位居格林乌德大陆东北部的海兰德王国当中，近几年内因天候异常，而频传经济作物的受损灾情，甚至出现一些身体不适的人们。在此情况下，身为ㄧ国公主的艾莉莎接到回报，发现在一座名为古利耶尔的村庄上，出现了一团诡异的云雾。因此，便调派格蕾姆前往调查。不料，格蕾姆就此音讯全无，对此感到不安的艾莉莎便带著随从，一起动身前往古利耶尔。而怪异的云雾，仍然盤踞於古利耶尔的上空……。

在古利耶尔邂逅的人们和从者们纷纷被龙卷风吞噬，只剩下艾丽夏孤身一人。她在徘徊之中来到一座遗迹，从其中找到了导师的壁画，并被大量的虫袭击。勉强逃离危机的她在导师纹章的引导之下，到达了天之都。与之同时，居住在天族的村落「何方」的人类少年史雷和天族的少年米克里欧也来到了这座遗迹。

史雷决定将在遗迹裏相识的少女艾丽夏带到「何方」去。虽然米克里欧对於把带去人类那裏很不满，但史雷还是表示自己不能扔下艾丽夏不管。来到「何方」的艾丽夏像是想抓住救命草一般地向天族们求助，但是天族们并不为所动。他们认为人类是为此地招来灾祸的存在。至今为止一直相信天族真实存在的艾丽夏，如今却内心十分痛苦地表示「天遗见闻录」记载的传承只不过是童话。然而……

艾丽夏出发之後，担心在何方出现的神秘男性会追击艾丽夏的史雷，与米克里欧一同前往艾丽夏所说的即将举行「圣剣祭」的水之都瑞迪雷克。到达都城的史雷面对初次见到的人类世界的风景和人们，无法隐藏内心的感动。他们通过在那裏邂逅的少女萝洁的帮助顺利进入都城，可是城裏却弥漫著污秽。米库裏欧受到污秽的影响，身体感到不适，而这时史雷则在大街上发现了追击艾丽夏的男性。

为了从出现在瑞迪雷克的凭魔的袭击下拯救人们，史雷拔出了湖中女神的圣剑，成为了导师。虽然打倒了凭魔，但史雷自己也倒下了。当他终于醒来，并从艾丽夏处得到了根据导师传承制作的导师服装之后，他来到了街道上，发现四处挂起了印有导师纹章的旗帜，感受到了民众对导师的期待。其后，史雷得知，因为自己成为了湖中女神莱拉的容器，变得能够感知污秽的存在了，于是为了查明从下水道遗迹散发出污秽的原因，展开了行动。

被囚禁在牢狱中的女性薇尔贝特，是一种被称为「业魔」的存在。她在牢狱裏吞噬魔物，幸存了多年时间。薇尔贝特的目的只有一个，那就是向统帅著拥有与业魔战斗的力量的对魔士的组织「圣寮」、并被称为救世主的阿托利斯‧柯布兰特复仇。一天，曾经担任阿托利斯搭档的圣奴希亚莉兹出现在薇尔贝特，打算帮助她逃狱。

在业魔青年六郎的协助下，薇尔贝特逃出了牢狱的高塔。由于监狱岛上只能通过船只与外界来往，薇尔贝特便与希亚莉兹一同前往港口。然而此时，一等对魔士奥斯卡也来到了港口。奥斯卡受阿托利斯之命来到这里想要拘捕薇尔贝特，薇尔贝特则与之对峙。奥斯卡深信阿托利斯展示的世界才是正确的，可是薇尔贝特却无法原谅这个世界是建立在弟弟的牺牲之上的事实。双方在无法调和的矛盾中展开战斗的同时，巨龙出现在了他们眼前。

出现在了他的眼前。虽然巨龙并没有攻击史雷就离开了，但是目睹了那一幕的市民们却纷纷感激史雷，巴尔托罗还把他邀请到自家的宅邸。在前往巴尔托罗宅邸的途中，史雷看到污秽从城里的人们中间渗出，化为瘴气升上天空，他认为必须在瑞迪雷克的污秽加重之前行动起来，于是决定追逐巨龙的行踪。与此同时，米克里欧就像被成为导师的史雷感染了一般，开始思考如何才能让自己成长起来。

米克里欧在加拉哈特遗迹寻找能够平定邪魔的传说的神器的时候，史雷于前往玛陵德的艾莉莎一行道别之后，来到了龙的传承中登场过的地点，灵峰雷弗克。在那里，他邂逅了被凭魔袭击的天族少女艾德娜。虽然史雷和莱拉合力对抗凭魔，却因为污秽太严重而无法实现制胜一击。这时突然出现的天族札维塔则将凭魔葬送。得知札维塔以杀死凭魔为作风，史雷对他表示异议，而札维塔则向史雷说出了一句意味深长的话语：可能对有些人来说……杀了他就是一种救赎。

