故事以明治时代为舞台，随着文明开化，使得日本进入前所未有的改革期。无法接受这些改变人便因此四处作乱，这些罪犯被捕后，全部都囚禁在琵琶湖的“狱门处”。故事以负责监狱摆渡人工作的“昙家三兄弟”为中心。未解之谜相互交错，随着一件件发生事故，将渐渐解开神秘的面纱。

犯人逃走事件结束的第二天，听闻通缉中的杀人鬼嘉神直人正往昙神社去的消息。现身於昙神社的嘉神，接近宙太郎希望他帮忙划船到狱门处。随后赶到的空丸便冒用天火之名和嘉神对峙。另一方面得知情报的安倍苍世也率领右大臣的直属部队“豺”出动。

 空丸听见天火和牡丹的对话，便质问天火是怎么回事，然而天火却顾左右而言他。空丸为了找苍世传授他剑术，来到了豺的本部，苍世却说对他说：“即便愿意传授剑术，你又能提供什么做回报？”而回绝了空丸。此时豺的另一成员尸千狼向空丸提出了危险的交易…。

空丸变装成犯人潜入狱门处，并见到戴奇怪面具的男人…。见到神秘男子面貌后，空丸找回了遗忘的过去记忆，原来那个男人正是杀害双亲的凶手，两人正面对决，空丸反被对方掐住脖子晕过去。另一方面，为了救出空丸，金城白子来到琵琶湖畔，遇见豺的成员武田，两人一同前往狱门处…。

空丸受到白子与武田的帮助，好不容易从狱门处脱身。他带著苍世想要的情报，也就是进入狱门处之罪犯必须携带某样物品的情报，再度前往豺本部。透过检视确认情报属实无误，丸得意的接受苍世的剑术指导。另一方面，因身体不舒服卧病在床的天火，他的身体突然发生了变化…。

空丸和宙太郎买了晚饭材料回家，却得知天火因犯下狱门处爆炸案被警察带走。然而这不过是便於对外界解释而捏造出的理由，事实上天火是大蛇，也就是每三百年寄生于人类进而引起大灾难所必要的容器。知道天火独自一人背负大蛇与昙家的关系后，空丸与宙太郎便跑去追遭警察带走的天火。

六百年前守护近江地区的佐佐木清纲、昙家当家昙景光，以及安倍家的式神牡丹，一起寻找将成为大蛇容器的男人。牡丹遭到不明黑衣人的追逐，碰巧被阴阳师名门安倍家族的安倍比良裹所搭救。击退黑衣人的比良裹突然跪在牡丹面前说“嫁给我当老婆”。以六百年前的琵琶湖为舞台，如泡沫般的故事。

天火行刑后已过了一星期，即便被认为是大蛇容器的人已行刑，但太阳的光芒却没有照耀大津的天空。失去天火的空丸和宙太郎在绝望之中，宙太郎说天火很快就会回家而一直等待着天火，空丸则是无法专心与着世练剑，苍世更对宙太郎说“现在的你无法做好昙家的工作”。

宙太郎与应在狱门处的重刑犯嘉神相遇，从嘉神口中得知大蛇与其容器，以及天火是被国家杀害的事情。而被视为大蛇容器的天火在遭到行刑后，大津的天空依旧没有放晴，苍世由此事认为天火并非大蛇的容器。奉苍世之命进行调查的鹰峰，发现一座建筑物并进行监视，结果发现了…？！

在得知世上有保护大蛇容器的方法之存在时，白子的态度突然改变。让牡丹受重伤的白子，开始说出他侍奉昙家的理由，以及天火并非大蛇，真正的大蛇另有其人的真相。另一方面，空丸带着昙家的宝刀出现在豺本部苍世的面前，以十分惊恐的表情对苍世说“请杀了我”…。

牡丹出现在被藏匿在政府秘密设施的天火的面前。牡丹为天火仍活着感到欣喜，并将宙太郎失踪、空丸为真正的大蛇容器却遭风魔绑架，以及白子以风魔首领带领行动之事，全告诉天火。得知昙家与大津正面临最大危机的天火，决定现身去找弟弟们。

宙太郎骑着呕吐吉带着昙家宝刀引导被大蛇附身的空丸进入疏通隧道，然而隧道的尽头却没有出口，就在危急时有人从天而降，天火突然出现在宙太郎的眼前。另一方面，豺全员出动和风魔对峙，苍世带著比良裹和武田一起前往疏通隧道协助对付大蛇。