小智与小豪来到了合众地区的飞云市。为了抓到皮卡丘抢先一步抵达这里的火箭队，企图用跟皮卡丘长得一模一样的秘藏机器“差不多皮卡丘”跟皮卡丘掉包。目击到这一幕的闪焰王牌和路卡利欧于是开始对火箭队进行追击，这两只宝可梦的奇妙旅途就此展开。