医师团一同前往玛陵德的艾莉莎等人，目睹了被大雨冲坏的桥梁，他们依旧想办法寻找其他可以通行的道路。另一方面，继续着路程的史雷告诉天族艾德娜，他将要前往罗兰斯，那里留有多处将龙作为神灵祭祀起来的遗迹。见史雷对天异见闻录记载的属性深信不疑，艾德娜在愕然无奈的同时，还是提出愿意同行。其后，莱菈向史雷提问道，“净化意味着什麽”，这让史雷为今后该如何与凭魔对峙而烦恼。与此同时，米克里欧手持着神器，开始朝着被卷着漩涡的云雾所包围的格里弗雷特桥进发。

追逐著逃跑的幼龙来到玛陵德的史雷，与得到了弓之神器的米克里欧重逢。米克里欧订下陪神契约后，史雷和米克里欧成功地净化了幼龙。接下来，史雷和米克里欧为了帮助玛陵德的复兴，开始替城市净化水源。再之後，史雷与艾莉莎一起帮忙整理分配从瑞迪雷克运来的复兴用物资，这时曾经在进入瑞迪雷克的时候帮史雷忙的商人，“鶺鴒之羽”的萝洁出现在他的面前，原来他们也从瑞迪雷克把货物运到这里来了。

将加护玛陵德之事拜托给天族韩洛和诺尔敏天族亚塔克之后，史雷等人为了阻止巴尔托罗将要发起的战争，而赶往海兰德与罗兰斯国境交界处的古雷弗坎盆地。史雷虽然告诉艾莉莎他既不能站在海兰德这一边也不会出手帮罗兰斯，但他作为导师还是想阻止战争。当他们到达盆地，出现在眼前的是充满着污秽的战场。艾莉莎为了停战前去说服罗兰斯军的兰登师团长，而史雷则表示自己要做“自己能做的事”。

海兰德王国与罗兰斯帝国的战争终于打响了。在巴尔托罗的授意下，艾莉莎被自己国家的士兵刺伤。另一方面，在主战场上，庞大污秽的聚合体出现在史雷的面前。这个聚合体的真正身份，正是灾祸的显主——赫尔塔弗。在污秽中看到了赫尔塔弗真正样貌的史雷，宣言要净化赫尔塔弗。顶着赫尔塔弗召来的海量凭魔，史雷坚信着自己和同伴的力量，持续奋战。

史雷他们与萝洁和鹡鸰之羽一行人一同前往新天地——罗兰斯。途中与药草贩子做交易时，遇上盗卖赃物的盗贼，虽然犯人想要挟众人，却被萝洁轻轻松松就摆平。见了萝洁作为商人认真工作的样子，史雷一面表示佩服，一面为了能以自己的方式去认识并接受污秽，在夜晚也受着莱拉他们的锻炼。为了能够面对宛如污秽的集合体、拥有强大力量的“灾祸的显主”。随后，史雷等人抵达了拉斯顿贝尔，在那里邂逅了身为传承家的梅文。

萝洁率领的“风之骨”在拉斯顿贝尔暗杀了私藏财产并且杀人灭口的司教。在史雷一面从萝洁的态度中感觉到异样，一面与她共进早餐的时候，昨晚来造访史雷并顺势醉倒的罗兰斯帝国白皇骑士团团长塞尔根，为了对前日的失态道歉而出现在了两人面前。这时，城里的圣堂附近发生爆炸，并引起了地面陷落。来到圣堂史雷等人深信陷落就是污秽所引起的，并为了净化污秽而走进了陷落的坑洞。

曾经一起做买卖的同伴格雷遭到司教等人的毒手，已经不在这个世界上了，察觉此事的萝洁十分愤怒。天族德泽尔为了帮她报仇而想要破坏位于拉斯顿贝尔市内的圣堂。在莱拉等人前去阻止德泽尔的同时，史雷则来到萝洁身边。虽然肉眼看不见，但是萝洁得知圣堂附近的龙卷风是德泽尔刮起的滞后，立刻用强硬的口气出言制止，而德泽尔也听从了她。随后，被史雷问到“为什么要破坏圣堂”，德泽尔讲述出了自己的过去，以及他与萝洁的初遇。

萝洁曾经“风之佣兵团”的同伴和养父布拉德都被罗兰斯的王子克南害死。她接到已查出克南王子所在之处的报告后，为了向王子复仇而踏上了旅途。而史雷从瑟尔盖口中得知王都下雨不断，为了查明原因而前往罗兰斯首都的潘德拉古。他虽然在意德泽尔的行动，想让萝洁一同前往潘德拉古，却被她轻描淡写地拒绝了。于是他自己前往潘德拉古的同时，也拜托米克里欧与萝洁同行，去追踪德泽尔。而米克里欧很干脆地答应了他，并与艾德娜一同观望着萝洁等人的旅程。

