意大利南部城市·那不勒斯。虽然那不勒斯是个风光绚丽的观光城市，但同时也是个地下社会所支配的城市。为了寻找疑似乔斯达家族的宿敌DIO的儿子——名为“汐华初流乃”的人物，来到这座城市的广濑康一与乔鲁诺·乔巴纳相遇了，并被他偷走了行李。这时，康一得知了乔鲁诺就是自己正在寻找的“汐华初流乃”，并且乔鲁诺也是替身使者。与此同时，乔鲁诺因某件事与混混“泪眼路卡”结下了孽缘，以此为由他也也被黑社会的布鲁诺·布加拉提盯上了……

寻找着让泪眼路卡身负重伤的犯人的布加拉提，使用替身“钢链手指（Sticky Fingers）”将乔鲁诺逼上了绝境。而相对的，乔鲁诺则使用自己的替身“黄金体验 （Gold Experience）”迎战。乔鲁诺在对战过程中，得知了黄金体验 （Gold Experience）不止只有“赋予生命”这一能力，还有“只让攻击到的对方的感觉暴走”的能力。

理解了乔鲁诺想加入“PASSIONE”这一觉悟的布加拉提，让他去参加面试。考核面试的是在监狱中的干部·波尔波。波尔波叫给乔鲁诺一个点着火的打火机，并命令他不能让火焰熄灭。然而，出现在正在考试中的乔鲁诺面前的是，为了拿回被偷走了的护照而前来的康一。

一旦给打火机的火焰重新点火，波尔波的替身“黑色安息日（Black Sabbath）”却突然出现并发起了攻击。乔鲁诺在苦战之中仍然找到了“黑色安息日”的弱点，与过来帮忙的康一一起迎战。在战斗的过程中康一注意到了“箭”的存在，得知波尔波所设下的这个测验的目的是让替身能力觉醒。

乔鲁诺通过了“PASSIONE”的入团测验，与布加拉提的部下——雷欧·阿帕基、葛德·米斯达、纳兰迦·吉尔卡、潘纳科达·福葛进行了初次会面。加上了乔鲁诺的布加拉提小队，为了回收波尔波的隐藏财产的100亿里拉，向着卡普里岛出发了。与此同时，听说了传闻的“PASSIONE”的流氓们，也盯上波尔波的遗产而开始蠢蠢欲动。

在前往卡普里岛的船上，布加拉提一行人遭到了不明人物的替身攻击。就在一个接连一个地从船上消失了的时候，为了找出隐藏起来的敌人，乔鲁诺自愿受攻击。虽然阿帕基并不信任这个新人，但由于乔鲁诺证明了自己的觉悟，阿帕基发动了自己的替身“忧郁蓝调（Moody Blues）”。将发生在纳兰迦身上的事情“重播（Replay）”后，阿帕基和布加拉提再一次接近了敌人能力的谜团。

打倒盯上了波尔波遗产的组织成员·兹凯罗后，布加拉提就出了被抓住的同伴们。可是兹凯罗在战斗过程中就已经和另一个同伴男子用无线电发了“布加拉提一行人正在前往卡普里岛”的联络。由于忧郁蓝调的能力而得知了那个男子已经潜伏在卡普里岛上的乔鲁诺和米斯达，提议在船舶到达之前登陆岛屿并收拾那名男子。

与乔鲁诺一起登上了卡普里岛的米斯达，找到了兹凯罗的同伴·沙雷。米斯达使用替身“性感手枪（Sexy Pistols）”的能力通过操控射出的子弹进行攻击但在沙雷的替身“手艺工作（Kraft Work）”面前陷入了苦战。尝试着反击的米斯达，他的手中只剩下“4发”子弹了……

成功回收了波尔波的隐藏财产100亿里拉的布加拉提等人。出现在他们面前，组织的干部贝利可罗。从布加拉提那里接收了100亿里拉的贝利可罗，让布加拉提晋升为干部，并传达了老板的命令。指令的内容是，从背叛者们手中保护老板的女儿特莉休·乌纳。

纳兰迦受到了霍尔马吉欧的替身“小脚（Little Feet）”的攻击，身体正在慢慢缩小。然而纳兰迦使用替身“航空史密斯（Aero Smith）”来进行反击。在航空史密斯的猛烈攻击下，霍尔马吉欧想起了“暗杀小组”从老板受到的屈辱回忆……

