小智与小豪参观了在深灰市的科学博物馆举办的“大化石宝可梦展”，小春也为了完成学校的自由研究而一起来到了这里。三人决定参加只要挖到状态完好的化石就能将其复活成宝可梦的充满浪漫的“挖掘化石体验”。为了收服化石宝可梦，全神贯注地寻找化石的小豪挖到了携带古代宝可梦遗传因子的“秘密琥珀”。究竟会是怎样的宝可梦被复活呢？