德古拉也觉醒了作为Butler的能力。莲舍对德古拉说出“相信那样的事还不如小学二年级”的自傲话,不过他自身能力也得到觉醒，并陷入了意外的状况中……

学生会的同伴随着Butler的能力觉醒，仿佛呼应一般，天空开始出现时空的歪斜。春人读解了刻在杰手镯上的暗号“2220”之谜，并告诉大家那里显示出来的事实。杰他们根据春人解读的线索，好不容易到达了有住宅的地方。那个时候，福尔摩斯和华生推理出了杰和羽早川的关系，为了质问羽早川直接去了CAFE·de·WAYNE。虽然羽早川静静地避开了两人的问话，但面对无法错过的话语而面带愁容——。

知道一切却不去拯救天奈的羽早川，让杰感到了背叛和绝望，并向他发动了袭击。羽早川一边躲避着任由愤怒攻击的杰，一边对杰说出了理解天奈的真意——。另一方面，在学园寻找杰的春人他们，跑到听见了叫声的温室。在那里有辉，受伤倒下的福尔摩斯和华生的身影。并且，为了羽早川探寻御国动向的晃也面临着危机。

察觉到真相的福尔摩斯等人打算向杰告知危机，但迟了一步，天奈的项坠和胸针被辉夺走了。在此期间卷起令人毛骨悚然旋涡的时空的扭曲，时时刻刻地向京常见城市的天空扩展。“目的是一样的……”在离去之际，辉的神秘话语。杰一边难以测量那个真意，一边打算取回项坠拼命追赶辉。走到尽头的地方看到了御国的身影。御国像在嘲笑聚集在一起的杰他们一样地开始说出真相。“好了，差不多该出发了。”强大的闪光撕裂天空，城市被结界覆盖——！

抛开阻止的春人，向着光之柱奔跑的杰“也带我一起走――！”。萤、莲等人呆然地望着与御国并立，用冷漠的视线俯视的杰。本应是相互信赖的朋友，杰却和御国一起去了时空扭曲的那一边，世界会就这样消失吗？毫不介意早月的责难，杰与辉相对……。杰和御国，还有羽早川。各自跨越了百年的想法渐渐重叠——。