小智和小豪为大师锦标赛特训时被叫到了大木研究所。皮卡丘、路卡利欧、耿鬼、快龙、葱游兵、鳃鱼龙从研究所里小智的宝可梦们那收获了加油呐喊而猛地充满干劲。之后，小智在神奥地区旅行时的劲敌真司竟然出现在了研究所！在和真司的重逢中小智能得到什么呢！？