公历5012年。一种名为“外星人”的生命体开始侵略地球。自从人类逃往月球后，人类创造的“人造人”和外星人创造的“机械生物”展开了长久的战争。

机械生物的任务是消灭人造人。但是，机械生物已经没有了对抗人造人的意识。机械生物找到了一朵小花。机械生物感觉到自己体内开始孕育出神秘的“东西”。

寄叶机体2B和9S救出了受到机械生物袭击的抵抗军。名叫“莉莉”的抵抗军队长带他们去了抵抗军营。在营地逗留期间，2B和9S从抵抗军成员“怪卡丝”那获得了关于机械生物中的特殊个体的情报。2B和9S判断该情报与他们的调查任务内容相同。于是他们和贾卡斯一起探索沙漠地带。