鸣海孝之是白陵大附属中学三年级的学生，他与死党平慎二以及游泳部主将速濑水月一直是好友关系；而水月的身边陪伴着一个腼腆的女孩子，她就是水月的好友凉宫遥。一天，水月把孝之约到小山丘，不过等着孝之的不是水月而是遥。遥向孝之表白；孝之喜欢的人是水月，但为了不伤害到遥，于是答应了与遥交往。交往之初，两人完全不像情侣。遥问孝之是否喜欢她，孝之回答说“不知道”。想挽回这事的水月告诉孝之，遥在一年级就已经暗恋他，而且自己与孝之成为朋友也是为了遥。在自己爱的人和爱自己的人当中，孝之选择了后者，向提出遥重新交往。而本来就对孝之心存好感的水月知道孝之与遥开始恋爱后，变得迷失。

孝之与遥一起坐电车出游，但孝之小睡过头而偏离了目的地，不过二人开始开兴地野餐。晚上，孝之还被遥的妹妹凉宫茜强行拉回家见到“岳父岳母”。次晚，遥和孝之约好了夏日祭典，但孝之在跟水月谈心事，延误了约会时间。慎二带着遥到小山丘找到了他们。水月表示歉意，遥表示水月是自己最好的朋友，完全没生气。然后，四人在此合照留念。与遥交往后，平时昏昏沉沉的孝之也树立了目标——与遥共同考上白陵大学。孝之带着遥一直想要的画本《玛雅沃尔的礼物》，匆匆地跑去遥正等待着的柊町车站。途中孝之遇见水月，她以生日为借口迫使孝之买一只戒指作为礼物。完全迟到的孝之赶到约会地点时，看到一个封锁的事故现场，以及一个染血的蝴蝶结……

时间过了三年。一天晚上，水月来到一家餐厅。两名客人正对一名女侍应的服务态度发泄不满，一名男侍应过来熟练地将此女“拖走”。这名男侍应就是孝之。此时，孝之已放弃大学深造，在一家餐厅打工，而水月放弃游泳到私人公司就职。夜里，水月来到孝之家过夜，但因没带新衣更换，次日上班时被前辈说隔天不换衣服对形象不好。水月跟着前辈出去推销时路过某游泳训练馆，想起曾经游泳时总是有遥为自己打气。下班后，水月把电话叫孝之出来，想确认孝之是否真的喜欢他。二人彼此确定相爱，并做好搬家同居的打算。孝之送水月回家的路上再次路过游泳训练馆，他们看到刚结束训练的白陵附中游泳部的凉宫茜。

最早向孝之提出同居想法的水月却退缩了。孝之直接打电话到她公司，说今晚下班后见面。孝之带着水月去看各种卖房广告，以表示自己要跟水月在一起的决心，顿时水月哭倒在孝之怀中。日子一天天地过去，虽然还未选好新房，眼看二人的生活将步入轨道。某一天，茜的一个电话留言惊动了他们。原来，遥在车祸中的伤逐渐痊愈,昏睡三年的她已经苏醒。孝之告诉水月自己不会去医院，但水月依然决定陪同孝之一起去看望遥。二人看望了遥，遥虽然醒了，但遥的记忆仍然停留在三年前，对于现在的事她一无所知。认为水月背叛了姐姐的茜对水月的出现表示不满。

遥的苏醒，让孝之有些不知所措。恍惚间，水月回忆起两年前的事。她放弃了游泳，一面在企业工作，一面照顾着失落的孝之。一天，一直萎靡不振的孝之突然答应水月出去走走。二人分开后，孝之路过绘本画展，漫步在曾经和遥一起走过的路上，又想起了交通事故当天。孝之发疯似的跑到医院，试图抱着昏迷的遥去看绘本画展，但被医生制止了。遥的父母禁止他再去见遥。看着愈加颓废的孝之，水月终于按捺不住，说出了她喜欢孝之，希望能弥补孝之感情上的缺失。从那以后，孝之再没去过医院。不知情的茜去孝之的家看望，结果发现了水月睡在孝之的床上，于是开始嫉恨水月。

水月路过白陵附中，回忆起往事，感慨物是人非，开始担心孝之会离她而去。遥虽然恢复了意识，但她的记忆仍然非常混乱，并没有察觉到自己已经昏睡了三年。第二天傍晚，下班后的孝之来到医院探访遥。看到女儿的健康状况有所好转，遥的父母请求孝之能够每天来探望遥。孝之趁休假日，找到白陵大学的慎二谈心，虽然说出自己喜欢的人是水月，但对遥感到自责。又一天，水月来到医院，茜谎称姐姐在睡觉回绝了水月，也不给水月解释的机会。紧接着，孝之也来探望遥，并和遥一起念起曾经一起念过的誓言咒语。

孝之想安慰水月，打电话给她却无从说起，只能一句“没关系的”一概而过。水月心事重重的样子，让公司的石田小姐也为她担心，于是带着水月借酒消愁，但终究不是办法，这让水月更加痛苦。看到姐姐和孝之在病房里念着誓言咒语的这番场景，让茜感到更加的悲伤。孝之回到家中，酒醉失意的水月督促孝之尽早搬家，但是孝之说等遥的事告一段落再商量；生气的水月跑了出去。次日，孝之在餐厅打工时遇到SKY TEMPLE本部人事部的伊藤善之先生。下班后向往常一样去医院，护士告诉他遥已经睡着了。孝之回到家中，水月早已在这等待。水月为昨晚的事道歉，并向孝之妥协……

