“夜会”，是对在魔术界的最高学府——英国瓦尔普吉斯皇家机巧学院，每四年举办一届，将决出“魔王”的归属的人偶使比赛“瓦尔普鲁基斯之黄昏”的通称。由于拥有“魔王”称号的人将拥有诸多特权，享受特别的待遇，所以也被称为“魔术界的顶点”。为了参加这次夜会，来自极东国度的赤羽雷真带着他的自动人偶夜夜远渡重洋，来到大英帝国的机巧都市利物浦。

夜会开始在即，去年就开始在学院发生的一系列自动人偶被夺走魔术回路后，残破不堪的残骸被随意抛弃的迷之事件却还在继续。不安的气氛在学员间蔓延，大家把事件真凶以“食人糖果”（カニバルキャンディ/ Cannibal Candy）代称，同时学校的风纪委员们也对此事展开调查。某天，风纪委员的主管菲利克斯·金斯福特突然向雷真提出交易，他因为看中雷真的实战能力，以及他是刚刚入学不可能是“食人糖果”这两点，希望雷真能协助解决自动人偶被毁事件，并以夜会的参加资格作为回礼。

把夜夜和西格蒙德留在学院里的雷真和夏洛特外出回来后，发行学院里一阵骚动——又有自动人偶被“食人糖果”破坏了。想到夜夜还留在学院里，雷真赶忙上前，发现不是夜夜后稍稍松了口气。而看到他们一起回来的菲利克斯，却因误会说了伤害夏洛特的话。独自回到宿舍后，雷真对自己把夜夜一人留在宿舍表示抱歉，并表明自己出去帮夜夜买双新鞋，以替换之前阻挡火车是损坏的，同时如果和夏洛特外出时“食人糖果”又有行动的话，也能证明夏洛特的清白。

“食人糖果”终于在夜夜和雷真面前现出了真身，而他正为了某种理由收集各种魔术回路，造成了这一系列事件。无视“魔活性不协调原理”，即一个人偶中不能同时使用两套魔术回路的原则，“食人糖果”使用着至今以来收集到的各种魔术回路一通猛攻，让夜夜和雷真陷入苦战。看着渐渐遍体鳞伤的雷真，因被嫁祸为“食人糖果”、西格蒙德也因之前的被偷袭而无法战斗而瘫软在一边的夏洛特喊道“不要再打了！”

一天雷真和夜夜回到了自己的宿舍，然而打开房门后眼前的景象令他们愕然——一个少女被五花大绑地吊在他们眼前。看来她是被自己的设下的陷阱给缠住了，这么想着的雷真心怀戒备地帮少女解开了束缚。接着少女给雷真呈上了一份便当，说是答谢帮自己脱身的回礼。雷真面对这可疑的便当一阵踌躇过后，不情愿地咬下了一口——然后马上吐了出来！原来便当里掺了大量的盐，让雷真差点被齁死。“你到底要干什么啊？”面对少女各种不明就里的胡闹，雷真问道。“我是来……暗杀你的。”说着，少女不见了踪影。

接到来自军部的授意，雷真利用小紫的魔术回路“八重霞”的隐身效果，和小紫以前潜入某个孤儿院展开调查。在某个房间中，一只犬型的自动人偶发现了他们。原来这个自称“黄泉”犬型的自动人偶是通过主动声波，而非被动接受来感知周遭的。当得知芙蕾正在被迫追杀雷真后，黄泉表示自己可以给雷真带路。在黄泉的带领下，雷真看到有许多跟芙蕾、洛基一样，有着珍珠色的头发、赤红色的眼眸的孩子在牢笼中进食。黄泉告诉雷真，洛基和芙蕾和他们一样，其实是百万人中才有一个的“誓约之子”

万众瞩目的“夜会”终于开始了，而夜夜由于没有伤到回路，雷真得以勉强赶上。然而站在雷真面前的，却不是芙蕾，而是自愿从原来的第7位降到第99位的“剑帝”洛基。在与洛基的战斗中，雷真突然感觉夜夜可能会挡不下洛基所使役的剑型人偶“智天使”的劈砍，突然自己挺身向前为夜夜挡下这一击。当然，雷真因此受了重伤，由于夜会有若致对手死亡，不管原因为何都会丧失资格，所以洛基并未追击，在雷真被用担架抬离后，也径自离开竞技场。

为了救出那些和拉比一样将面临被处理掉的命运的其他人偶们，雷真带上夜夜，再次前往那个黑暗的孤儿院。而孤儿院的门前，洛基和他的人偶智天使却挡住了他们的去路。但是，洛基却并没有阻挡他们，而是和雷真相互配合，逐个击破了先前包围了雷真的一众魔术师和人偶们。正当洛基和雷真相互配合，横扫战场，势如破竹时，洛基的养父布朗森带着他的黄金色剑型自动人偶“路西法”，出现在了洛基的面前。

在时钟塔100周年纪念典礼进行途中，夏洛特突然乘着巨大化的西格蒙德出现，并驱使西格蒙德对着时钟塔发射了Raster Cannon。随着巨大的轰鸣，时钟塔应声倒下，被这突发事件所冲击的学生们也陷入慌乱之中四散奔逃。在那之后，夏洛特就一直行踪不明。

因为某种缘由，夏洛特被逼迫要去取学院长爱德华·卢瑟福的性命。面对在时钟塔废墟处视察的学院长，夏洛特驱使西格蒙德对他发射了Raster Cannon。想要去阻止姐姐的安丽，和担心安丽安危而来的雷真被一起卷入西格蒙德的攻击的巨大威力中，一起掉入了时钟塔下巨大空洞中。

把安丽“绑架”出来后的雷真和夜夜带着安丽逃到了僻静处，而这时那个管家装扮的人偶也追了过来。这正中了雷真的下怀，考虑到夏洛特肯定是被威胁才会去暗杀学院长的，而安丽大概就是对方用于要挟的人质，如果无法掌握人质，那威胁自然也就无法成立了，这样一来对方自然会坐不住而来夺回人质。然而与那个自称“格兰维尔家的管家”的名为“真” 的人偶开战后，夜夜和雷真却被其高超的战斗力打得毫无还手之力。一脚踹开夜夜后，那个管家来到雷真面前，这时在一旁惊恐未定的安丽不顾一切的来到已经遍体鳞伤的雷真和管家之间。正当管家要踢下最后的致命一脚是，突然一把大剑向他袭来！

找到夏洛特后的雷真和夜夜打算无论如何都有阻止夏洛特，让她别再做什么暗杀学院长的傻事了，但这时真却突然出现，并催促夏洛特赶快行动，去了结学院长的性命。“我可是真正完全自律的‘神性机巧’啊！”对上雷真和夏洛特后的真说完便对他们发起猛攻。吃过真那强大实力的苦头的雷真觉得不能和他硬抗，便对夏洛特表示自己有一计不妨一试……