小五郎接到了侦探委托。委托人将ID交给了少年侦探团和小兰，他们兴高采烈地去乘坐超人气过山车·超级大蛇。可是，那个ID设置了炸弹。如果不能解决委托，就打开开关令其爆炸。时限为截至闭园的12个小时。不断提供提示的神秘男子，将柯南称为“工藤新一”。同样和叶也被当作人质。在与服部平次会合的同时，柯南全力向真相逼近。那里有令人意外的人物关系。曾经在怪盗基德于美术馆夺走宝石的那天，发生了某件事。柯南发现案件背后隐藏的阴谋的影子。可是，时间的流逝毫不留情。