盯上了老板女儿·特莉休性命的霍尔马吉欧，用小脚的能力将纳兰迦的身体缩小到了几厘米的大小，并将他捕捉。纳兰迦被丢进了装有蜘蛛的瓶子里，责问道特莉休的所在地。在这穷途末路的状况中，在“保护特莉休”这一决意之下，纳兰迦让航空史密斯发射子弹，开始了反击。

为了让特莉休从“暗杀小组”手中安全逃出，老板给布加拉提等人下达的第二道指令是，去拿藏在庞贝古城中的某个“交通工具”的钥匙。乔鲁诺、阿帕基和福葛这三人按照指令，赶往了庞贝古城。然后福葛在挂在遗迹墙壁上的非常不自然的镜子中，发现了奇怪的人影……

潜伏在镜子中的是，暗杀小组的一员·伊鲁索。在伊鲁索的替身“镜中人（Man in the Mirror）”的能力下被拖进了镜中世界的福葛，发动了自己的替身“紫烟（Purple Haze）”，以此迎战。与此同时，认为任务优先的阿帕基，把主张去寻找福葛的乔鲁诺留在原地，自己前往“犬型壁画”的所在地了。然而，就在阿帕基马上就要拿到钥匙的瞬间，他也被拉进了镜中世界……

“将特莉休带到威尼斯去。”听从了老板下一道命令的布加拉提等人前往了那不勒斯车站。“在6号站台中‘乌龟’所在的饮水处使用‘钥匙’”按照指令来到了饮水处的布加拉提，却找不到任何的钥匙孔。与此同时，暗杀小组的普罗修特与贝西也追踪着布加拉提等人来到了那不勒斯车站。布加拉提解开了钥匙孔的谜团后冲进了前往佛罗伦萨的超特快列车。紧追其上的暗杀小组，以及发车了的列车。

为了找出藏在列车中的布加拉提等人，普罗修特使用替身“壮烈成仁（The Greatful Dead）”的能力，将车内的所有人无差别地老化了。而藏在乌龟中的布加拉提等人， 逐渐地开始老化，陷入了巨大的危机中。虽然米斯达前往外面进行了反击，却被设下了陷阱的贝西的替身“沙滩男孩（Beach Boy）”所抓到。普罗修特与贝西，两名暗杀者向米斯达逼近。

在性感手枪No.6的通知下展开了反击的布加拉提，但在壮烈成仁的强大力量面前陷入了苦战。做出了“觉悟”的布加拉提，决定与普罗修特一起同归于尽而投身于时速150km的列车外面。在激斗的结局，普罗修特使用最后的力量发动了壮烈成仁的能力。看到这样的他，贝西并非在“言语”上而是在“内心上”理解了普罗修特的觉悟。布加拉提与贝西的“觉悟”碰撞在一起。

打倒了普罗修特与贝西的布加拉提一行人，使用汽车赶往威尼斯。暗杀小组的梅洛尼采取了残留在现场的布加拉提的血液，发动了自己的替身“娃娃脸（Baby Face）”。从在列车上遭到袭击的女性体内出生的这个替身，是能够自动追踪布加拉提发出的能量的远距离力量型替身。

娃娃脸所生出的替身有着“将人类分解并组合成其他物体”的能力，乔鲁诺以此为提示，认识到了黄金体验的“创造出身体的一部分”这一方法。他恢复了自己被夺去的身体，开始展开反击。与此同时，想要得到特莉休的暗杀小组的加丘，为了与梅洛尼会合，驾车赶往了乔鲁诺他们的所在地。

将空气中的水分凝结至超低温，并将其像盔甲一样复盖在身上的加丘的替身“白色相簿（White Album）”。乔鲁诺和米斯达在行走中的车内受到了低温攻击，也还总算是到达了威尼斯，但却因为驾车冲进了运河里而陷入了绝境之中。面对打算牺牲自己的米斯达，乔鲁诺表示需要的并不是牺牲精神而是“觉悟”。

在两人都展示了自己的“觉悟”后，米斯达和乔鲁诺终于打倒了强敌·加丘。写在所拿到手的DISC中的信息是，“将特莉休带到圣乔治·马焦雷岛上的教堂大钟楼”，这就是来自老板的最终指令。带着特莉休，布加拉提进入了塔楼。然而在电梯中特莉休的身影突然消失。布加拉提看着电梯中所残留的痕迹，确信了老板真正的目的——。