尽管萝洁好容易找出了复仇对象克南王子的所在地，但对方却已经变成了凭魔。克南完全不顾萝洁的攻击，使用不属于人类的力量向萝洁发起了袭击。在德泽尔加入两人的战斗之后，他们所在的高塔突然崩塌了。萝泽虽然被史雷所救，但却因为跟丢克南而嘟囔道“没能做个了结”。史雷对萝洁说他不希望萝洁党暗杀者，而萝洁则表示“世上有很多人必须杀掉”。面对这样的萝洁，史雷向她说起了关于“污秽”的事。

在白皇骑士团的向导之下，史雷等人拜访了罗兰斯的皇帝多兰的宅邸。多兰向史雷讲起了罗兰斯皇家流传下来的关于世界的污秽和“灾厄的开端”的传承。其后多兰还告诉史雷海兰德的艾莉莎被拘捕的消息。史雷虽然非常惊讶，但为了尽早阻止污秽而决定前往潘德拉古。另一方面，从史雷口中得知这个世界上的灾厄的原因就是污秽之后，萝洁向德泽尔询问能让自己看到污秽的方法，并在其后向史雷提出了一次商谈。

在潘德拉古，史雷与萝洁缔结从士的契约之后，两人协力净化了巨龙死后留下的巨大污秽。这时史雷耳边传来了艾莉莎的声音。艾莉莎为了平息出现在瑞迪雷克的龙卷风而呼唤着史雷，想要借助他的力量。与史雷断了联系之后，艾莉莎为优先救助灾民，前往龙卷风前进方向上的希特雷。当他们顺利达到希特雷的时候却遭到了凭魔的袭击。艾莉莎逐渐被逼入困境，险些被泥淖一般的凭魔所吞没，而就在这时，天族札维达出现了。

得知老师曼特兰被巴尔托罗抓住并被绑了起来，艾莉莎带着部下入侵了瑞迪雷克城。怀着“任何人都不能死”的强烈决意，艾莉莎在街道上飞驰。途中遇上巴尔托罗兵的阻拦也毫不畏惧，勇往直前。另一方面，史雷正在追逐朝瑞迪雷克的方向前进的龙卷风，但龙卷风却加快了速度，他们始终追不上。而与此同时，被绑起来的曼特兰微笑着告诉向她搭话的罗纳尔，“艾莉莎不会到这里来”。

史雷借助同伴们的力量，净化了存在于向瑞迪雷克前进的龙卷风的龙。因为替史雷承受了一部分污秽，身心受到损伤的艾莉莎和萝洁在沉睡数日之后也醒了过来，并下定决心今后也要作为从士接受污秽。与此同时，德泽尔正在与希蒙展开战斗。希蒙称她的主人灾祸的显主已经没人能够阻止，并告诉史雷，世界的末日即将到来。希蒙向史雷展示了灾祸的显主的幻影之后，史雷即便因为那压倒性地力量而受到冲击，但依然决定前往灾祸的显主所在的北方。

史雷一行人踏上了前往灾祸的显主所在的北方。艾莉莎和萝洁决心要以从士的身份帮助史雷，所以各自分别与艾德娜和德泽尔继续着神依的练习。与此同时，史雷继续阅读着莱菈交给他的另一本《天遗见闻录》，并从中找到了关于北方的记载。据说北方存在着构建世界的力量的源泉，从那里延伸出来的地脉将世界连接在一起。但是在北方散播污秽的效率并不高，那麽灾祸的显主为什么还要前方北方呢？史雷想要解读这其中的答案。然而从目标之地，北方的大地溢出的污秽却向史雷等人发起了袭击。

即便一路上被大量的龙和污秽阻挠，但史雷等人还是成功来到了灾祸的显主面前。可是灾祸的显主却留下一句“要到世界的中心去”就从史雷他们眼前消失了。为了追赶灾祸的显主，史雷等人来到了北方尽头的城市，梅伊露西奥，在那里遇见了诺尔敏天族古利莫瓦尔。在这座城市里，史雷思考着关于污秽的发源、天族以及灾祸的显主的问题。经过短暂的休息，向同行至此的同伴们道别之后，史雷和艾莉莎、萝洁与5位天族一起，向最后的战场迈开了脚步。

追赶灾祸的显主的途中，史雷他们被成群的飞龙阻挡了去路，是德泽尔替大家打开道路——德泽尔赌上自己性命驱散了龙群。为了不让德泽尔的死白费，史雷等人继续前进着，并在洞窟内目睹了庞大的污秽的奔流，因此确信灾祸的显主就在洞窟的底部。与此同时灾祸的显主正在地下的大空洞与五大神之一的玛堤拉斯对峙。

史雷与灾祸的显主·赫尔塔弗的最后的战斗开始了。感受到赫尔塔弗那压倒性的力量之后，史雷身负米克里欧、莱菈、艾德娜、札维塔的力量，向灾祸的显主发起了挑战。而面对史雷的攻势，赫尔塔弗逐渐变化为异型的姿态，而史雷则与艾莉莎和萝洁协力直面污秽，并聚集风火地水的力量于一身，全力向赫尔塔弗发动了攻击。这时候，大家都以为战斗已经结束了，然而……