“我们还有该做的事情”高杉晋作和桂小五郎替吉田松阴扫完了墓。为了将操纵时间的密宝-时辰仪弄乱的时间流回归原本正确的时间流，他们回到了京都。此时大地发出巨响天空裂开，从“时空裂缝”中出现理应毁坏的时辰仪。拥有了“意志”的时辰仪，开始陷入失控状态！然后身为命中注定的宿敌阻挡在他们面前的，是在上次的战斗中，失去了副长土方岁三的新选组！！而从局长近藤勇口中得知，竟然出现了新的“无限斋”。