亚连一行在收集完圣洁后第一次踏进了新的驱魔师本部，在此之前诺亚一族和千年伯爵制造了“方舟”和“恶魔之卵”袭击教团本部，在某段时期内进入全面对决，虽然诺亚一族的阴谋被粉碎，但驱魔师一方也遭受了重创，同伴的伤亡不计其数，黑色教团本部也被完全毁掉。来到本部后亚连就被带去见他的师父库洛斯元帅，从师父那里亚连了解到了第14号。

库洛斯元帅被刺杀一事与中央厅脱不了干系，拥有“第14号”记忆的亚连受到了中央厅的判决，他将继续为教团效力，但如果今后有威胁教团的举动便被视为敌人。亚连等人的下个任务是寻找圣洁，此时为祸一方的怪盗G引起了他们的注意，调查发现怪盗G是孤儿院里的一个孩子，名叫提莫西的孩子有着特殊的能力。

在艾米莉亚遇到危险时，提莫西发动了圣洁真正的力量，名为凭神的圣洁可以附身于恶魔，并将其圣洁化成对抗恶魔的武器，恶魔原本拥有的力量和技能都会被占据，但第一次发动凭神的提莫西仅能附身LV2的恶魔，面对LV3的恶魔他很快便败下阵来，在危急时刻稍稍恢复过来的林克挡住了LV3的攻击。

之前红衣人消灭恶魔的事情让亚连非常在意，那并不是圣洁的力量，相比之下那更像是恶魔吞噬同类的现象，亚连非常担心成为恶魔材料的灵魂。被称为第三驱魔师的红衣人是由人体生成的半恶魔化人，他们是北美支部用恶魔之卵碎片创造出来的新战力，而千年伯爵一方也开始有了动作，随着第五使徒的苏醒，一场大战在所难免。

展现在科学班面前的是人造使徒，被称为第二驱魔师的阿尔玛=卡尔玛，拥有超级再生能力的第二驱魔师刚好可以承受卵核的能量，早已昏迷不醒的阿尔玛=卡尔玛被当做制造第三驱魔师的母胎。千年伯爵带着其他的诺亚闯入了总部，他们的目的是让亚连退出驱魔师，并且让阿尔玛觉醒。

阿鲁玛和神田优的记忆有共享的阶段，瓦伊兹利将两人的思想连接在了一起，从而设法唤醒阿鲁玛，而罗德和亚连也被牵扯了进去。作为人造使徒被唤醒的有阿鲁玛和神田优，整天喜欢傻笑的阿鲁玛和阴沉的神田渐渐成为了朋友，听到神田优要被处理后阿鲁玛不惜犯险与圣洁融合，与此同时他还看到了第二驱魔师残酷的真相。

阿鲁玛在得到圣洁的时候看到了人造使徒的本体，也就是他们原本的身体。在非适合者身上进行的人体实验无法取得成果之后，教团开始人为制造出适合者，并着手保护其有限的数量，把无法战斗的适格者的大脑转植到新的容器中，测试他和适格者的圣洁能否同步，这就是第二驱魔师的真相。回想起自己以前记忆的阿鲁玛开始暴走，他的内心只剩下了仇恨。

第三驱魔师身体里的卵核是由千年伯爵的灵魂制成，再加上阿鲁玛的暴走让第三驱魔师全体失控，为了救回第三驱魔师亚连打算安抚阿鲁玛的愤怒。不愿面对阿鲁玛的神田放弃了思考，他现在只有破坏阿鲁玛的念头，阻止神田的亚连遍体鳞伤，被圣洁伤到的亚连发生了异变，他体内的“第14号”觉醒了，而这才是千年伯爵真正的目的。

亚连在潜意识中见到了“第14号”涅亚，随后清醒过来。覆盖支部的闭之结界被破坏，战况更加不利。亚连通过左眼，得知了阿鲁玛体内的灵魂就是神田的所爱之人，为了永远埋葬自己的身份，阿鲁玛选择自爆。爆炸过后，两人都身受重伤，阿鲁玛的灵魂被吞噬，神田的拥抱让两人终于心意相通。

打算解救多克萨的亚连被林克压制，无论他怎么解释都没有人相信他，千年伯爵带走了第三驱魔师，而教团已经没有了亚连的容身之地。神田等人的失踪，亚连被捕入狱，这一切让李娜丽等人茶饭不思，而林克忘不掉的是亚连对自己的责备。正和林克交谈的亚连突然发生异变，牢房门口站着的是神秘的枢机主教。

看到枢机主教的异样举动林克就立即打算制止，但他还没来得及出手就被枢机主教压制，以为林克有生命危险的亚连情急中用神之道化贯穿了枢机主教的脑袋。枢机主教并没有被杀死，他开始侵蚀亚连的精神，而亚连也在此时看到了自己师傅死亡的真正原因，危急时刻缇奇和罗德突然出现，而所谓的枢机主教其实是保护“心”的自律型圣洁。

被自律型圣洁Apocryphos逼上绝路的亚连跟着缇奇和罗德逃出了监狱，驱魔师总部陷入一片混乱，而林克也身受重伤生死不明。Apocryphos还没有放弃追击亚连，驱魔师本部又发出抓捕亚连的指令，前去追击的驱魔师们被倒戈的第三驱魔师阻拦，就如缇奇所言，亚连的尴尬立场让周围的人都陷入了混乱和纷争。

巴巴在整理房间的时候发现了亚连的小丑服，玛莎回想起了亚连当初被库洛斯元帅刚带来时的情景，而现在亚连又拖着疲惫的身心站在了门外。亚连消失的这段时间里，有些驱魔师同伴依旧选择相信他，但有些人却产生了敌对意识，在李娜丽等人不知道该如何抉择时神田出现了，本来已经获得自由的神田为何要回到驱魔师总部？