长年战斗的紫色大陆Planeptune、黑色大陆Lastation、白色大陆Lowee、绿色大陆Leanbox四国结成友好条约后1个月，专心于和平而沉迷于游戏的尼普顿被伊斯特瓦尔进行说教。受不了的尼普顿以“询问女神的心得”之名访问了Lastation的诺瓦露。

尼普顿、涅普基雅、诺瓦露和尤妮一起访问Lowee的普兰。虽然妹妹罗姆和拉姆因为有朋友来访而兴高采烈，但是普兰好像不太高兴。Leanbox的贝露也偶然在场，好像在进行什么密谈。不管经过如何，来到主题公园的一行人在那里遇到了大事件。

被招待参加Leanbox的偶像5pb.酱的演唱会的尼普顿，诺瓦露，普兰等人。之后在贝露的房间举行家庭派对的预定。可是来到贝露的房间，发现那里乱糟糟的。另一方面，在Leanbox附近的海底，有一只正在寻找某个道具的可疑的老鼠。

被玛吉空奴制作的迷之结界困住，变身也解除了的四女神。目击到这一切的涅普姬雅和艾伊爱弗，把这件事告诉了在Leanbox的教会等待的尤妮等人。知道强大的姐姐被囚困之后，尤妮、拉姆和罗姆都很震惊。这时，瓦雷鼠正计划着把被困住的女神的样子通过网络散布到全世界。

尼普基雅、尤妮、罗姆、拉姆她们为了救被水晶的结界困住的姐姐们，向玛吉空奴发起挑战。但是，从水晶里得到的力量的玛吉空奴，能自由自在地使用四女神的必杀技，使妹妹们陷入苦战。虽然妹妹们努力战斗，但是四女神最终还是被水晶完全吞噬。

突然遇见迷路的孩子Pish，涅普顿她们把她暂时收留在教会里。总而言之Pish每天过着很有精神的日子。那个时候Lastation，诺瓦露引以为傲的号称铜墙铁壁般的网络防火墙发生了被黑客入侵的事件。另一方面，尤妮也有了烦恼……。

突然从天而降一位名叫普鲁露特的少女，自称从其他次元来的“海星国”的女神。不知为何特意从次元跨越而来的是什么严重的事情，但本人却一副悠闲的姿态，和涅普顿，Pish们度过快乐的时光。这时，联谊会上发生了艾伊爱弗被什么人囚禁的事件。

海上小岛“R18岛”传来了不知被什么人抬进了巨大的炮台这样的消息，四个女神搜查这个事件，普鲁露特和涅普姬雅也一起前往那个小岛。在那里等的是“泳装或者裸体”，只能大人进入的禁断天堂。平安潜入了那个小岛的涅普顿她们面前，一个看着眼熟的少女出现了。

Pish在教会被母亲领养离开了。已经把Pish当成家人的涅普顿她们，寂寞得不得了。那样的当中，来了“R18岛新国家诞生了”这个通告。怎么回事？四女神们赶到后亲眼看到的是，原本应该是在监狱囚禁的阿诺尼迪斯，并且……。

单方面向各国宣战的新兴国Eden和那个黄色之心的女神最先进攻Planeptune。紫色之心的女神虽然迎击，但无论怎么攻击，黄色的心受到损伤的情况，能量总是无穷尽地涌出来。紫色女神在颤栗。

控制住了Eden的入侵，使得女神的人气上升了，尤其Planeptune的份额是直线形急速上升。尼普顿准备在教会主办大规模的祭典计划。另一方面，其他的三国，到现在为止为没有的份额降低而苦恼。那样的情况下，布兰叫出了涅普顿，等候地方却意外受到袭击。

伴随着巨大的悬浮大陆，突然出现的规制条丽，称自己是很久以前灭亡的大国Tari的女神。紫色的心试图阻止她对Planeptune的破坏，不过，敌人的防守很坚硬，无法招架。不久Tari的女神把激光炮瞄准向了联欢会在内的大家的避难场所……。

女神的妹妹们生病了，四个女神分头去寻找那个能当特效药的这种花朵。尼普顿和贝露，她们跨越次元来到了“其他次元的Planeptune”。在那里普鲁露特和Pish，还有和另一个诺瓦露，普兰，贝露一起冒险……。