“最近在京都接连收到目睹‘鬼火’的情报”高杉和桂寻找着消失的时辰仪，他们从同样在追踪时辰仪下落的德川庆喜那边，接下找出传言真相的委托。另一方面，重新统治巨城须佐之男，身边带着左右手神秘少年森兰丸的”第二代无限斋”，也让部下新选组去寻找时辰仪和鬼火的关系。为何新选组就算再次易主，也要为第二代无限斋效劳呢……在接二连三的混乱当中，空中再次出现时空裂缝！！一片火红熊熊燃烧的物体，它的真面目是——！？