NERV本部在进行模拟体测试实验时，蛋白壁上发现异常，经MAGI判明为细菌规格的第十一使徒。该使徒能够急速分裂、增殖、进化，控制模拟体后开始侵蚀MAGI系统，并提速NERV自爆。对此，律子进入MAGI尚未被侵蚀的CASPER3，依靠她母亲的残存记忆为使徒写入了进化（自灭，因为进化的终点是死亡）促进程序，之后使徒歼灭。这一剧本中理论的篇幅较大。真嗣与美里这类易被感情支配的角色出场比较少，但平日里冷静的律子这次却有大发挥。剧中源度有一句台词是“进化的终点就是死亡”，曾任人工进化所所长的他的这句话，究竟有何含义呢。副标题中的LILLIPUTIAN指的就是《格列佛游记》里的小人国人。真不知道体型巨大的EVA如何去应付这种细菌规格的使徒。