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可疑的宗教团体“真司须教”创始人的儿子浦部诚人在训练中丧生，转生到了异世界。没有“神”“宗教”的概念，那是征服者的理想世界。
卡库里人民恢复了活力。然而，圣人听说帝都已经开始对这一事件进行调查。有了美玉全能神的力量，一切都会好起来的。
借助御玉之力回到原来世界的伯特兰，性别变成了女性，即使回到了帝都，也被变了一个人。圣人轻轻地向无处可去的伯特兰伸出手，但是——！？
利用三玉之力制造联合收割机、供水、电力等现代设备，大幅发展角里文明的征服者。他按照自己的计划增加了追随者的数量，但随后出现了一位神秘的少女，她是来自帝都的刺客。
克伦称自己为“洛基”，并透露自己是执政官之一。然后洛基带着胜和美玉去见皇帝。等待他们的，是统治这个世界的“超科学”的存在！？
摆脱帝国统治并与阿尔塔尔结盟后，三玉教会的追随者数量稳步增加。与此同时，正人听到了有关一位名为“空行母”的执政官的谣言，他自称“神”并领导着一个拥有10,000人的大型邪教。
在邪教分团领袖莉修的帮助下，征人一行人设法潜伏在了荼吉尼的邪教团中。同时征人利用着莉修的影响力开始分裂荼吉尼的教团追随者。然而就在这时，回到教团的荼吉尼发现了征人一行人，于是征人一行人被抓住送上了审判台。
目的暴露的征人一行人，正在被荼吉尼审判，就在这危机时刻，独自在隔离村管理信徒的阿塔尔匆匆赶来，信徒数量远不足于荼吉尼的她，能力挽狂澜，拯救众人吗？
征人成功地吞并下荼吉尼邪教教团并准备返回自己的村庄，但他们赶到时却发现那个繁荣的村庄早已被外兽摧毁殆尽。此时正惊讶不已的他们面前，出现了事件的始作俑者，一个名叫“盖亚”的年轻女孩，而她有居然着控制外兽的非凡能力......！？
阿塔尔和其他人的乐队活动在隔离村创造了疯狂的音乐热潮。御灵的力量也随之增加，征人明白了神的力量不仅依赖信徒数量，还能因为信任和凝聚力的强弱而改变。而与此同时，征人发现了执政官盖亚的奇怪行为，并试图暗中调查......
为了阻止盖亚获得更多的力量，征人计划将盖亚和她的孩子分开。但盖亚早已经做好了准备，并召唤出了恐怖的外兽——提丰。尽管征人想尽办法逃离，却还是被它所吞噬。
征人和御灵继续与盖亚战斗。阿塔尔告诉出席音乐演出的民众，她想将自己的信徒还给御灵，村民们应该信仰的是真正的神明御灵大人。而正陷入苦战的御灵突然收到了来自阿塔尔信徒的强大力量，御灵能就此阻止盖亚并成功拯救村庄吗？
