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跨过了重复着同一故事的世界“想区”而踏上旅途的艾克斯、蕾娜、塔奥、诗音等人在正要踏入新的想区之时，看到了被怪物袭击的女孩。根据村人的叙述，艾克斯等人得知那女孩正是要成为“小红帽”的人物。于是为了拯救不知道消失到何处的小红帽，他们进入了森林……
艾克斯等人来到了“堂吉诃德的想区”。但是，与原本的故事不同，恐怖的恶魔群袭击着人们，天空被染上令人毛骨悚然的红色，这片想区即将崩毁。为了阻止这事的发生，艾克斯等人立刻开始调查；在那里，一个意想不到的人物现身了……
故事追溯回过去。在出生的故乡，艾克斯从小就和名为“灰姑娘（辛德瑞拉）”的女孩度过每一天。早早失去父母的艾克斯，同样失去父母的灰姑娘，两人相互扶持，共同成长。不久，实现灰姑娘的命运的夜晚即将来临。这时，艾克斯在森林遇到了一个名为“蕾娜”的少女。
作为自己的青梅竹马的灰姑娘的命运，正在偏离正轨……艾克斯从蕾娜口中听到了各种各样的事实。对他来说，净是至今为止从未见过的事。然后，蕾娜给予了艾克斯作战的力量。为了守护灰姑娘的命运，艾克斯一行人向王宫进发。
艾克斯一行人来到了某座小岛。久违的休息而在海边玩耍的时候，他们发现了一名被海浪冲到沙滩上的男子，他的名字叫做约翰·西尔佛。不久，大家便得知这里是“金银岛的想区”。为了找出大海盗弗林特隐藏在该岛某处的大宝藏，展现梦想与浪漫的大冒险开始了！
这一次，艾克斯一行人来到了“白雪公主的想区”。因为接二连三的误会，艾克斯把沉睡的白雪公主提前弄醒了。就这样，原本的故事从一开始就发生了改变。为了想办法恢复原状，艾克斯他们前往白雪公主的城堡。但是，在那里，毒苹果王后正等着他们……
让人冻僵，被深厚积雪封闭的“冰雪女王的想区”。艾克斯等人在那里发现了累倒在地下的少女格尔达。众人找到了取暖的小屋舍，迎接他们的是一个年幼的少女。这个带有不可思议气场的少女，将冰雪女王的宫殿的所在地点告诉大家。但是，前往目的地后等待他们的是……
至今为止和艾克斯一起旅行的同伴——塔奥和诗音，两人曾经有过一段沉重的往事。塔奥称同伴是“家族”的理由，诗音称塔奥为哥哥的理由……。在人族和鬼族持续战斗的“桃太郎想区”中，关于塔奥和诗音的过去被一一揭晓。到底在鬼岛发生过什么？
艾克斯他们来到一望无际的沙漠，在那里遇到了盗贼少年阿拉丁。据说他原本持有一个可以现实任何愿望的魔法神灯。这里正是一千零一夜的世界，“阿拉丁的想区”。与阿拉丁一起行动的时候，成群的敌人VILLAIN出现了……
圣女·贞德出现在英格兰和法兰西的百年战争期间。与她相遇的艾克斯等人，决定参与到跟袭击人类的恶魔群VILLAIN的战斗。贞德取得了胜利，她的命运却逐渐被扭曲……而打算帮助贞德的艾克斯，遭到Chaos Teller的攻击而身负重伤。
艾克斯一行人来到了“不可思议国度的想区”。在那里蕾娜遇到了自小就憧憬着的爱丽丝。不过，这个爱丽丝的样子也有些奇怪。她说绝对不承认不可思议之事，并打算将艾克斯等人捉走。到底是什么让爱丽丝发生了改变？而另一方面，一个可怕的阴谋正开始进行着……
至今为止将许许多多的想区的故事扭曲的元凶……。面对真正的敌人，艾克斯、蕾娜、塔奥、诗音将如何战斗？即使状况再绝望，也要守护想区的人们，艾克斯他们的战斗开始了。这是以生俱来没有被赋予任何命运的他们的故事。这个谁都知晓的童话的结束是——
