身为美丽的巴黎仕女，在黑暗社会以孤独杀手身分活跃的蜜丽优．布可。某日，她收到一封奇怪的委托信件，萤幕上显示出的暗杀目标是一个名为“夕丛雾香”的少女。蜜丽优本来不想理会这封信，但是当她听到附件的旋律时，浑身突然感到僵硬。

雾香来到巴黎，并决定成为蜜丽优的夥伴暗中帮忙她执行任务，两人的代号为“Noir”。这次的目标是法国国家公安局的鲁古兰部长，据说鲁古兰在私下与恐怖组织有所勾结。当鲁古兰听到欲前来杀害他的杀手名为“Noir”时，当场便说出了一个惊人的事实。

雾香与蜜丽优原本奉命前往暗杀企业界大老碟克斯，没想到这居然是敌人为了消灭“Noir”而设下的巧妙陷阱。两人被引诱至敌人的包围网之中，陷入了困境。虽然靠着雾香的机智与过人枪法勉强击退了敌人，但在两人面前出现的居然是。

武吉亚是个随时都有可能爆发政变的小国，而亚莱德公司则是在暗中渗入军队，并把这个国家当成饵食吸取资源的国际保全公司。雾香与蜜丽优为了暗杀哈孟德社长而装成渡假观光客潜入，没想到她们到此的消息却被不知名人士泄漏，使她们遭到武吉亚军队的重重包围。

为了找出袭击自己的神秘敌人之庐山真面目，蜜丽优委托熟识的线人调查相关情报，没想到这个线人与其家人却都遭到杀害。蜜丽优利用该名线人生前遗留下的物品试图找出线索，但是敌人却已经完全掌握了蜜丽优的动向，这个出现在蜜丽优与雾香面前的敌人究竟是。

有一位老人来到东欧的寒冷小村落隐居，并一直为村民提供免费的食物与照顾，村民都视他为圣人，但这位老人的真实身分却是过去的KGB将领，而且还曾多次下令虐杀无辜的老百姓。雾香与蜜丽优接到暗杀这名老人的任务而前往这个村落，然而她们到了当地才发现这名老人已罹患重病且性命垂危，因此开始感到犹豫。

蜜丽优与雾香在中东的小国暗杀了武装游击队组织领袖，而雾香也在离开时中枪受伤。在游击队的追杀之下两人拼命朝着边境逃去，然而就在蜜丽优外出寻找线索时，雾香却被游击队抓走了。雾香被带到了游击队的大本营，她的命运究竟会。

为了得到神秘组织索达与西西里人的秘密合约书，蜜丽优与雾香接下了暗杀黑手党干部的委托。而黑手党的老大为了除掉Noir，特别找来了那个被软禁在西西里岛，人称“不可侵犯者”的家族继承者—希法娜。

为了夺取合约书，蜜丽优即将与希法娜进行最终对决。蜜丽优於少女时期曾亲眼目睹希法娜的恐怖，尽管心生畏惧，但她依旧前往希法娜所在的西西里。Noir虽然陷入劣势但仍奋力抵挡，最後由蜜丽优与希法娜的对决终於展开。

这次的对象是不法的警官陆比克与贪污法官德斯坦，然而陆比克却在Noir面前遭到神秘暗杀者杀害；面临这样的挑战，Noir决定要找出这名杀手的真正身分。另一方面，欲将Noir推入陷阱的德斯坦，在他面前出现了一名神秘暗杀者。

蜜丽优与雾香追查着神秘影本的来源时，一名神秘男子突然主动与她们接触，这名男子自称是索达的成员，还说将会告诉她们影本来源的所在地。虽然蜜丽优与雾香完全不了解索达的来意，但为了影本，还是决定要前往那个约定的地方，只是没想到等着她们的却是一群索达的刺客。两人在击退敌人後顺利回到公寓，然而出现在她们面前的居然是。

NATO的退役将军铼曼，退休後即隐居於瑞士的山林过着悠游自在的生活，他虽然曾担任过NATO的情报部长，私底下却也是索达的成员。成功与“Noir”接触的黑江，在艾尔黛娜的指示下前往清除铼曼；然而除了黑江之外，其实前东德国家保安局的赛纳也派人前往暗杀铼曼。

雾香在购物途中遇见一名在公园画水彩画的青年猠洛修；雾香对他的画感到兴趣，因此也开始在公园画起了水彩画。跟这名让自己生平第一次觉得信赖的男子在一起的这段时间，雾香感到些许的幸福，但是蜜丽优却要求雾香不要再跟该名男子见面。另一方面，过去的夥伴遭到蜜丽优杀害的咖雷，在出狱之後回到了巴黎。

