一诚如往常一样有了一个香艳的早晨。因部室所在的旧校舍打扫，大家集合在一诚家开会。期间木场发现一诚与青梅竹马幼时照片背景中出现圣剑而变得怪异起来。完成自己第一件契约的一诚接到召集讨伐迷失恶魔，过程中木场屡屡发呆。讨伐完成后回到家的一诚从部长那里了解了木场的过去，而独自离去的木场遇见被弗利德残杀的神父，而弗利德手里拿着的竟是一把圣剑。与此同时，已败坏的教堂来了两个神秘人。

原来木场曾是圣剑计划的参与者，计划失败后却遭到抹杀，死里逃生的木场凭借着对圣剑的仇恨在莉亚丝的帮助下转生为恶魔。另一方面，教会的人和恶魔进行了一次会面，洁诺微亚拜托莉亚丝不要对教会和堕天使之间的圣剑之争插手，离开时，洁诺微亚对曾是圣女而现在是恶魔的爱莎一阵冷嘲热讽，无法忍受爱莎受到侮辱的一诚决定和洁诺微亚以及儿时玩伴紫藤伊莉娜进行一次非正式战斗，这时，木场也赶来了。

双方的对战正式开始，洁诺微亚以七分之一的圣剑对战木场的魔剑，而另一边一诚多次以衣服崩坏对付伊莉娜却未能得逞，一诚最终败下阵来，离开前，洁诺微亚告诉木场等人是神之子监视者寇克博尔夺走圣剑。心有不甘的木场执意要参加这场争斗毁掉圣剑，不忍看伙伴单独背负仇恨的一诚决定找洁诺微亚二人帮忙，考虑到自己力量单薄不足以对抗寇克博尔，洁诺微亚便答应了一诚的请求。

达成协议后，一行人决定分头行动，一诚和木场等人在废弃工厂碰到了佛里德，战斗中圣剑计划的主谋巴鲁帕出现，在他指导下弗里德发掘圣剑潜力扭转战斗局面，这时，洁诺微亚二人赶来援救，佛里德暂时撤退。前去追赶佛里德的木场三人和一诚等人失去了联系，在找到了深受中伤的伊莉娜的同时，寇克博尔现身说要以驹王学园为中心引发一场神、堕天使和恶魔的战争，混战即将拉开大幕。

为了保护学园，朱乃擅自向莉亚丝的哥哥萨泽克斯请求援助，可援军还未到寇克博尔就已追到了学园，大家齐心协力消灭了刻尔柏洛斯。木场从巴鲁帕那里拿到曾在圣剑计划中牺牲伙伴的因子结晶，借助曾经伙伴的力量和一诚等人的鼓励，木场得到新的能力“圣剑创造”，并用禁手化创造出的双霸圣魔剑和洁诺微亚一起打伤佛里德，但还未等他动手寇克博尔就将巴鲁帕杀死，不耐烦的寇克博尔决定正式发动攻击。

接受了一诚所有魔力的莉亚丝虽爆发出强大力量，但仍不是寇克博尔的对手，而前去支援的朱乃则被寇克博尔说破是堕天使拜丘的女儿。不能忍受学姐们受侮辱的一诚要和寇克博尔死拼，这时寇克博尔又说出在上次的三方大战中四大魔王和神都死了，这个消息对所有人都造成巨大打击，正当大家无力反击时，白龙帝出现重创寇克博尔，小镇得以保全。而失去了神的洁诺微亚转生为恶魔，加入了超自然研究部。

一诚得知了与自己签订契约的人居然是堕天使的首领阿萨谢尔，他告诉一诚，恶魔、天使和堕天使的首脑会议将在这个小镇举行。另一方面，大家相约去打扫泳池，换上泳衣的女孩子们让一诚大饱眼福，期间，为了争夺一诚，莉亚丝、朱乃和洁诺微亚三人闹得不可开交，无辜的一诚变成了“女性公敌”，这时，魔王萨泽克斯来到学园，他在看望妹妹的同时也筹备着在学园举办首脑会议。

一诚偶遇白龙皇瓦力，二人针锋相对，这时超自然研究部的成员全部赶到，因为并非专门来打架，瓦力暂时离开。公开课就要开始，莉亚丝和苍那都为此而烦恼，一诚因在公开课上用纸粘土捏出莉亚丝的身体而备受关注，苍那姐姐四大魔王之一的塞拉芙露·利维坦的到来引起了骚动，这让苍那很那为情。莉亚丝的爸爸被一诚一家邀请做客，两家人其乐融融，此时，路西法告诉莉亚丝该解放另一个主教了。

莉亚丝解开另一个主教的封印，里面是一个有女装癖的可爱男孩子加斯帕·弗拉迪，他具有停止世界的邪眼，但因曾经受到伤害导致胆子很小且不能控制自己的力量，莉亚丝把加斯帕交给其他部员「训练」，然而受不了特训的加斯帕又躲了起来，一诚蹲守在门外用自己的温柔和坦承鼓励加斯帕。另一方面，朱乃开完会后引导一诚，在一座神社见到了米迦勒。

赶到神社的一诚见到了米迦勒，得到了屠龙剑阿斯卡隆。接见完米迦勒的一诚了解到朱乃因母亲的遭遇而怨恨自己的堕天使血统，一诚对其给予了鼓励。在朱乃诱惑一诚时，莉亚丝赶到并带走了一诚。晚上，加斯帕例行进行训练，而远方阿萨谢尔和白龙皇关注着。终于，三方会谈到了。

恶魔、堕天使和天使的三方首脑会谈正式开始了，在赤龙帝一诚和白龙皇瓦利简单发表意见后，加斯帕因被袭击而力量暴走，导致时间突然停止，这时，大批的魔术师和旧魔王的后裔卡特蕾雅出现，情况危急，谈判只能暂时中止，一诚和莉亚丝赶去加斯帕和小猫那里，在一诚的鼓励下加斯帕爆发强大力量打倒敌人，得到解救后，四人赶往战场前线。

看到拼命战斗的大伙儿，加斯帕释放力量破坏敌人的传送门，而另一边，阿萨谢尔也轻易将卡特蕾雅击毙，就在大家以为一切结束的时候，瓦利反攻阿萨谢尔，原来作为前任魔王后裔的他已和祸之国首领奥菲斯联手，瓦利激怒一诚，使他力量暴增，寻求更刺激的战斗，就在两人要展开最后决斗时，祸之国成员美猴赶来带走瓦利。战斗结束后，阿萨谢尔成为了超自然部的顾问，引导大家神器正确成长。