故事发生在 2005 年，即第一个被确认的外星智慧生物（就是EI-01）坠落地球并吸收大量机器后消失得无影无踪的事件发生的两年后。事件发生后，日本政府成立了一个秘密组织来打击潜在的外星威胁：Gutsy Geoid Guard，简称"GGG"，总部设在东京湾的 G-Island City 地下。被称为"Zonderians"的外星生命体开始出现；它们使用"Zonder Metal"可以同化各种物质，形成以人类为宿主的"Zonders"。