柯南一行人在太平洋小岛“神海岛”上度假。神海岛有着被称为“海底宫殿”的古代遗迹，传说中沉睡着300年前真实存在的两个女海盗安娜·邦妮和玛丽·里德留下的财宝，因此吸引了很多宝物猎人。这时，在海底宫殿附近潜水的小兰等人面前，猎人之一被鲨鱼袭击身亡。但柯南推理这不是意外。在海底沉睡的传说，悄然开始行动的阴谋。