鲁路修被卷入新宿事件，遇到了久别7年的朱雀，朱雀现在是作为名誉布里塔尼亚人的一等兵。随后库洛维斯所谓的“毒气罐”被打开，里面竟是一个绿头发的少女，朱雀因为拒绝向鲁路修开枪而遭遇射击，而鲁路修从少女那里得到了Geass——对对方下达命令对方必须遵守命令的能力。

鲁路修用Geass夺走骑士侯维莱塔的knighmare指挥扇、卡莲他们战斗，追击部队节节败退，这时候被罗伊德所救的朱雀驾驶最新向导兵器lancelot出阵一下击溃了抵抗分子们。鲁路修抓住空隙杀死了库洛维斯并得到了柯内利娅知道母亲死亡真相的情报。

卡莲出现在学校，鲁路修因为使用Geass失败而遭到华莲怀疑，而鲁鲁在浴室（……）里用录音电话消除了怀疑，并通过实验了解了Geass对同一个人只能用一次。同时朱雀因被指控是杀害库洛维斯的凶手而被捕。

通过卡莲，鲁路修带着假面与抵抗分子几人见面，自称zero，然后带领他们用计救出朱雀。但朱雀说出了自己想要和平，想从内部改变布里塔尼亚帝国的想法，如果他不回去那些人就会以此为借口欺压Eleven和名誉布里塔尼亚人，于是朱雀毫不犹豫地回到了法庭。

鲁路修回家后竟看到了当时的绿头发少女，自称C.C，鲁路修告诉C.C自己要为了失明的妹妹娜娜莉用Geass的能力毁掉现在的世界创造新世界。另一方面朱雀因证据不足被释放，遇到了粉色头发的少女，与她说了自己企望和平世界的想法，后来知道她竟然是布里塔尼亚第3皇女尤菲米娅。

朱雀也成为了学园的学生但大家因为他是名誉布里塔尼亚人而用异样的眼神看他。鲁路修的zero假面被猫戴走猫在校园里乱窜，最后猫将假面掉下，被朱雀抓住，鲁路修向大家表明朱雀是自己的朋友并让朱雀加入学生会。

柯内利娅和尤菲米娅两位皇女是因为原总督库洛维斯皇子的死而新任的AREA11总督及副总督。柯内利娅为抓zero而设计了和新宿一样的场面，鲁路修被引出然后完败，被C.C救出，并下决心要创造可以与布里塔尼亚抗衡的强大组织。

一些布里塔尼亚人被日本解放战线的人作为人质要求与柯内利娅谈判，米蕾、夏利、尼娜三个学生会成员和尤菲米娅也在其中，尤菲为了保护尼娜挺身而出。朱雀驾驶lancelot搭救无效。后来所有人被zero救出，zero向世界宣布黑色骑士团的成立以及黑色骑士团的宗旨——正义的使者，站在弱小者的一边（其实是意识形态）。

这集介绍了卡莲的家庭——妈妈是日本人当了布里塔尼亚人的小妾生下的她，哥哥是前任抵抗分子的首领已牺牲。黑色骑士团在攻击REFRAIN（毒品）制造厂时卡莲发现自己的妈妈也在此吸毒，但也因此了解了妈妈多年忍气吞声是为了自己成为布里塔尼亚人不被欺负。

Zero率领黑色骑士团在成田连山进行着没有退路的一战，准备就此打垮柯内利娅。卡莲驾驶最新的机型红莲二式英勇作战。

在副总督尤菲的同意下lancelot出战，解救了红莲二式面前的柯内利娅，zero被逼到绝路，这时候C.C出现用能力让朱雀想起了关于父亲的痛苦往事，lancelot暴走，鲁路修因为触碰到C.C而进入到她的内心，知道了她的真实名字，并在山洞里叫了出来。

喜欢鲁路修的女孩夏利约他一起去听音乐会。白天zero率黑色骑士团与京都交涉成功、确立了合作关系。而夏利白天去成田认尸，原来夏利的爸爸在成田一战中牺牲了。晚上见面时夏利和鲁路修在雨中亲吻。

鲁路修参加完夏利爸爸的葬礼回来，心中动摇，但已经走上了修罗之路便没有退路。维莱塔因被Geass影响过而产生了怀疑，告诉夏利鲁路修可能和黑色骑士团有关系，两人跟踪鲁路修。Zero在晚上的作战中与lancelot冲突而受伤，lancelot又被红莲二式缠住，夏利拣了一把枪对着自己面前晕倒的zero想为爸爸报仇，这时候zero的假面掉了下来露出鲁路修熟悉的面容。

黑色骑士团撤退，鲁路修醒来后发现枪不见了地上有一滩血迹。夏利回家含泪下下信函后赶往成田，鲁路修因那晚在knighmare上有看到夏利怀疑之下也去往成田，而此时夏利已遇到了拥有可以听见人心中所想事物的Geass的毛。在成田，鲁路修面对用枪口指着自己的夏利不知所措，原来夏利昨晚为了保护鲁路修对也看到了zero真面目的维莱塔开了枪，在毛的诱导下准备和鲁路修一起赎罪。夏利一枪把鲁路修打倒，许多两人的照片从鲁路修的衣服里飞了出来。毛被C.C用火车带走，夏利倒在鲁路修的怀里，鲁路修对夏利使用Geass让她忘记了关于自己的所有记忆。

