本作描绘了寄宿了舰船之魂的“舰娘”和生于海底的迷之敌人“深海栖舰”战斗的日子。在战争初期还掌握了优势的“舰娘”们，由于深海栖舰压倒性的数量，陷入了劣势。在此战况中，部队进行了重新编队，驱逐舰“时雨”被配属在了由战舰“山城”担任旗舰的第一游击队 第三部队(1YB3H)，本要进行某个重要的任务，其内容是……