能赋予所绘图象生命的神笔少年森罗，与虫师银古相遇了。深夜，银古抓住了一名半人半虫的美丽少女。她竟是森罗已经去世的奶奶廉子。参加过“虫宴”的廉子，无法作为完整的人死去，一直在家中徘徊。为了见到廉子，森罗再次提起神笔，画出了盛满生命之酒的绿盏，使廉子以少女之躯永生。但碎盏难圆，她已永远失去了人类的生命。

小姑娘翠得了无法医治的眼病，只能住在黑房子里，少年阿齐是她唯一的朋友。在翠的引导下，阿齐也闭上了第二层眼睑，看见了黑暗中的光芒。但寄生在他们眼中的虫却因此加速繁殖起来。闻讯赶来的银古诱杀了从翠的眼中爬出的虫，却又用虫治好了翠的眼睛。用虫的眼睛看着这个世界，翠露出了略微寂寞的笑容。

在被雪覆盖的寂静山村里，村人一个接一个失聪，而真火却因为听见太多的声音无法正常生活。这一切都与寄生在他们耳中的虫有关。驱逐它们的秘密就藏在真火的体内，提示的线索则在真火母亲的遗言里。危急关头，银古终于找到了答案。他教真火捂住耳朵，听见了自己体内如熔岩般的巨响，那是比任何生命都强大的求生意志。虫终于被真火的生命之声赶出了体外。

依靠虫带来的预知梦，金将命运握在手中。可是随着噩梦不断应验，金逐渐发现了可怕的真相。原来虫带来的并非预知梦，而是将梦转化为现实的能力。当金发现是自己的梦毁了全村时，深深的自责与恐惧驱使他挥起刀，想要斩断这场无尽的噩梦。但接触过彼岸世界的人，再也无法回来了。金最终将刀刺向了自己。

被当做祭品死去的少女，因为经过的水虫而得救，因此与水虫结伴而行，虽然身体变成了虫的一部分，意识却仍渴望活下去。然而，水虫的旅程终点却是死亡。在最后的入海口里，银古终于从水虫体内救出了半透明的少女。她决心在这水虫死去的海边，依靠自己的力量活下去。而水虫的子孙们仍在林间游荡，寻找着自己的道路。

银古受少年阿轩邀请来到孤岛。这里的岛民信奉一种朝生夕死的“肉身神”。岛主为谋取私利，用昼颜花引诱女儿阿古成为“肉身神”。在阿轩帮助下，银古找到了寄生在阿古鼻中的虫。得知真相的岛民砍死了阿古的父亲。面对父亲的尸体和儿时玩伴的背影，阿古无法接受悲惨的命运，再次拿起了染血的昼颜花。也许只有在无悲无喜的生命里，她才能得到真正的幸福与平静。

银古遇见了为追寻彩虹而旅行的虹郎。虽然出身造桥世家，虹郎却毫无才能，还因名字古怪受人嘲笑。然而，痴迷彩虹的父亲“用生平所见最美丽的东西给孩子取名”的心情却打动了虹郎。他拒绝改名，踏上了寻找彩虹的漫长旅途。但是那并非彩虹，而是颜色相反的“虹蛇”，一种活着却没有意志的流体虫。银古和虹郎能找到梦幻之虹吗？顺应水流而动的“虹桥”，默默诉说着父子两代造桥匠的执着人生。

在海边小村，银古遇见了奇怪的男人白羽。自从妻子在海上迷雾里失踪后，他就一直在搜寻遗物。在银古的建议下，白羽决定忘记过去，开始新的生活。然而，跟随银古出海探查“海千山千”时，失踪三年的道子竟出现在迷雾中！抱着活生生的妻子，白羽再次选择了过去，却再也找不到回陆地的方向。而此时，道子正在他怀中渐渐化为泡末……面对无法割舍的过去和充满希望的未来，白羽会做何选择呢？

