能听见无论是谁都听不见的不可思议的“声音”的中学生・九之濑宙太，因为会无意识地与那个“声音”对话，被周围认为是个喜欢自言自语的怪人。由于今天也自言自语而被同班同学的美少女·其方美铃轻藐的宙太十分低落，不过此时，突然看见不可思议的光芒。然后注意到自己在“宇宙警探·élDLIVE 太阳系方面署”之中……！？在那里以署长雷恩·布里克为中心，各种各样的外星人们，日夜为了守护宇宙的和平而工作着。

突然，因为宙太而出现的奇妙的生命体“共生体”——。那是只有宙太能听见的“声音”的本体。没有个体名的这个共生体，喜欢宙太口中无意说出的“多尔”这个名字，宙太和多尔的共同新生活开始了。宙太和多尔作为élDLIVE部员工作，两人成为了美铃的同事。但是，美铃对宙太的态度仍旧批判性的冷淡。在此之中，凶恶的外星犯罪者越狱事件发生了……。

偶然与盗窃犯相遇的宙太，紧急与多尔发动共生技。然而不但犯人逮捕失败，还把美美阿姨卷进来并让她受了伤。从美铃那得知盗窃犯是外星人的宙太，决定独自逮捕犯人。想追踪外星人持有的固体特有的体味“SPH”，于是拜托“SPH调查室”的梅里埃斯。但是这个犯人，似乎不只是个盗窃犯……。

在学校的早会中，美铃与多尔闻到了奇妙的气味后昏倒的事件发生了。并且还收到了活跃于宇宙的巨大犯罪组织“德米勒”所属的舰船正朝太阳系驶去的报告，élDLIVE太阳系方面署突然变得慌张起来。同时，宙太他们学校有几个转校生，宙太他们被安排了，探寻这与此次事件是否有关系的任务。

小学时的宙太，因为岩石崩塌事故失去了关系很好的三个儿时玩伴——。因为自己提议的原因，儿时玩伴们卷进事故而一直懊悔，宙太不断责备自己，但在那样的宙太面前与本应该死去的儿时玩伴·沟口健一模一样的少年出现了！宙太困惑于意想不到的事件，不管如何希望也无法传达的谢罪心情变得膨胀起来，但……。

宙太他们被赋予了保护要员的任务。保护的人物是宇宙最强的科学家之一，拉乌博士。接受雷恩署长的指令，这次，进行共同作战的搜查5课的领队，贝罗妮卡和搜查员妮诺琪卡汇合的宙太他们，试图马上与拉乌博士接触。但是，一副冲击的光景在那样的他们面前呈现！？

在本应与乌拉博士会面的地方站着一位谜之少年——。少年异样的行为和言语让宙太他们吃惊，但让他们更为吃惊的事件发生了！为了共同作战，本应一起行动的妮诺奇嘉，突然向宙太他们发起攻击。为了与拥有和文静的外表不相符的高战斗力的妮诺奇嘉对抗，宙太与多尔发动共生技，但力量差距十分明显……。

苦战之中。多尔与宙太使“更新”成功了。对亏了更新而更强大，能够使用新能力的两人开始反击！另一方面，在élDLIVE·太阳系方面署内发生混乱。突然，一部分署员们发生暴动，到处开始发生小冲突。对此事态雷恩署长发令“代号9”，逮捕在署内的危险人物并平复混乱.

为了在与地球一样的支部工作，因为拉乌的事件而进行共同作战的贝罗妮卡她们，作为转学生来到宙太的学校。这使得宙太和美铃目瞪口呆，此时，宙太被朋友阿立邀请，与转学生们和美铃一起去打保龄球。宙太她们被雷恩署长拜托，在附近的保龄球场观测微弱的SPH的调查，因难以进行调查大家索性一起打起了保龄球……。

在élDLIVE太阳系方面署，每天都提出关于各种各样的犯罪讨论——。在此之中，总觉得在多个事件中是同一个外星人作祟！？但是针对作为嫌疑人显露出来的外星人，用同一张脸的其他外星人也有很多……。然后，被认为再次用同一张脸的犯人有关的事件发生了。到底犯人是同一个人吗？还是说是用同一张脸的其他人呢？

宙太被临时分配到了搜查4课。4课的课长维卡·维克特有着坦率的性格，与宙太年龄也相近，两人马上就变得亲近了。两人受阿立邀请一起去美术馆，但在那里举办的净是裸女像的绘画展……！？此时，宙太的警察徽章突然收到信息。同时另一方面，宇宙犯罪组织·德米勒发动了地球侵略的新作战——。

因为宙太的不注意和间谍的暗中活动，受到德米勒的攻击的élDLIVE太阳系方面署和地球遭受到了大的骚乱和损失。德米勒宣言要进一步向地球发起攻击，作为撤退的条件是“交出九之瀬宙太和莫尼塔利安”。宙太虽然一度感到有责任并打算答应条件，但摆出彻底抗战姿态的雷恩署长与太阳系方面署的伙伴齐心协力，决定与巨大犯罪组织抗争到底。为了从敌方组织手中保护宇宙和平，élDLIVE太阳系方面署总动员的作战开始了！