稻叶夕士因父母车祸身亡而被叔父一家领养。其希望考入寄宿制高中独自生活，可是录取后，高中的宿舍却在火灾中烧毁。稻叶夕士不得不开始寻求租房，最终找到了房租仅仅2万5千日元的寿庄。那里竟是一所妖怪和人类共同居住的妖怪公寓!

公寓里的妖怪们个性丰富，入住的人类有都充满了都特色癖好，夕士的高中生活开始了。有一天，夕士遭遇了同学・田代的事故现场。夕士用能力吸走了田代的痛苦，拯救了田代。

某天茜姐造访妖怪公寓，她原是侍奉大神神社的灵兽，如同母亲一般照顾着阿栗和小白。阿栗的生母是个精神错乱虐待孩子致死的怨灵，她的执念束缚着阿栗使他无法升天。茜姐前来是为了阻挡阿栗生母的作乱，妖怪公寓里的住民也一同准备保护阿栗迎战恶灵。夕士得知了阿栗的悲惨身世，决心保护阿栗不受生母恶灵干扰。

高中宿舍重建已经接近尾声，夕士日渐喜欢上了这座妖怪公寓，他对即将搬出去这件事有些不舍。正当他烦恼之时，同学竹中不请自来，还带来了一群不良少年。竹中很不客气的对妖怪公寓指指点点，夕士想将竹中赶出去却演变成了打群架。深濑看不惯欺负人的竹中，最后用武力将这群不良少年赶出了妖怪公寓。

在上学和打工两点一线的生活中，夕士越发觉得自己在妖怪公寓居住的那段日子像是一阵幻想，他甚至开始怀疑妖怪公寓是否真的存在。在学校宿舍里夕士的生活并不安逸，舍友的冷漠态度让他无所适从。夕士开始无意识的寻找妖怪的踪影，这些事让他开始越发想念妖怪公寓和里面的住民。

回到了妖怪公寓的夕士恢复了以往的阳光性格，吃早饭时突然闯进来一个似乎很久没有吃过饭的流浪汉，这位奇怪的人物其实是居住在这里的旧书商。旧书商周游世界各地寻找稀有的书籍，他这次带回来的奇书中有一本上面却带有奇怪的气息。秋音推测这本书可能是被封印过的，书里看不懂的文字应该就是被封印的证明。

夕士非自愿的成为了魔法书的主人，书里被封印的22只精灵就成了他的仆人。这件事被亲友长谷知道了，但眼下他们正在被坏人追逐，夕士没有时间跟长谷好好解释。情急之下夕士召唤出了几只精灵想要阻止坏人闯进来，但效果都不太理想。长谷提议用水之精灵，夕士听取意见召唤出了梅洛娃，利用水的导电性电倒了几个坏人，最后由长谷解决了剩下的坏人。

长谷和夕士约定明天来拜访妖怪公寓，对于妖怪公寓里的非人类住民，夕士很担心长谷能不能接受他们。第二天，长谷带了礼物前来拜访，这都是为了感谢公寓住民们平日里对夕士的照顾。夕士本担心长谷不能接受这里的非人类住民，但是长谷完全不介意这些，反倒被阿栗萌到不能自已。

暑假结束了，今天是新学期的第一天。夕士每天都起早进行修行，他的能力也在一点点进步。比起新学期初始的兴奋，夕士更担心愚者会被学校里的人发现。这学期来了一位新的英语老师三浦，虽然教的很好，但大家总觉得这位三浦老师很难相处。某天放学，夕士发现三浦诡异的盯着在操场进行社团活动的女同学，他感到一阵恶寒，这位三浦老师肯定有哪里不对劲。

学校最近开始流传着一个怪谈，礼堂舞台边上的小仓库晚上总传来奇怪的声响，进去会感觉到有人盯着自己，非常渗人。夕士对这种怪谈毫无兴趣，但女生们总来找他聊这种话题，夕士很困扰又无法拒绝她们。正在此时，三浦突然闯进教室大声的训斥正在和夕士喧闹的女生，夕士觉得这样的三浦非常不正常，他决定对三浦展开调查。