老板的真正意图是为了完全隐藏自己的身份而打算杀掉特莉休，布加拉提察觉到了这一点。为此布加拉提决定要打倒再次背叛了自己所相信的正义的老板。与此同时，在小船上等待着布加拉提归来的乔鲁诺，感觉到了不详的违和感。“完全没注意到空中飘着的云朵飘过去，连消失的火焰消失的瞬间都没有察觉”。老板发动他的替身“绯红之王”

抱着不一样的“正义”、不一样的“意志”，布加拉提等人走上了背叛组织的道路。特莉休在自己的意志下为了得知“自己的父亲到底是什么样的人”，说出了“自己的母亲是在“撒丁岛”上与父亲认识的”。一行人打算在威尼斯先看看情况，在餐厅吃饭的时候，纳兰迦受到了替身攻击。老板直属的亲卫队，终于开始行动。

攻击纳兰迦的是，亲卫队的史克亚罗的替身“冲击”。而且，在史克亚罗的同伴·提查诺的替身“面部特写”的能力下，纳兰迦说出了与自己想法相反的话语。史克亚罗和提查诺利用纳兰迦不让众人找到事情的真相。以两人为对手而陷入了危机的纳兰迦，为了能够顺利逃离威尼斯，毅然选择了独自一人面对。

打倒了史克亚罗和提查诺的布加拉提等人，为了追寻老板的过去而前往撒丁岛。在马可波罗机场上准备飞机的时候，一个非常奇怪靠近他们。就在敌人准备发动他的替身的时候，米斯达就将其射杀了。抱着太过于轻松的违和感而起飞了的一行人，乔鲁诺在飞机中听到了从冰箱中发出的奇怪声音……

米斯达在机场所射杀的男人·卡鲁尼的替身，是在他死后才首次发动的替身“臭名昭著的B・I・G”。臭名昭著的B・I・G以“行动”为基准发起了袭击。乔鲁诺失去了双臂，本以为再也无法使用黄金体验的能力了，他却提前给胸章赋予了生命创造了一个左手。特莉休决定要守护那个左手，向胸章赶去后，行动却被感知了。就在走投无路的时候，特莉休发动了她的替身“辣妹（Spicy Girl）”。

1965年夏天，在亚得里亚海上的女子监狱中一名女性生了一个男孩。奇妙的是，她从2年前服刑开始的在这只有女性的环境下居然怀孕了……时至今天，一名年轻青年来到了撒丁岛。他的名字是托比欧。与此同时，暗杀小组的队长·里苏特也追着特莉休和布加拉提的行踪到达了撒丁岛。托比欧和里苏特在翡翠海岸相遇。

因为能够看到自己替身的行动，所以里苏特判断托比欧是老板非常信任的替身使者，里苏特使用操纵磁力的“金属制品”对托比欧发起攻击。托比欧靠着老板电话中所赐予的“绯红之王”一部分的能力“墓志铭”进行迎战。在战斗过程中，察觉到托比欧的样子在慢慢变化的里苏特，终于明白了托比欧的真实身份。

在里苏特的猛攻下陷入了危机的托比欧，却利用在山崖下的纳兰迦的航空史密斯发起枪击，让里苏特遭受了致命伤。布加拉提和纳兰迦为了确认航空史密斯所察觉到的敌人而往山崖上赶去，阿帕基则为了找出拍摄了特莉休母亲的人物的真实身份，使用忧郁蓝调在重播着15年前海岸上所发生的事情。

阿帕基在临死前完成了忧郁蓝调的重播（Replay），并将老板的面容和指纹作为死亡讯息留给了同伴们。继承了阿帕基的意志，布加拉提等人打算从留下来的指纹找出老板，而他们却突然接到了神秘人物所打来的电话。神秘男人阐明了老板的名字是“迪亚波罗”，并对他们说打倒迪亚波罗的可能性在于“箭”。布加拉提等人为了与这个男子见面，决定前往男子所在的罗马的斗兽场。

等待着布加拉提等人的是老板所派来的新敌人·乔可拉特和塞可。乔可拉特发动了替身“青春岁月”（Green Day）。在能够腐蚀生物的真菌的攻击下，连同布加拉提等人所抵达的小渔村的村民们一起受到了无差别攻击。布加拉提等人打算规避袭击直接前往斗兽场，塞可发动了替身“绿洲 ”（Oasis）挡住了他们的去路。

