乐园计划宣告失败，人工智能“阿尔特弥斯”选择对人类宣战，20年后，地球只剩一片废墟。名叫“皇后”的女孩在地下研究设施中独自醒来，对过去却毫无记忆。皇后结识了诺里特与米娅，一行人往地表出发，然而却遭到众多敌军挡住去路，战况即将弹尽援绝。

皇后带着诺里特和米娅回到故乡山城，却突然遭到前盟友“力量”的袭击。皇后以“线圈炮”反击，但因能量过低无法持续战斗，一行人节节败退逃逸。抵达山城后，诺里特请求皇后到邻近医院遗迹取得必要物资，然而位于该处的“蜂巢”是一大威胁。

前往和平构建军驻防地的皇后等人眼前一阵强光压境，原来是邪教“教育机构”的部队。皇后挺身面对追击而来的装甲部队，却发现他们猎捕的对象另有其人，是一名从教育机构脱逃的女孩，名叫红叶。皇后等人最终决定解救红叶，红叶则求他们救救她困在装甲列车上的朋友。

皇后等人从少佐沃尔特那里得知，轨道电梯只剩一个月就要完工了。死亡主宰再度现身，试图协商却仍然失败收场，就在她准备攻击的当下却中了夏洛特的埋伏。夏洛特是教育机构制造出的强化人类。皇后想予以反击，却被上校阻挡，这是为什么呢？

诺里特巧遇“力量”，因此向她求援，他希望她能呼叫皇后，因为米娅被教育机构掳走当作游戏奖品。接着，追击诺里特的军队出现并发动攻击。力量感觉到危险，不得不毁弃她的其中一只手臂。他们虽然成功脱逃，但力量在失去巨型手臂后性格大变，她从此变成了一个懦夫。

力量和诺里特闯进敌人的航空母舰抢救被绑架的米娅，皇后等人也从旁增援，攻击装甲守卫中队。航空母舰实验室中，适应性实验失败的女孩尸体堆积如山，像垃圾堆一样被弃置一旁。众人终于找到被五花大绑的米娅，同时发现了阿尔特弥斯的化身“卢娜蒂克”。