天灾之年也能丰收的小村里，每到秋天就有一人长出“瑞齿”而死。银古发现瑞齿其实是一种名为“破落之实”的虫，正在破坏自然的均衡。然而，祭司却无视银古的警告继续使用“破落之实”，甚至不惜将自己做为祭品，换取全村的幸福。面对憧憬着村庄的繁荣景象死去的祭司，银古决定打破虫师的最大禁忌。在丰收的欢庆声里，不复为人的祭司注视着这片祖先的土地，露出了幸福的笑容。

孩子们在化野医生家研磨一块极品砚台后，突然患上了无法治愈的寒病。制砚的少女錾告诉银古，用过砚台的人都已死于寒病，此后她便放弃了制砚。原来在砚台中栖息着名为“噬云”的虫，有风则飘浮天际，无风则沉积为石。自责的錾想销毁砚台，但银古和化野认为虫是无辜的，劝说她让噬云回归自然。在夏日晴空中，噬云化为冰雹纷纷坠落时，女制砚师也重拾起制砚的信心。

山中出现种种异象，银古操纵“鼹虫”找到失踪的老虫师无直，发现他竟是山神。原来误杀旧山神后，无直就担负起了神的工作，以至不堪重负。为了村人的幸福，无直不顾银古的劝阻召来了“白蛇”。吃掉无直的白蛇成为了新山神，自然也恢复了平衡。沉睡的山中，只有对逝者的追忆仍在初雪的寒意中袅袅不散。

孤儿阿勇被虫师奴伊收养。他发现奴伊和池塘里的鱼都只有一只眼。奴伊告诉他，寄生在“永暗”里的“银虫”夺走了他们的眼睛。目睹独眼鱼被“永暗”吞噬的景象，阿勇劝奴伊逃离。但一切都已太迟，奴伊进入了永暗。为了让阿勇活下去，奴伊教他献出右眼。重回人间时，阿勇已失去了记忆。他为自己取名“银古”，用仅剩的眼睛望着阳光，独自踏上了漫长的旅途。

在一座仅以吊桥与外界相连的山村里，传说摔落桥下的人会失去魂魄。花子在与阿全的逃婚途中失足落下峡谷，却毫发无伤。银古发现她被一种名为“伪葛”的虫寄生，可能已经死亡。唯一的希望是等“一夜桥”出现。午夜时分，伪葛开始迁移，形成了横跨山谷的一夜桥。它能否引渡这对恋人到达幸福的彼岸呢？

木助一家无法离开竹林，被认为是白竹精作祟。银古发现白竹其实是一种名为“借间竹”的虫，而木助的妻子小雪就是人虫混血儿“竹之子”。主竹的汁液养育了她，也困住了木助。看着丈夫思乡的背影，小雪流着泪砍倒了如同父亲的主竹。

银古躲避风雪时，认识了玲和春见姐弟。每当冬天粮荒时，春见就会失踪，然后带来冬天没有的野菜，一直昏睡到立春。银古告诉玲，作怪的是一种名为“空吹”的虫，并教给春见各种虫的知识。但这一回春见昏迷后却再没醒来，去调查的银古也被空吹吸走精气陷入昏迷……违反节气盛开的幻春之花，大雪中翩翩飞舞的空吹，远离尘嚣的农舍里，人与虫比邻而居，究竟会发生什么样的故事呢？

加持的母亲小夜得了奇怪的健忘症，渐渐忘记了不常接触的日常事物，惟独忘不了出门未归的丈夫。银古发现她的脑中寄生着名为“影魂”、专门吞噬记忆的虫，只能用不断重复的新鲜记忆抵抗侵蚀。可是，发现丈夫已在别处建立新的家庭，小夜终于放弃了所有抵抗，陷入沉眠，醒时已被影魂带走了包括丈夫在内的全部记忆。然而，那比生命更重要的感情却仍以不可思议的方式保存了下来……

兔泽家是负责养护虫师的通信工具“虚”的一族。因为一次意外，妹妹绮被封闭空间里夺路而逃的“虚”带往虚穴，生死不明。多年来，姐姐绪始终没有放弃寻找妹妹。为了让绪彻底死心，银古带她进入大虚穴，那是无限深广的迷宫，只有前人虫师留下的铁链可供辨识出路。被绝望吞噬的绪，要如何从彼岸世界带回孪生妹妹呢？

