娜蒂娅突然被地下遗迹的墙壁吸收进入，岛中的大空洞浮现在眼前。那里是卫星城市“红色诺亚”。然后，M78星云的宇宙人制造的神秘巨人出现娜蒂娅面前，开始讲述240万年前从M78星云地球来的亚特兰蒂斯人的历史。娜蒂娅从中得知自己的身世和蓝宝石Blur Water相关的秘密。另一方面，因为红色诺亚的起动，小岛开始沉没，让向帮助娜迪雅逃离而行动…