地球毁灭后，作为时钟机关之星再生已经过了1000年了。某天的区划·东京，是个机械宅且过着被时钟和齿轮包围的生活的见浦直人的家中，一个黑箱突然降了下来——！从中发现的，是美少女自动人形琉珠。虽然想尝试依靠“声音”来修理因故障而无法动弹的她，但…。

“1级技师行会”的天才技师玛丽·蓓儿·布列格为了调查京都大支柱的异常而被派遣，然而却察觉到了军队可疑的动作。另一方面，琉紫作为转学生来到了在直人的高中。对于不起眼的直人与美少女琉紫的组合全校发生了大骚动…！？

玛丽目击到了本该故障的琉紫动起来的姿态。得知了修理琉紫的人是直人，为了回避京都的崩落便提出协助。然后在去往大支柱时，玛丽注意到了想要陷害自己的黑幕的存在…。

听说琉紫的妹妹于地下沉睡着，直人决定去协助。最终决定潜入大支柱的深处，拼命前进，但是崩落的时间在一刻一刻地逼近。此时，直人被迫作出可能会失去琉紫的决断—！

直人和玛丽等人平安无事地阻止了京都崩落企划，但是琉紫的妹妹，昂克儿已经不在在那里了。回到日常的玛丽，在家里收到使用违法电磁技术的电波通信。新的阴谋被隐藏在，挑衅玛丽的那个内容里。

直人和玛丽一行人在区划·三重的最下层与昂克儿对峙。但是，其姿态已面目全非。与兵器化的昂克儿战斗时，直人和琉紫掉进了大深度地下层…。在追击绝望的玛丽的时候，被隐藏的巨大兵器的存在逐渐明朗起来——。

为了从去往东京的巨大兵器手中救出人们，直人和玛丽等人作为恐怖分子劫持区划·秋叶原。在让居民避难后的无人城市中，巨大兵器和“军队”相互碰撞，而琉紫与兵器化的妹妹昂克儿战斗——。

因为把直人当作主人，昂克儿从“毁灭之物”的诅咒中解放。从昂克儿持有的立方体出来，向玛丽传送短波通信的人，贝尔摩德出现了。从贝尔摩德那得知巨大兵器·八束胫是使用了电磁技术的东西。然后秋叶原因为那个电磁波，所有的齿轮都停止了…。

为了修理因电磁波的影响停止动作的琉紫和哈尔达，直人和玛丽等人前往区划·上野的康拉德的住所。然后从贝尔摩德得知八束胫的真正目的。在八束胫直到再次行动的有限时间里，能把无法行动的琉紫和哈尔达修好吗——！？

为了让区划·秋叶原脱磁，直人与玛丽等人决定攻占于国家中枢全日本的区划中心“天御柱”。与持有哈尔达的想法的兵器一同突破区划·樱田门，并发出以星宫莲子作为人质的“犯罪声明”，其目标是——？

与玛丽曾经的学友星宫莲子一同注视政变的去向的直人，得知了“神之杖”将于八束胫被日本政府投放。投放时刻紧迫，政变的黑幕，源内发射了八束胫的主炮——！为了阻止源内的暴走，直人和玛丽。两个天才面对挑战…！

直人和玛丽正尝试世界的再构筑时，昂克儿为了阻止八束胫的暴走独自对抗。琉紫、哈尔达、贝尔摩德也一边各自战斗着，一边祈愿两人创造的奇迹。打算破坏“Y”构筑的世界的源内，两个天才能够与之对抗吗——！