少年块为了成为名画师，背弃了故乡和亲人，也渐渐失去了力量。回故乡汲取灵感的他，看到的却是被自己抛弃、一片荒芜的山村和相继离世的家人。带着块的处女作“山之衣”前来调查的银古，发现这是因为与人类共生的虫“产土”大量流失造成的。在这里生长的人与虫，都不能离开赖以生长的土地。迷途知返的浪子能否得到故乡的原谅，重拾生命的画笔呢？

小保姆阿吹握住一根天上垂下的丝线，就此消失在空中。救下阿吹的银古发现，她遇到的是一种名为“天边草”的虫。险遭吞食的阿吹因此游移在人虫之间，唯一能留住她的只有爱人清志郎的信念。然而，清志郎却迷失在世俗的杂念中……浩淼的星空下，追寻着“迷途之星”的男子流下的眼泪，要如何唤回那看不见的爱人？

日本明治维新前后，历史的变迁尚未触及深山莽林，人类与自然仍在混沌中沉眠。在一片荒原中，住着一位名为狩房淡幽的少女，她的体内封印着“禁种之虫”。为了使虫沉睡，淡幽必须记录虫的故事，因此不能自由行动，终日与纸笔为伍。她与外界交流的唯一方法就是倾听旅人讲述杀虫的故事。然而，这些记录在《狩房文库》中的故事却只有仇恨与杀戮。直到有一天，一个白发绿眼的男子出现在她面前。听了少女的愿望后，这个名叫银古的男子开始讲述关于生命与情感的新故事。

明在结婚一年后生下了一个绿色淤泥状的东西，这个东西沿着地板的缝隙逃到了地下。一年后的一个晚上，明和她的丈夫地板下找到了一个婴儿，因为婴儿和明夫妇长相很像，便被收养，取名为“棉彦”。 棉彦的成长很快，喜欢吃小鱼和果实，还没到半年就长到3岁左右，只是智力和婴儿一样。但是随着这个之后，每隔半年都会从地里生出一个。三年后，长子全身长满绿斑，濒临死亡。

那光总是出现在那块岩石附近，那块岩石的下方是处叫作“龙宫”的海渊，在那儿丧生的人可以重生，样子和原来的一模一样。 满月时那里会浮上来一粒一粒红色的小红珠。那一粒一粒中的是各种生物的“胚”，最初始的物质，吞下它的人，会怀上与沉入海中的人一模一样的小孩，说明那虫能使生物返回“胚”的形态。那种虫，发光，诱捕生物，化成初始形态后排出体外。或许可以说是吞噬生物的“生存时间”的虫。

野锈，通常附着在尸骸上，分解尸骸，是无害的生物，不喜欢海风，分解尸骸时会发出一种声音。繁的声音就类似于把这种声音放大了几百倍，因此，山中的“野锈”以为有食物就聚集过来，但并没吃的，所以蔓延到了活体生物上了吧。

幽火中有种叫“火种”的虫，那种虫就是幽火的实体，吸取人的体温的生物。那草是“火种”的幼体。 火种很常见，散毒的应该是极个别所拥有的习性，那东西可以让人点着火，得到火，发育成熟之后，就能用那火引诱人，吸取人的热量。但这毕竟是“伪火”，给予幼体“伪火”，不能发育成熟。要消灭那种草，用幽火烧就行了。

眼福，被称为梦幻之虫，据说看上一眼就能治好眼睛。 被看到后就寄宿眼内的虫，使眼珠在宿主死后仍继续存活，与别的生物组合，最终完全占据之后，开始逐渐疏离，这样的话，分离的时候就要到了。眼珠在自行活动，而后跳出眼眶。能看到很远很远的地方，能看到无法触及的“定下的事”。逐渐能透过眼睑看到外面，能看到自己眼珠的未来。

山这里是光脉流。这片土地上流淌着生命之源，混入水中，蒸发，形成雾，所以这里的雾都是有生命的，所以颜色和形状不是每天都一样。看雾就知道那片土地的状况了。略带青色的话，山气平静，适宜赶路；略带红色的话则相反。略带金色的话，山况最佳，最适宜动身。