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时为战乱时代。醍醐之国的领主景光为了领地的繁荣而与魔神进行交易，作为代价而献上了自己的儿子。时光流逝，就在年幼的盗贼·多罗罗遭到妖怪袭击的时候被一名神秘少年拯救。这位少年的身体，基本上都是人造的。
多罗罗与百鬼丸来到了万代这一女性所管理的村庄。百鬼丸不知为何突然在她面前露出自己的刀剑，因此被村人们丢进了仓库中。然而那个仓库早就有某个东西所在……
身为医生的寿海巡游于各地，为了给在战争中伤亡的人们装上义肢。某天他在河边捡到了一个欠缺了身体上各个器官的婴儿，并赐予了他的人造身体后将他抚养长大。被起名为“百鬼丸”的这位少年，为了取回自己的身体而开始了旅行。
多罗罗和百鬼丸展开了与杀人魔田之介的对峙。田之介所挥舞的刀是魔神所寄宿的受到诅咒的妖刀。好不容易打倒了田之介后，妖刀却跑到了多罗罗手上，控制了多罗罗的身体。
对突然听到的“声音”感到痛苦，而且还在与妖怪的战斗中受了伤的百鬼丸，跟名为美绪的少女相遇了。她照顾着在战争中流离失所的孩子们，同时也开始照料百鬼丸。然而得知附近有魔神的百鬼丸在负伤的状态下就开始了行动。
虽然百鬼丸从魔神那里夺回了声音，但是他的一条腿也被魔神给拿走了。在荒废的寺庙里养好了伤势后，他向魔神再次发起了挑战。与此同时，在美绪等人所在的荒废寺庙里……
蜘蛛妖怪·络新妇为了治疗与百鬼丸战斗中所受的伤，变为人类的模样在利用着名为弥二郎的青年。而不小心放跑了络新妇的多罗罗和百鬼丸，在刚刚来到的村子听到了有人贩子的传闻。
百鬼丸与多罗罗旅途中来到一片山中，意外的看到一群人在送一个身着白色新娘服的女孩往山里走。但这个时候有一个男孩往那边射箭，被多罗罗拦下。原来这个男孩叫阿猿，是新娘的弟弟，他们救下被绑住的新娘，可新娘似乎是自愿留在这里的......
患上感冒的多罗罗。在意识朦胧之中看到彼岸花的多罗罗，想起了自己与父亲·火袋和母亲·自夜的过去。
在醍醐之国的某个村庄，村民们遭受住在湖泊里的妖怪的危害。多宝丸带着自己近侍的兵库和陆奥，决定为了村民要干掉这个妖怪。
进入了醍醐之国的多罗罗和百鬼丸，听闻了残留在国境曾经发生战争的地点上的一块巨大屏障“板门”这一存在。而百鬼丸也与从板门现身的妖狐的魔神展开了对峙。
将自己的儿子交给了魔神的景光。想要夺回自己被夺走的身体的百鬼丸。而现在，在命运的指引下两人相遇了。
离开了醍醐之国的多罗罗，在瀑布的里面看到一尊高高耸立着的不动明王像。这尊不动明王像的真相，其实是打算收集人类脸颊的妖怪。
多罗罗和百鬼丸经过一个被烧毁的寺院，与统治着这片区域的名为鲭目的男子相遇。他们在被招待至鲭目的宅邸并听闻了烧毁寺院与妖怪之间的事情后，两人都觉得哪里不太对劲。
鲭目为了守护自己所统治的地区，将路过的旅人献给魔神。百鬼丸再次与蛾之魔神展开对峙。就在这时，被关在仓库里的多罗罗……
多罗罗被地鼠所带走，赶往了火袋所藏钱的山岬。就在为了前往山岬而在寻找小船的时候，他们遇见了独臂少年·不知火。
寿海在战场上与满身是血的百鬼丸再次相遇，得知了百鬼丸被夺走的身体与魔神之间的关系。百鬼丸拜托寿海帮他打造全新的义足……
鲨鱼魔神一边咆哮着，一边向无法动弹的多罗罗袭来。与此同时，多宝丸所率领的军队也向山岬逼近……
多罗罗和百鬼丸为了修好被折断的刀刃，来到了名为宗纲的刀匠所居住的村庄。他们来到宗纲的家后，迎接他们的是宗纲的女儿·小和。
寻找着妖怪而走进了山林的多罗罗和百鬼丸，与赛眼三郎太这一青年相遇了。他们与说着自己也是来杀妖怪的三郎太一起前往妖怪的巢穴。
醍醐景光在准备着与邻国朝仓之间的战争。而收到百鬼丸正在赶往醍醐国这一消息的景光，让多宝丸前去讨伐百鬼丸。
被抓到醍醐的城池并关押在牢房里的多罗罗。而缝夫人却出现在牢房面前。与此同时，在想要抢回多罗罗和自己身体而打算赶往醍醐城池的百鬼丸身后，妖化的白马发出了呼号……
百鬼丸展开了与寄宿着魔神力量的多宝丸、陆奥、兵库之间的对峙。随之赶来的多罗罗、缝夫人、琵琶丸，围绕着醍醐这一国家的最终去向，正在见证着非常激烈的战争。
被火焰所包围的醍醐城。被命运所捉弄的血肉兄弟。多罗罗、寿海、缝夫人抱着各自的想法赶往了城池。连哭声都没办法发出的那个生命所抵达的终点到底是……
