一天，小智在前往宝可梦学校的途中与阿罗拉的守护神——卡璞・鸣鸣再会。小智立刻向卡璞・鸣鸣提出挑战。在战斗中皮卡丘和卡璞・鸣鸣的电击激烈碰撞的那个瞬间，醒来后的小智和皮卡丘在一个陌生的地方…。在那里，他们遇见的是一个青年，和那个青年在一起的宝可梦捷拉奥拉！