跟蜜丽优在小时候就分开的叔叔费得，某天突然出现在蜜丽优面前。费得在蜜丽优父母遭到杀害後，将蜜丽优带离科西嘉并将她训练成一名杀手。这场突如其来的重逢，让蜜丽优感到非常的开心，然而费得实际上却是因为遵照索达的指示，前来执行某项任务。费得邀请蜜丽优来到家中，并拜托了她一件事。

蜜丽优的公寓里放着一封来自索达的委托信函，信中要求雾香与蜜丽优前往台湾执行任务，她们两人虽然感到十分迷惑，但还是照着信中的指示前往台湾。索达指示的任务，是暗杀控制台湾黑社会的帮派老大，雾香与蜜丽优在索达使者的帮助下来到了某座寺庙，然而黑社会的杀手们却早已埋伏在那里。

在雾香与蜜丽优的面前出现了一名黑社会杀手—萧丽，她是个擅长使用毒爪瞬间致敌人于死地的冷酷杀手。当雾香正打算救出遭敌人俘虏的蜜丽优时，黑江突然出现在她面前，并表示愿意相助；在雾香与黑江的活跃下，蜜丽优最後总算成功逃脱。在一场混乱的枪战中，萧丽突然失去了踪迹，她与黑江的真正目的究竟为何。

在台湾看到雾香与黑江的活跃，因而感到十分落寞的蜜丽优，决定独自回到科西嘉。她由现在掌管着科西嘉的贝特尼耶得知，唯一知道蜜丽优父母遭到杀害之真相的证人马德兰还活着，因此试图与他接触。

黑江在科西嘉告诉了蜜丽优一连串让她感到震撼的事实，蜜丽优与雾香之间也因此产生了决定性的鸿沟。无法控制情绪的蜜丽优忍不住要求雾香马上从她面前消失，为此感到迷惑的雾香独自徘徊於巴黎的大街上。此时，一名索达的男子出现在她面前。

雾香与蜜丽优靠着索达男子留下的线索，终於找到了古文书的真正面貌。为此她们来到收藏着此古文书正本的企业家_爱德林贾家中，没想到黑江也出现在此处，并说出了关于“NOIR”的秘密。另一方面，索达的最高评议会为了阻止艾尔黛娜的失控行为，派遣刺客来到雾香等人的面前。

雾香与蜜丽优虽然回到了巴黎，但两人之间的鸿沟却越来越深。索达最高评议会为了抹杀这两人，因此决定派出精选的“骑士”。两人经过一番苦战後虽然顺利击退敌人，但黑江却又在此刻出现，并以“要给予最後的指标”为由将枪口朝向了雾香。

黑江朝着雾香开枪，藉此给予她“最后的指标”。而由黑江口中说出的真相更让她感到冲击，茫然地独自一人徘徊於雨中。索达的“骑士”此时又企图袭击雾香，雾香虽然单独击退了所有敌人，但她眼中却闪烁着至今从未出现过的狂傲黑影。

雾香在离开蜜丽优之後，无意识地走在荒野地带，最後因体力不支而倒在一个不知名的村落入口。雾香从救了她的村民口中得知这里是索达的村子，接着她才知道自己原来是朝着艾尔黛娜所等待着的“庄园”前进，更因此感到讶异。另一方面，最高评议会为了阻止雾香，决定派出特种部队展开攻击。

蜜丽优一个人留在巴黎，她的面前突然出现一名男子，他对蜜丽优提出想邀请蜜丽优加入“索尔达”的要求。蜜丽优虽然试着反击，但面对这个克服了无数死亡危机的男人——布雷福尔，蜜丽优最後还是放下了枪。当蜜丽优回到公寓，独自一人感到烦忧时，却在房内发现了某样东西。

雾香终於抵达艾尔黛娜等待着的“庄园”，艾尔黛娜与黑江也温暖地迎接雾香的到来，而支持艾尔黛娜的玻努等人也来到了“庄园”，并开始准备NOIR复活的仪式。彷佛像是失去灵魂的雾香也接受了这样的状况，当艾尔黛娜将枪交给她时，心中顿时激起了一阵矛盾。

仪式当天，艾尔黛娜将雾香和黑江叫来面前，并给予两人祝福；跟高兴至极的黑江比起来，雾香依旧没有丝毫的表情。当两人在水池进行圣体沐浴时，蜜丽优突然出现；这时候，雾香将枪口指向了蜜丽优。

雾香与蜜丽优已确认彼此不再是只有工作上利害关系的夥伴，两人一同前往艾尔黛娜等待的仪式会场，然而艾尔黛娜在得知实际状况後，却还是完全不为所动。另一方面，载着索达最高评议会成员与布雷福尔的轿车，此刻正朝着庄园驶去。