自从与水月吵架之后，除了去医院期间，孝之总是一副闷闷不乐的样子。水月去医院看望了遥，看到一谈起孝之遥开心的样子，心中愈加不安，要求孝之“不要再去见遥了”。虽然自那天起后的两天，孝之没去医院探望遥，但孝之也没跟水月有更多的互动了，这使得他跟水月的关系更加僵化。周末加班的孝之在倒垃圾的时候，看到在雨中淋雨的茜，以为遥发生了什么事，于是连忙地赶去医院。孝之赶到遥的病房时看到遥并无大恙。孝之亲吻了遥，二人的关系似乎愈加亲密。

在这个风雨交加的夜晚，等待孝之归来的水月只能独自唱着悲伤的歌曲。孝之回到家也没怎理睬水月。次日，孝之在家中找出了那本应在三年前送给遥的《玛雅沃尔的礼物》。另一方面，水月正与石田小姐喝茶，中途私自来到那个曾经的山丘上，勾起了回忆。孝之。由于孝之工作态度端正，店长推荐他做正式员工，但是为情所困的孝之根本无心考虑工作。下班后，孝之想买一本新的《玛雅沃尔的礼物》送给遥，四处寻找无果。最后在顽皮同事大空寺的帮助下，孝之得到了《玛雅沃尔的礼物》。孝之来到了医院，茜看见孝之带来了那本姐姐最喜欢的书十分欣慰。而这时水月渐渐无法承受现状，内心迷茫的她找到慎二倾诉。病房里的遥对着窗户看着自己的样子，似乎意识到了什么！

在香月医生陪同下，孝之把《玛雅沃尔的礼物》交给了遥。遥察觉到时间不对，对大家的行为开始起疑。孝之离开医院后看到茜还未走。茜正发着高烧，孝之带她看医生然后送她回家。途中，茜说出了自己的想法，对于孝之的温柔，茜感到痛苦。孝之也说出自己喜欢的是水月，然而因为遥的关系无法面对真实的自己。另一方面，水月因为孝之的事，已经严重影响了工作。石田小姐告诉水月不应该逃避，应该主动寻找答案。当孝之再次来见遥时，遥一见面就问今天是几月几日。茜出于情绪波动，说出了所有真相。结果，遥承受不了刺激，昏倒了。此时，迷茫的水月在路上遇到两名流氓，被灌醉后正要被带去宾馆，碰巧路过的慎二将流氓赶跑。慎二把水月送宾馆，而意识模糊的水月竟在慎二身上寻求慰藉。

遥再次昏迷，水月与慎二发生了关系，似乎每个人都陷入了迷茫。水月认为自己与孝之的感情已经“坏掉了”。慎二想要弥补，但茫然的水月并不理睬他。孝之却因为遥的昏迷深深地自责，与茜的谈话中透露出他内心的痛苦挣扎，明明不想伤害别人，但是却让身边的人陷入痛苦。听到了孝之的心声，茜似乎成长了许多，道出那句经典的“太温柔也是一种残酷”。茜认为不应该再依靠孝之，应该用自己的力量去支持姐姐。孝之渐渐的从这份挣扎中找到了自己想要的感情……

孝之因为感冒以及过度劳累病倒在家中，水月得知后立即回家照顾孝之；而昏睡状态下的孝之竟喊着遥的名字，此刻水月下定决心再也不做遥的替代品。孝之醒来后，水月告诉了他自己与慎二事情，留下戒指离开了……原本孝之已经找到答案，但犹犹豫豫什么也说不出来，结果，因为水月突如其来的决定再次陷入迷茫。孝之回到餐厅打工，慎二找到了孝之，希望孝之多多关心水月，孝之显然心有余悸，对慎二说，既然喜欢水月，水月就拜托给他了。慎二愤怒地打了孝之，他告诉孝之，水月心中只有孝之，除了孝之谁都无法安慰水月。

遥醒来后，知道自己已经昏睡了三年，她希望孝之将这三年发生的事情慢慢讲给自己听，但有一件事遥想马上知道，那就是这三年孝之是否与人交往，孝之的回答是否定的。对此茜感到诧异，她去询问孝之，孝之默认了自己与水月已经分手。遥想见水月，水月来到医院，并将自己与孝之交往的事告诉了遥。水月说自己并不喜欢孝之，只是因为太痛苦，需要依托才与孝之交往。遥知道发生这些事并不能完全怪水月，但遥无法接受这个现实，生气地打了水月。孝之在上班的路上遇见了文绪，与文绪的谈话让孝之意识到自己原来一直在逃避。孝之来到医院，看见努力做康复运动的遥，改变了以前对遥的看法，真心的认为遥是一个坚强的人，但茜让孝之看见了病房中因不能走路而痛哭的遥！这时，孝之才发现自己的软弱，最后决定鼓起勇气将自己心中的想法说出来。

孝之带着遥来到海边，对遥说出了自己的心声。孝之承认自己喜欢的是水月，因为有水月一直才能陪着走到今天，可是自己完全没有感受到她的痛苦，直到她离开自己为止。“如果还来得及，我想为她疗伤，就算花上一辈子的时间。”遥则给孝之讲了《玛雅沃尔的礼物》的故事，以作为和孝之的道别。离开后的孝之四处寻找水月，但水月已经辞去工作不知去向。寻访无果的孝之来到那个山丘上，伤心地握着戒指。这时，水月不约而同地也来到这里。孝之冲上前去，拉住水月的手。“我没有你也无所谓。”“我不行，我希望你能留在我身边，不是代替遥，我爱的人是你。孝之告诉水月，他已经把自己的想法告诉了遥，以后不会再跟遥见面。水月不想回到从前。孝之说：“没必要回去，因为有你在我才能站得起来，因为你一直都陪在我身边，所以今后我也希望你能陪在我身边。虽然不知道今后能否顺利，不过我想和你在一起！”二人拥抱在一起，在雨中痛哭，决定重新开始。健康出院的遥也开始新的生活，并出了一本自己的童话话画本《真正的宝物》。