故事发生在二十一世纪末的日本，一个魔法已经作为现代科学的一部分被确立了大约一个世纪的世界。在这个世界里，魔法不再是神话或传说中的存在，而是与科学和超能力融合，成为了人尽皆知并且可以学习的技能。国立魔法大学附属第一高校，通称“第一高校”，是专门培养魔法人才的地方。司波达也和他的妹妹司波深雪是这所高校的学生。达也虽然是出生在魔法师名门的劣等生，但他在“分解”和“再成”的魔法以及格斗术方面非常出色，而且是一个战斗力很高的军人。他的妹妹深雪则是一个拥有极其优秀魔法才能的优等生，两人在学校生活中经历了许多风波。达也和深雪作为二年生，他们的生活逐渐发生变化。随着新角色的加入，如七草真由美的妹妹香澄和泉美，以及七宝琢磨，他们在学校中遇到了不少麻烦。此外，还有神秘美青年周公瑾的阴谋，他试图煽动人类主义者，将魔法师从社会中排除。达也和深雪在追求平稳校园生活的同时，也必须面对来自外部的挑战和威胁。