在太平洋航行的阿佛洛狄忒号。柯南小兰、小五郎，还有少年侦探团和阿笠、园子等一行人，参加了它的处女航。靠八代财团的威信建造的那艘船上，邀请了许多政界和演艺界的名人。在船上，有个可疑人影在行动。最终，发生了杀人案。在其背后，15年前，于北大西洋沉没的货轮——第一八代号的事故和八代集团的设计师因心脏病引起的交通事故有所关联。在海上，柯南等人被卷入一场无处可逃的阴谋之中。