高一生黑神目泷获得高达百分之就是把的支持率，以压倒性的优势当选为学生会会长。首先先要解决的是意见箱，投稿上说，高三的不良学生把剑道场当做据点让人困扰，希望可以将他们驱逐出去，于是黑神用华丽的剑术征服了高三的不良学生。因为黑神并没有驱逐那群人，对此不满的日向去剑道部挑战高三生，原来这一切都是日向所为······

高二学姐有名在本次的大赛中被选为短跑的代表，作为高二生这是很少见的，所以她很高兴，但是三天前，他的钉鞋被人恶意剪坏了，还附有让她退出田径部的信，这让她很困扰，甚至晚上都不睡好觉。于是向黑神诉说自己的苦恼，根据有名交给她的东西，黑神从中分析出了线索，缩小了搜寻嫌疑人的范围······

以入社体验为名，参加各种社团的人吉被称为学生会的“社团乱入王”，而人吉为的也就是出名。鹿屋学长单独把人吉叫了出来，想要邀请他加入黑神袭击计划，人吉按照约定参加了放学后的作战会议，但他的目的却是为了告诉鹿屋，他想做的是能成为保护黑神的人。受柔道部部长锅岛所托，为了选出下任部长，黑神与人吉来到了柔道部······

柔道决胜负，阿久根赢的话代替人吉加入学生会，人吉则加入柔道部，而且人吉只要在阿久根拿到10分前取得1分就算赢。阿久根毫不留情的攻击转眼间就拿到了九分，就在人吉打算放弃时，黑神突然卖萌式的加油让人吉信息倍增，一招下潜式抱摔从阿久根那拿到了一分。在黑神的推荐下，城南当选为柔道部部长，而阿久根则被锅岛赶出了柔道部······

随着招新人的结束，各社团活动也陆续开展起来，有关社团预算的申请越来越多，学生会的工作压力也越来越大。能够用于增加社团预算的经费有限，如果给每个社团分一点的话无疑是杯水车薪，黑神想如果实在不行的话她可以自掏腰包，被人吉坚决驳回。为了缓解经费压力，决定举行社团对战水上运动会，获胜的第一名可以增加预算经费······

社团对战水上运动会进行的如火如荼，第二项比赛是水中两人三脚，在旁观战的喜界岛告诉了黑神，他们打算建一座满池都是钞票的游泳池，然后整天在那里游泳，这是他们三人的梦想。最后一项比赛是水中骑马战，黑神向游泳部三人发起了挑衅，喜界岛果断应战，两队迅速交锋，在比赛中，喜界岛说出了喜欢钱胜过一切的理由······

学生会执行部终于有一名会计加入，迄今为止堆积迟滞的预算相关工作也开始走上有条不紊的正轨。进入学生会办公室的人吉不小心看见了喜界岛换衣服，结果被追着要赔偿费，忍受不了暴力的人吉最终妥协。原来喜界岛就是新加入的会计，与人吉两人在办公室工作，气氛异常尴尬，想要缓解气氛的两人却适得其反，结果越来越紧张，这时，不知火闯了进来······

风纪委员会的鬼濑针音，监督学生仪容仪表，坚决杜绝衣帽不整的人进入校园。被堵在校门口的一群学生不以为然，指着身后学生会等人问他们这样的怎么办。为了改造学生会的人衣着，鬼濑前去学生会办公室，展开了说教，不想却被态度坚决的黑神拒绝，为了能让黑神改穿正规校服，于是打起了意见箱的注意······

箱庭学园里存在着一个享受一切特殊待遇的究极特招生班级，那就是十三班，年仅九岁的云仙委员长被招募进十三班，是学院有史以来的怪物少年，他所行使的正义，正可谓风纪委员会本身。针对和走不的大音量投诉接踵而至，黑神打算前去音乐部解决这一问题，因此与云仙有了面对面的接触，俩人的观点不同，展开了不同寻常的较量······

云仙派去执行任务的人全部失败，人吉对被黑神阻止的呼子前辈说，其实获救的是他们那方，除去黑神，学生会其余三人也都不是好惹的主。而呼子对云仙汇报情况时，确认为人吉的警告是夸大其辞而已，一心认为只要没有黑神的妨碍，任务本身应该已经完成。但是不可否认的一点是，黑神所作的这些，都是为了防止双方出现牺牲者······

黑神趁自己还尚存着一丝理智，好心的给了云仙一个忠告，她曾接受过一切格斗技的专业指导，但从没对云仙这样的对手用过，因为那是历经前人千锤百炼，精湛而崇高的技巧，决不能拿来交由冲动和怒火驾驭，但是此刻面对云仙，她将化作野兽，单纯地将冲动和怒火付诸到暴力当中。不识趣的云仙不屑于黑神的忠告，于是俩人展开了激烈的较量······

与风纪委员长云仙的战斗中勉强取胜的黑神，付出的代价也颇为惨烈，受到了前所未有的重伤，住进了医院，学生会开始了没有黑神在的第一天。没有黑神在的学生会平静地让人心慌，人吉检查意见箱寻找事干，发现了将棋部部长饼原的来信，拜托他们帮忙寻找丢失的棋子，他们找遍整个将棋部也没找到，而且阿久根发现，所有的将棋里面，都少了那枚棋子······