鲁路修回到学园，夏利已经不认识他了。毛打电话来找C.C.出去，C.C为了鲁路修的身份不被暴露而赴约，身处险境，鲁路修用巧计利用xx抓住了毛。原来C.C11年前与毛订下同样的契约，Geass的能力让他远离了人群，为此C.C被悲伤的情绪笼罩。在这集的剧情还有日本解放战线的藤堂被抓、扇救了受枪伤晕倒的维莱塔，她已失忆。

娜哪莉被毛绑架作为和鲁路修的游戏，鲁路修和朱雀在循环系统下层找到了娜娜莉，但她的头顶被安了摇摆炸弹，鲁路修告诉了朱雀哪根是应该剪断的线然后对自己使用Grass使自己忘记已经告诉了的事，只身去找毛挑战。坚信人心里想的一定是真实的的毛输了，被朱雀抓住。但毛探测到了朱雀的心理，原来朱雀为了使日本放弃抵抗战略减少伤亡而杀死了自己的父亲枢木玄武，朱雀颤抖着松了手。毛逃出去，C.C在门口结果了毛。

鲁路修希望有个骑士来一直保护娜娜莉，他选定了朱雀。傍晚黑色骑士团众去解救藤堂，又一次遭到lancelot的阻击，在四圣剑的攻击下lancelot的驾驶仓被破坏，朱雀的面容露出，原来一直以来的白色机甲就是朱雀，鲁路修苦笑。这时尤菲向媒体宣称自己的骑士确定为朱雀。

朱雀正式在典礼上被命为骑士，Zero定下作战要俘虏朱雀和lancelot。Lancelot被引到力场里无法动弹，zero上前与朱雀交涉。此时朱雀接到了这样的命令：将往他们所在地发射导弹，朱雀负责拖住zero。尤菲无法撤消命令，独身前往，希望能因为自己被牵连而撤消导弹。与此同时华莲奋力冲了过去，zero终于向朱雀下达了Geass命令。整个场地被导弹摧毁了。

Zero、尤菲、朱雀、卡莲四人漂流到了神根岛之上。当zero用枪指着尤菲时尤菲温柔地叫出了鲁路修的名字，两人寻找食物、看星星，感叹再也不能回到以前的生活。当华莲洗澡的时候（又是…）朱雀出现，两人搏斗之后也寻找食物、考鱼吃，互相争论人生观……随后两对人与搜寻部队分别相遇，zero和华莲夺取了两架knighmare逃走，原来是会飞还有大炮的新机型gawain。

夏利看到了自己曾经写过的信知道了zero就是鲁路修，对自己关于鲁路修的记忆产生怀疑。尼娜见到了一直倾慕的尤菲米娅。Lancelot加上了飞行功能，但在与联邦的战斗中能源用尽，此时朱雀接到尤菲的表白。Zero提供了新的能源，两人在九州第一次联手，大败联邦。

阿什福特学园祭召开，有很多有趣的活动，还要制作世界第一的比萨，大家都很开心。尤菲碰上了娜娜莉。为了回到以前的生活，尤菲大胆地在学园祭上宣布神圣布里塔尼亚帝国承认“日本人”，即将建立布里塔尼亚人和日本人平等的特区。

虽然很多的人反对，但皇女已宣布的事情不好收回，日本行政特区的成立典礼召开。会场上zero出现要求与尤菲单独交谈，鲁路修被尤菲的善良与牺牲感动，同意合作成立日本特区，并开玩笑地说“我要是下命令的话谁也不能反抗哦，比如现在我说杀光日本人的话…”而偏偏Geass却在此时失控了，玩笑变成了Geass指令，尤菲冲出去下令缴杀日本人，会场被鲜血染红了，鲁路修含泪下令诛杀尤菲。

尤菲被zero射杀，亲眼目睹了这一幕的朱雀疯狂抢回尤菲送往飞船治疗。Zero与联邦结盟，下决心最大程度利用尤菲的死，告诉日本人建立特区完全是尤菲米娅的陷阱，并在会场里宣布新日本的成立。同时尤菲在朱雀面前安静地死去，这时神秘的男孩V.V出现告诉朱雀Geass的真相。战争全面爆发，鲁路修接到朱雀说自己已被仇恨支配的电话。

操作人员受Geass影响解体了应对地震的构造，战事火热，zero将阿什福特学园作为司令部，想用黑色骑士团的力量保护娜娜莉，卡莲摘下面罩面对学生会的大家。维莱塔的记忆恢复，打伤扇要逃了出来。朱雀驾驶lancelot想要向zero复仇却又一次被骗到了力场里不能动弹。娜娜莉叫学生会成员去救朱雀，只剩自己一个人房内而被V.V带走了。将军达尔顿因Geass而袭击柯内利娅，柯内利娅受伤。

向柯内利娅提问，却还是没有问出母亲被杀的真相，反而得知那天是母亲自己减少了守卫人员。C.C忽然说感觉娜娜莉被抓去神根岛了，两人准备赶往时遭到复活的杰雷米亚的阻挠，zero把指挥权全权交给了藤堂。罗伊德出阵拯救了lancelot，朱雀驾驶它追往神根岛，华莲驾红莲二式尾随。这边妮娜为了给尤菲报仇做了危险的武器升到地面，那边C.C让鲁路修去救娜哪莉，自己独自对付杰雷米亚，并给了鲁路修最后一吻。山洞中朱雀用枪打掉了zero的面具，朱雀和卡莲绝望，黑暗中一声枪响，震动了娜娜莉弱小的身躯。