以某件事为契机，小智和皮卡丘被放飞到了一个陌生的地方。那个地方没有人影，街道也荒废了…。小智和皮卡丘得知其原因是被某位强大的宝可梦破坏了，小智决心与迪亚共同战斗！小智与孤独作战的迪亚能拯救吗！？