在一次实验中，NERV本部的电力供应忽然中断，仅有的后备电力被用于维持MAGI系统。正当 NERV处于一片混乱时，第九使徒由海岸登陆。第三新东京市内的真嗣、丽与明日香，听到警报后，努力寻找可到NERV的通道。同时，元渡他们用自己的手为EVA的发进作好了准备。三机发射后，联合作战成功地击毁使徒。这次剧本所主要描写的，是受到来自人类阴谋破坏而陷入危机的NERV，与第七话有一定相呼应之处。导入部分从NERV职员们的日常生活开始，强调了作品的生活氛围。之后，对于日常（可使用电器的状态）与非日常（不能使用电器的状态）的描写，暗示人类社会是建立在脆弱的基础之上。副标题的意思是第三新东京市停止之日。这个标题是从科幻电影《地球停止之日》置换而来。