战斗暴龙兽的进化，唤醒了黑大耳兽曾经的在古代被封存的记忆。曾经黑大耳兽率领的光之军，在古代战争中受到来势汹汹的千年兽的威胁，千年兽被称为是率领暗之军的最终兵器，是邪恶而强大的数码宝贝。千年兽虽然被神兽型数码宝贝和究极体六战士打败，但如今正在复苏。为了阻止他的复活，八神太一他们开始了新的战斗。