告别中二病的过去，勇太准备以新姿态迎接高中新生活。然而，就在开学前夜，他遇上了落在自家阳台上的一名神秘少女。原来，这名叫做小鸟游六花的少女就是新班级的同学，刚刚搬到勇太家楼上。没想到六花竟然是现役中二病患者，她意外地得知了勇太以往的中二病身份，并主动接近勇太。虽然勇太略为抗拒与她来往，但眼见少女冒失又不能不管，带她到保健室，护送不认路的她回家，帮她搬运行李......看来真正脱离中二病的路还远呢。

勇太的高中生活已经开始了一段时间，虽然他还在小心翼翼以免暴露自己的中二病过去，身边也有六花这样的现役中二病，但他还是顺利地融入到新班级。在一色诚的推荐下还成为了班长，与森夏一起打理班级的大小事务。某一个晚上，六花见到了一只猫，碍于姐姐十花的过敏症而无法在家中收养。听闻二年级有人在寻猫，六花在勇太的陪同下来到了二年级的教室，找到了茴香学姐。结果此猫非彼猫，于是围绕养猫的问题，六花的姐姐发生了争端，结果猫最终还是被勇太家收养了。

高一的新生们出席了社团介绍的说明会后，纷纷开始选择适合自己的社团。就在这时，六花也打算在校园内设立自己的社团，并且打算邀勇太入团当部长。虽然勇太马上拒绝，但后来还是半推半就地与六花开展了招募工作。在招募过程中，他们与茴香的午睡部合并。为了填补人员不足的问题，六花“召唤”了后辈，自称是魔王真眼仆从的凸守早苗来助阵参与。在七濑老师的安排下，同好会“极东魔术午睡结社”终于成立了。

六花秘密发起的同好会“极东魔术午睡结社”随着森夏的加入而改名“极东魔术午睡结社之夏”。对于这个全班第一美少女的加入，勇太不由得各种遐想。某个周日，森夏以“有事相谈”的借口到了勇太家做客。结果，在勇太家里，森夏暴露了自己中二病的过去，她加入这个同好会的目的原来是为了销毁自己在中二病时期胡乱制作的“黑暗圣典”的复印本，而复印本的持有者就是现役中二病的凸守早苗。森夏与早苗围绕圣典的争斗就这样开始了。

“极东魔术午睡结社之夏”这个不知道干什么的同好会迎来了解散危机，原因是发起人六花数学考试的成绩过于恶劣，激怒了数学老师，如果下次考试成绩提不上去，同好会必须解散。为了挽救危机，六花打算以帮忙打理学校杂物的形式抵消解散的危机，却反而使事态恶化。要挽救这次危机，还是要老老实实地的学习。于是，勇太再次出手相助，辅导六花学习。结果，勇太连哄再骗地经过数日的奋斗，终于帮助六花度过危机。

初夏的某天，一色诚收到了有生以来的第一封情书，因为是匿名的关系，所以一色诚找到了勇太商量对策，却意外地发现了森夏的真面目。在森夏的建议下，一色诚决定迅速赶回家做各种“模拟训练”，却在回家途中不小心遗漏了写有班上可爱女生选拔赛情报的笔记本。结果该笔记本被同班的女生捡到了，并引发了一场男生的问责事件。于是一色诚只好挺身而出承认自己的一切行为，并且以剃光头的方式请罪。然后，在银杏树下，女生并没有出现。

勇太、一色、森夏、茴香和凸守在六花的邀请下来到了小鸟游的老家。本应是享受阳光和海滩的充实校园暑假生活，勇太却从六花与其家人之间的微妙的气氛当中，察觉了此行有些不寻常。原来六花的父亲在三年前去世，而此行的真正目的是让六花前往祭拜父亲。可是，六花并不愿意接受父亲去世的事实，并且一直逃避着。知道了事情真相的勇太，决定陪伴在六花身边，在夏日的晚上，与少女一起前往需找“不可视境界线”。

无法接受眼前现实的六花打算逃离了老家乘坐列车回去。勇太拼命追寻后，终于赶上了六花的列车。两人回到家后发现六花忘记带钥匙，结果六花只好在勇太家借宿。此时，勇太的妈妈和妹妹正好各自有事不在家中。在六花的要求下勇太把她逮到了附近的便利店，以解决晚餐的问题。在这里，六花第一次尝到了吃便利店便当的滋味，此时原本的忧郁情绪早已烟消云散。夏日的长夜，只有二人的世界，勇太和六花各自的心境再一次出现变化。

转眼第二学期也过半，大家都在为学园祭忙碌着，“极东魔术午睡结社之夏”在森夏的主张下，决定以游击战形式参加学园祭。自那个夏天的晚上，勇太与六花一直保持着尴尬的气氛，至今还是一次都没有好好谈上话。察觉了变化的森夏决定在背后推他们一把，在准备学园祭的同时，也为勇太与六花制造了各种独处的机会。虽然六花不得要领，好几次攻势都不显效，最后甚至差点弄出意外。不过幸好这场意外把两人的关系进一步推进。

学园祭前夕的兴奋传遍了整个学校，而在校舍不明显的一个角落里，勇太和六花察觉了自己的感情。在回家途中，两人互相告白并缔结了恋人的契约。勇太带着喜悦的心情回到家中，发现十花正在等候自己。原来，十花即将出国发展，因此十花向勇太发出请求，让他说服六花与妈妈和好。到了学园祭当日，六花的妈妈带着便当盒来到了活动室并把便当盒转交给勇太，勇太决定打破六花的妄想，让她接受现实。

六花摘掉眼罩已经过了三周时间，十花也整理好行李出发到国外。六花正努力地接受现实，而勇太则在六花身边守候着。唯独凸守依然无法接受主人从中二病毕业的事实，不断尝试唤回以前那个六花，可惜她的行动只是徒劳。六花开始整理一切与中二病相关的东西，并打算与母亲到父亲的坟前扫墓。就在六花出发去扫墓的那个清晨，在车站的月台上，凸守出现并打算阻止，勇太只好忍痛出面阻止凸守最后的暴走。

六花重回老家已经有数天，凸守也恢复到本来的大小姐打扮。但当勇太发现原来六花并没有打算回来的时候，已经太迟了。在他犹豫是否就这样结束的时候，他收到了自己在中二病时寄给自己的信，亦使他重新获得了勇气。他向一色接了自行车，打算夜里赶往迎接六花。途中，勇太遇到了茴香，并得知了“邪王真眼”的真相，焦躁感悠然而生。勇太终于承认了自己真正想做的事情——带领六花寻找“不可视境界线”，帮助她向逝去的父亲道别。

勇太帮助六花向她逝去的父亲告别后，六花又重新戴上了眼罩和美瞳，变回了中二病患者，不过这次中二成为了生活方式，不再是对父亲有眷恋之情了。凸守也变回了中二病。转眼就是圣诞节。六花却告诉丹生谷她和勇太明明告白，生活却没有变化。丹生谷提议六花主动出击。一色提出要和六花，凸守等社团众人开一次圣诞派对。可惜24号学校就不准进入，把活动室作为场地的计划泡汤。众人议论后决定在凸守家开派对。然而到达之后才发现凸守家非常大，凸守的妈妈也是美人。一色不禁感叹凸守是“人生赢家”。凸守穿上了豪华的连衣裙，众人也换上了自己喜好的装扮。不料六花居然被丹生谷“哄骗”，穿上了体育服。