侵略者把玛丽捉走了。为了救出玛丽，让和娜蒂娅潜入位于岛中心的侵略者的秘密基地。在那里，两人看到了之前跟鹦鹉螺号战斗过，被人们当作大海兽的潜水艇。原来那艏潜水艇，还有这座谜之秘密基地都是一个名为“新亚特兰蒂斯（ネオ・アトランティス）”的邪恶组织建造的。