主人公柊京一郎为了在最高学府帝国大学学习，离开了故乡桃木村来到帝都。但是，在帝都的拥挤中下车的京一郎，看到的却是不知为何变得可爱的自己的身影——

京一郎在帝都也吃着传说中很有名的仙贝，细细品味着幸福。但是，死灵的呐喊传到了他的耳朵里。赶到那里的时候，五本刀头领时雨和特种游军部队的馆林开等人正在交锋。

隶属于大日本帝国陆军特殊游击部队的伊势馨和薰的双胞胎兄弟，醒来后也变得非常可爱。甚至连队长馆林开也——但是，任务必须完成。加入了雄真的四个人走向帝都巡逻，邂逅了有缘的对手时雨。

和馆林他们展开激烈战斗的时雨，被操纵死灵的伊濑兄弟压着。京一郎想要保护这样的他，却被不知从哪里出现的男人岬追问了他的觉悟。京一郎给出的答案是——

在根之路上前进的京一郎、岬、时雨三人。京一郎被途中出现的五本刀之一的臣告知五本刀是什么。另外，岬还说“不要再参与了”——另一方面，在大日本帝国陆军少将千家伊织的办公室里，千家得到了京一郎的情报。

在大日本帝国陆军的小会议室里，馆林和千家以可爱的姿态对峙着。千家看不下去馆林的窘境，告知自己要和京一郎接触。不知道这一点的京一郎，在黄昏的帝都，遇到军人回收死灵的场面。

京一郎收到了帝国大学的教科书购买指南。京一郎对即将开始的大学生活充满干劲，但他想起了在帝都相遇的岬、时雨、馆林等人以及死灵的身影。即使烦恼也没办法，就去了商店街，在回家的路上遇到了千家。

在结界中，千家和京一郎面对面。两人就大日本帝国的现状进行了问答。为了对抗列强，千家思考的有效手段是——当知道这个答案的时候，京一郎被迫向千家发誓忠诚。

京一郎拒绝了千家的邀请。就在这时，岬和时雨冲破了结界飞了进来。京一郎在困境中被两人拯救，但却无法回答时雨对他“你想怎么做”的提问。仅仅只是一介学生的自己，到底想——？另一方面，千家和馆林也抱持着各自的想法。

馆林出现在独自思考的京一郎面前。本以为是来抓京一郎的，结果回答却不是。馆林说该不该使用死灵兵，军部的意见也不一致。然后他也再次问京一郎“你想怎么做”。自己应该为这个国家做什么？京一郎的烦恼越来越深。

火车在黑暗中行驶。时雨、千家、馆林，各自负担着的东西都过于沉重，而京一郎也只能体贴着那份心情。守护这样的他，是岬的愿望。京一郎下定决心，向着遥远的前方寻找光明——

京一郎从漫长的梦中醒来。火车马上就要到帝都了。从现在开始新的生活。被文明和电力被包围的帝都是不可能出现死灵的。京一郎得意洋洋地迈出了一步——