一旦乔可拉特乘坐直升机升上高空，青春岁月的杀伤范围就会变得更大。乔可拉特准备就这样直接前往罗马，然后向罗马全体市民都散布这一杀人真菌。出现在打算去阻止乔可拉特的布加拉提等人面前的是塞可。乔鲁诺和米斯达决定去对付乔可拉特，而布加拉提则对付塞可。

经历了激烈的战斗，乔鲁诺和米斯达终于打败了乔可拉特。然而在听完乔可拉特在最后留给自己的语音留言后的塞可，得知了斗兽场有着能够打败老板的秘密。想要弄清楚那个秘密而打算前往的塞可。布加拉提为了阻止塞可而对他发起了攻击，在绿洲的能力下陷入了苦战状态两人。在斗兽场前展开了激烈的战斗。

赢下了与塞可一战的布加拉提，身体却已经到达了极限状态。已经到达了罗马的老板，以托比欧的姿态接近布加拉提。在观察了布加拉提的样子后，决定伪装成特莉休的言行举动濑套出布加拉提口中的秘密。而在斗兽场，掌握着能够打倒老板这一秘密的男子正在等待着。然后时间被削除，老板展现了自己真正的样貌。

知晓老板秘密的男子名为简·皮耶尔·波鲁那雷夫。出现在他面前的不是布加拉提等人，而是统领“热情”组织的老板的真实姿态·迪亚波罗。打算处理掉波鲁那雷夫的迪亚波罗，就在他发动绯红之王时，波鲁那雷夫将“箭”刺向了自己的替身·银色战车。迪亚波罗、以及正在接近斗兽场的乔鲁诺等人的身体开始发生异变。逐渐失去意识的他们倒了下来，昏迷过去。从深沉的昏迷中苏醒的他们的灵魂，发生了某种变化。

被“箭”所贯穿的“银色战车”，变成“银色战车镇魂曲”开始暴走，将周边一带的人们的灵魂互换了。波鲁那雷夫出现在了为此混乱着的乔鲁诺等人面前。“有能力的人拿到箭的话，那个人就会得到能够支配一切生物精神的力量。”从波鲁那雷夫得知替身力量还能“进化”的乔鲁诺，与布加拉提汇合后，打算从镇魂曲那里夺回“箭”。

在“银色战车镇魂曲”真正能力的作用下，波鲁那雷夫的身体发生了异变。事态愈发严重，布加拉提等人想要尽可能快地从镇魂曲中夺回“箭”而追了上去。然而乔鲁诺却告知“迪亚波罗的灵魂，正在我们之中一个人的身上”。迪亚波罗的灵魂正在灵魂互换的乔鲁诺等人中伊人的身上。镇魂曲在演奏过程中，乔鲁诺等人与迪亚波罗，到底谁才能先拿到“箭”。然后迪亚波罗终于现身。

凭附在特莉休灵魂上的迪亚波罗，解开了镇魂曲的谜团并成功拿到“箭”。乔鲁诺打算夺回并发起了攻击，但在削除时间的绯红之王，以及它那能够预知未来的墓志铭的能力面前，攻击并未凑效。于是就在迪亚波罗准备将“箭”刺向自己的替身的时候，布加拉提将银色战车镇魂曲彻底破坏。在拥有压倒性力量的迪亚波罗面前，乔鲁诺等人奋起反抗。

布加拉提等人拼命夺回的“箭”送到了乔鲁诺手中，在与迪亚波罗的死斗过程中，他用“箭”将黄金体验镇魂曲贯穿。“从真实中衍生出来的真挚行动是绝不会被毁灭的”。进化了的乔鲁诺的替身“黄金体验镇魂曲”，使得迪亚波罗连“死亡”这一真实都无法到达，让他陷入了永无止境的“循环”中。

在乔鲁诺与布加拉提相遇之前，某个花店的老板来找布加拉提。花店老板说自己的女儿在数个月前抱着一颗“奇怪形状的石头”从楼上坠落身亡，并拜托布加拉提为他找出真凶。而被交予了搜查任务的米斯达，找到了有嫌疑的花店老板女儿的男朋友，即是雕刻家的史可利比。史可利比告诉米斯达“我们都是命运的奴隶”，并跟他说了出现在米斯达面前的奇怪形状的石头就是布加拉提的“命运”。