苍生柊太是个崇拜英雄的青年。他在某个事件没能拯救青梅竹马翠堂明日实，于是放弃了当英雄。在事件发生后一年的追思会上，柊太和儿时玩伴朱城兰以及翠堂弘树偶然重逢。被称为“RGB”的三人因为事件的缘故渐行渐远。重逢的三人手机在同一时间响起，一看手机画面，那竟然是应该已经死去的明日实的来电。

樱木麻里在宝商店街料理着什锦烧店的大小事，而自从新商城宝购物中心落成后，这条商店街的经营就变得越来越困难。与此同时“24区美食节”即将登场。优胜奖品是与大型超商的联名合作，商店街的人都对麻里发想的特别菜单“麻里特餐”的新菜色寄予厚望。备感压力的麻里想找RGB三人商量新菜单，却没能和忙碌的三人讨论。

终于来到“24区美食节”当天。麻里和RGB的三人干劲十足地以拿下优胜大奖为目标，然而他们所使用的，专门拿来做什锦烧的圆白菜竟然全被半灰色组织“破鲨”给买走了。一时之间陷入困境的他们，透过恩师阿桦的协调，总算在阿桦熟识的商店街店家那里买到了圆白菜。究竟麻里能不能排除万难拿下优胜大奖呢？而就在这个时候，RGB又再次接到了明日实的来电。

在席卷美食节的龙卷风所引发的事故中，阿桦及许多的人由于RGB所肩负的未来选项而牺牲了。并且三人依然不知道骇进24区网络，留下神秘话语的“卡尔内阿德斯”的真实身份到底是谁。在这期间，旧市街贫民区里流行起有着强力成瘾性的神秘毒品“D”，犯罪率急遽上升。而柊太在听说了“在危险的夜晚街区看见阿桦的女儿小梢”后，赶忙追了上去。

豪华邮轮上被装设了炸弹。在新的电车难题中，被摆上天秤两端的是船上的大人物们的性命，以及恐怖行动的犯人的性命。弘树主张应该要射杀犯人以保护受害者，但兰却注意到在画面中看见的犯人是DoRed的成员苦无。兰对另外两人隐瞒实情，自己去调查苦无进行恐怖行动的动机。究竟这次的电车难题会迎来什么样的结局？

弘树为了阻止恐怖行动而射杀了苦无。另一方面，由于疑惑的箭头指向了苦无所属的集团DoRed，身为首领的兰便成了外警追捕的对象。防止了恐怖行动发生的弘树告诉父亲有关自己经历的画面一事，然而却仍旧没能获得父亲的信任，不被他所信赖。在这期间，电视播出了苦无事前上传的视频，视频中揭露了关于毒品D及贫民区再开发的真相。看了视频的豪理带弘树前往某个地方。

KANAE系统开始运作后过了两个月，犯罪逮捕率确实因为新系统而有所提升。兰作为苦无引起的恐攻事件中的重要嫌疑人遭到通缉，而弘树则转调到了运用KANAE系统的外警部门。另一方面，和弘树及兰失和的柊太代替前往巴黎修行的父亲留衣帮忙苍生烘培的工作。正为无法做出好吃的“黄金日出”而烦恼不已的他收到了来自小梢的信息。

挑起“涂鸦战争”的不是卡尔内阿德斯，而是兰的师父Zelos。柊太从他口中问到卡尔内阿德斯的所在地，急忙赶往丰饶之角的最上层，却在这时接到了明日实的来电。传送到脑海里的画面所呈现的两个未来，一个是丰饶之角上的起重机因为雷击而操控失灵并坠楼、造成许多人牺牲，另一个则是为了修理起重机系统而使修理者牺牲。而且前去修理系统的，竟是那个照理来说提出了电车难题的卡尔内阿德斯。

KANAE系统是基于弘树和明日实的母亲香苗从前所设计的AI。过去，搭载该AI的车辆发生事故，将Zeroth和黑葛川卷入意外之中。而AI的判断造成Zeroth遇害，留下了失读症的后遗症。香苗为了解决问题烦恼不已，却有人告诉她或许系统有原理上无法解决的问题。再加上听闻Zeroth的涂鸦才能觉醒，香苗决定放弃开发系统。时间流逝，看似顺利发展的24区，却因为香苗的死而大大地推动其命运。