2050年。技术员德理达·伊万，在Rebuild社发现自己从事开发的自律机械DZ有漏洞。于是他与同事内桑一起向上司安德烈申请取消出货，然而却被拒绝了。感到恼火的德理达放弃说服上层的人，并并前去参加内桑的爱女·玛吉的生日派对。德理达与内桑、玛吉和她的朋友尤莉一起度过了愉快的时光。但是到了第二天，他却受到了何人的袭击……

当德理达从冷冻睡眠装置中醒来，已经过去了10年。这里是荒废、暴走的DZ群聚集的、2060年的世界。险些被DX袭击的德理达，被破坏专家维多救下。维多驾驶着搭载智能导航系统的汽车·格拉哈姆，与女儿玛尤卡一同承接工作。在混乱之中，德理达回忆起纳森最后的话，于是向维多请求一同去寻找玛吉……

为了寻找玛吉而来到纳森家，德理达见到了长大后的尤莉。然而，尤莉不相信眼前人就是德理达，举枪相向，并称“玛吉已经死了”。失去父亲与挚友，甚至连挚友托付的女儿都无法保护，德理达哀叹不已。就在这时，走来的一位黑衣女人，突然袭击了德理达。中途出现的维多告诉他们，这个女人是臭名昭著的暗杀专家多娜……

由于十年前德理达托付的访问密钥，玛吉正在被人追逐。她的失踪也许与此有关。而追逐她的人，是否就是企图隐瞒阴谋的Rebuild社呢？尤莉主动提出要一起寻找玛吉，在她的建议下，德理达等人获得了玛吉的线索，潜入了Rebuild社。然而，为了进入Rebuild社的中心区域，必须突破一条地下通道……

德理达等人造访了博物馆所在城市·冯霍德。因战争波及，这里已经无人居住，但仍然能找到一些公共设施。进入博物馆的德理达，眼前出现了强烈的既视感。回忆起了和父亲贾奎斯一同来到博物馆的儿时记忆。与此同时，再度被不可思议的感觉包围的德理达，发现自己回到了十年前的某个时刻……

在冯霍德博物馆逃离多娜的袭击，德理达等人追踪玛吉的脚步，前往伽博多。然而，经历数次战斗重荷的格拉哈姆发生故障，在前往途中动弹不得。维多和玛尤卡去寻找帮手，德理达和尤莉则在废弃小屋等候。德理达与尤莉进行谈话的过程中，越发确信自己经历的神奇现象，就是回到了过去的“时空穿越”……

尤莉消失了。在小路中找到尤莉珍藏的相机，德理达担心尤莉是否被追兵劫走，然而格拉哈姆还未修好，也无从追击.维多劝导惊慌失措的德理达，并为了请发小的机师来修理汽车，前往湖岛城市·布鲁切。另一方面，尤莉正与一名自称施密特的男子对峙。这名男子固执地询问德理达的去向……

因格拉哈姆搭载的新功能，得以从施密特的追击中逃离的德理达一行人，为了寻找和玛吉在冯霍德博物馆见面的人物·卡谢尔，遂前往伽博多。然而，在高速公路上奔驰的格拉哈姆，竟意外遭遇山崩。以为又是敌袭而惊慌的德理达等人，却听见无线电中传来“离开高速公路”的机械声音……

在时空穿越的影响下，世界发生了巨变。战争不断激化，德理达等人成为被通缉的罪犯。虽然在卡谢尔的帮助下争取到了一些时间，但经过了数次战斗的维多，伤势逐渐恶化。于是，为了让维多好好养伤，德理达等人驾驶格拉哈姆逃入丛林深处。在歇脚之时，总是天真烂漫的玛尤卡，却少有地现出消沉的模样。十分在意的尤莉便主动与玛尤卡搭话……

从卡谢尔处得知“玛吉去了‘安静的地方’”，德理达一行人前往学术都市耶茨。拜访母校耶茨大学的德理达，与过去的恩师·玛琳再会。德理达感叹，与自己有关的DZ和时空穿越研究，最终都造成了大家的牺牲，自己不该追逐梦想。面对这种哀伤的德理达，玛琳道出了自己放弃的研究中发生的悲剧。而这又是关于DZ的另一个实验记录……

玛吉前往了“安静的地方”，埃菲尔斯伯格电波望远镜。在研究设施完成了装置的玛吉，想定是想自己来实行时间跳跃。但是，时间跳跃却伴随着很大的代价。而且，据说为了讨伐DZ，有电波望远镜的地方即将会遭到大规模空袭。为了营救陷入危机的玛吉，德里达他们携带着卡谢尔给的DZ干扰器，从填满荒野的DZ群中突破。

借助格拉哈姆之力从荒野中突破，德里达他们到达了电波望远镜。德里达和尤莉穿过施密特和多娜的袭击，来到了设施的地底，此时玛尤卡赶往正在阻止DZ的维多身边。德里达和尤莉一打开设施的门，怀念的“那时”的光景展现在眼前。然后，他们发现玛吉躺在了那里……！？再会穿越了“时空”——这是记忆旅行的故事。