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在南国小岛上举行暗杀修行的3年E班的学生在取得与鹰冈的战斗的胜利后,举办了男女配对的试胆大会,并帮助伊莉娜老师追求乌间老师。暑假也要结束了,E班的学生一起和杀老师去了夏日祭典。
因为全国的鸡蛋供大于求无法出货,茅野提出了布丁暗杀计划、同时可兼顾解决大量鸡蛋被废弃的问题。E班的同学合力制作了超大补丁实施了计划。乌间老师对E班学生进行了山中跑酷暗杀版警察抓小偷的训练,学生们使用各种方法逃脱乌间老师和杀老师的抓捕。除此之外,新闻中出现的内衣小偷事件也令人担忧。
被学生怀疑是内衣小偷的杀老师为了证明自己的亲白,亲自去抓捕真正的小偷,并因此和堀部糸成展开了战斗。最终战败的堀部糸成被无情抛弃,并持续暴走。在3年E班同学的鼓励下,堀部糸成道出了自己的过去、解开了心结、磨去了触手、真正融入了班级。
堀部糸成利用自己的特长,想到了操纵遥控玩具车袭击杀老师要害的暗杀计划,并背着女生和班里的男生展开了神秘的计划。因为木村对自己的本命很是介意,E班的每个同学开始互起奇怪的称号。
E班的委员长矶贝悠马为了维持家人的生计,违反校规在餐厅打工,不幸被A班的五英杰发现。A班班长浅野学秀提出了在体育节和E班竞赛、如果E班取得胜利则守住秘密的条件,E班同学竭尽全力和理念截然不同的A班比拼。
在期中考试前的2周,对于自身暗杀技术过于自信的E班学生,不行弄伤了幼稚园年迈的园长。自此,学生们放下期中考试的准备,代替园长管理幼儿园,将幼儿园修缮得耳目一新、并取得了孩子们的喜爱。
伊莉娜老师的生日到了,E班的学生们买了花束,想尽办法让伊莉娜老师所喜欢的乌间老师送花作为礼物,不料却被伊莉娜老师识破。至此之后,伊莉娜再没有出现在学校,令E班的同学很是担忧。此时,自称“死神”的杀手出现,学生们前往解救伊莉娜老师。
对于自称“死神”的杀手,E班的同学毫无办法。此时,乌间老师和杀老师赶到。乌间和“死神”展开了一对一对决,解救了E班的同学。
到了临近毕业商讨今后出路的时候了,E班的同学大多有了打算,但潮田渚却始终不知道自己适合做什么。此时,渚的母亲却强迫潮田渚按照她的想法去走今后的路,在杀老师的帮助下,潮田渚反抗了母亲,让母亲意识到孩子的想法也是重要的。
学校的学园祭到了,为了比拼销售额,A班的同学拉拢了赞助商举办了豪华的活动,E班的同学则自给自足、利用地处山林的自然环境、靠新鲜的食材吸引了顾客。
期末考试要到了,因为理念和父亲不同,A班的班长浅野学秀放下面子请求E班的同学在期末考试中赢得胜利,E班的同学接受了这个请求。
E班和A班的期末考试对决终于到了最后的时刻,特别是难度超大的数学测试,最后一题尤为不易,是属于浅野学秀和赤羽业之间的对决。在互相和难题搏斗的过程中,赤羽业想到了曾经在E班的经历,顺利解答了问题。随着E班在期末考中的大胜,浅野学峰再次对E班进行了刁难。
期末考试后,浅野学峰以解雇胁迫杀老师参与不公正的比试,杀老师成功赢得了胜利、证明了自己的教育理念。三年E班决定在话剧发表会上演出《桃太郎》。
戏剧发表会,仓库收拾的渚和枫,杀老师也作为帮手参加.谈起迄今为止暗杀计划的回忆。杀老师第一次出现在教室里的时候,卡玛休学后回来的时候,营登场的时候,学院主导的布丁炸杀计划。就在这期间,枫树的样子发生了变化.?
受到突然改变的枫树攻击的杀老师,以自己的要害为契机,将阻止失控的她的方法托付给学生们。渚在那里采取的行动是当全班同学再次到来的时候,杀老师开始讲述自己的过去。学生们终于知道“杀老师”是什么人。“你会知道的”
超生物开始谈论。隐藏着人类的记忆.曾经被称为死神的杀手,在制作反物质的柳泽的人体实验对象中,与雪村雅加深了心灵的交流。但是,作为实验体的死神的体内能量超过了极限,明年连同地球一起爆炸的事被判明.柳泽命令他处分。
我得杀了这位老师吗?突如其来的新的难题正因为有强烈的羁绊,为了不杀掉自己心中最重要的感情,以主张相反的渚和业为开端,班级发生了分裂的危机!杀老师向他们提出“像是暗杀教室”的仲裁案?
正因为各自都有认真地想着杀老师的心情,所以意见分歧的暗杀生存者对决,终于成为“不杀人”的渚和“杀人派”的一骑击!?虽是朋友,但彼此之间却处处是外人礼仪的两人认真地互相撞击!?结果呢
E组捕获了在宇宙空间中秘密进行拯救杀老师的研究这一信息。作为班级的代表渚和业为了偷取实验数据潜入预定发射的无人火箭!我想救杀老师!“怀抱这份思念,超越季节的自由研究,开始!
终于考试季节到来了!渚在杀老师的热烈应援下来到会场!情人节的季节。很难把巧克力交给渚的枫叶,卡尔玛和中村呢.?。其他的同学们也在迎接各自的情人节.乌间和伊莉娜也开始行动了!?
决定全体人员的前进方向,努力制作E班毕业相册的杀老师.但是终于政府发动了最终暗杀计划.杀老师作为破坏地球的危险生物被报道,E组被置于监视之下。我想见杀老师!学生们开始下定决心!
离杀老师暗杀期限还有三个小时激光的照射时间也时刻在逼近。学生们钻过政府的警备,在旧校舍里与杀老师重逢。寒蝉定生日后一年后的晚上,一刹那就谈起话来。但是,在那里出现了与柳泽完全不同的第二代死神!
杀老师VS第二代死神!拥有超过杀老师的能力的第二代死神,由自己改造的柳泽来帮忙,进入最后的战斗中!?面对一边保护着学生们一边战斗的杀老师,两人充满着毫不留情的攻击的憎恶。在绝对的绝境中,意外的人物发起攻击.!
充满一年回忆的旧校舍,只有杀老师,乌间,伊莉娜,还有3年E班的学生们。暗杀期限一刻地迫近,剩下的时间只剩下一点了。对E班的学生们给出的答案,满身创伤的杀老师满足地点了点头。
再见杀老师再见,丘中学.像杀老师一样度过的宝物般的一年。E班的学生们踏上了“暗杀教室”的旅程,踏出了坚实的一步。然后时光流逝.
讲述了一个将月球炸掉7成、并扬言一年后将要毁灭地球的不明生物杀老师,担任全校最不被看好的班级3年E班的导师,与学生之间发生的故事。杀老师虽然是个有马赫级神速移动能力、以及奇怪触手的生物,却为学生竭尽心力、赴汤蹈火。使得本来弥漫诡异氛围的课堂,却成为3年E班终生难忘的回忆。而3年E班的同学们与杀老师以羁绊和真挚互动所守护的约定,也陪伴着他们到了7年后的未来。